Resultats

Per accedir als resultats cal clicar damunt el nom de les proteïnes.

GPx Sel N TR Plasmodium Sel 4
MsrA Sel O Sps Sel Tryp
DI Sel P LmSel 1 Sbp 2
Sel 15 Sel R EhSEP 2 Pstk
Sel H Sel S Sel Q Secp43
Sel I Sel T Plasmodium Sel 1 Sec S
Sel K Sel U Plasmodium Sel 2 eEFSec
Sel M Sel W Plasmodium Sel 3 tRNAsec


Després d'haver passat el SECISearch.pl pel nostre genoma i haver tret totes aquelles seqüències de SECIS inferiors a -20 es va obtenir aquest fitxer.

Els resultats obtinguts del BLASTcl3 de la cerca de noves selenoproteïnes els podeu consultar amb el nom de l'espècie aquí.



Discussió

Basant-nos en els resultats obtinguts i presentats anteriorment, deduïm que existeix presència de selenoproteïnes i dels seus homòlegs en el genoma d'Aureococcus anophagefferens.

Del llistat de selenoproteïnes que se'ns va proporcionar a l'enunciat de l'ABP, A. anophagefferens té com a selenoproteïnes:

  • GPx: tres possibles candidats
  • MsrA: quatre possibles candidats
  • DI (tipus I)
  • Sel15
  • SelH
  • SelK
  • SelM
  • SelU: dos possibles candidats
  • TR

Els homòlegs que té són:

  • GPx: dos possibles homòlegs amb cisteïna
  • MsrA: quatre possibles homòlegs amb cisteïna i dos possibles homòlegs amb tirosina.
  • SelR: quatre possibles homòlegs amb cisteïna
  • SelT : un possible homòleg amb cisteïna
  • EhSEP2: deu possibles homòlegs amb cisteïna.

La maquinària de síntesi que trobem és:

  • Sbp2
  • Sps1
  • eEfsec
  • pstk
  • SecS
  • secp43
  • tRNAsec

Tal i com es pot observar en la taula superior, hi ha unes quantes selenoproteïnes que no hem trobat en el genoma d'A.anophagefferens, ni com a selenoproteïnes ni com a homòlegs amb cisteïna. Només comentar que no hem arribat a obtenir cap resultat en aquests casos a causa d'alguns dels següents motius:

  1. Perquè en el tBLASTn no obtenim cap alineament entre les selenoproteïnes obtingudes de la base de dades SelenoDB amb el genoma d' A.anophagefferens (no hits found), ni tampoc després de realitzar el tBLASTn havent prèviament tret el filtre que exclou les seqüències amb regions de baixa complexitat.
  2. Perquè els alineaments obtinguts tenen un E-value superior a 0.01 i al mateix temps no inclouen cap U ni C (query) alineada amb una U ni codó STOP d' A.anophagefferens.
  3. En el cas particular de la Selenoproteïna I, aquesta es va descartar perquè la predicció final realitzada resulta que no es correspon a la Sel I, sinó a una altra proteïna, la etanolamina-colina fosfotransferasa amb la qual comparteix un domini important.

D'altra banda, hem trobat totes les proteïnes implicades en la síntesi de selenoproteïnes. Aquest fet no ens sorprèn, ja que també hem identificat moltes selenoproteïnes, sent òbvia la conservació de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes.

Finalment, a l'hora de buscar noves selenoproteïnes, es va obtenir un fitxer amb els millors hits procedents del tBLASTn. En aquest es poden observar alineaments d'una U amb un * i amb una C. Tot i això al estar en un scaffold, l'onze, que ja hi trobem la selenoprteïna TR, i a més, trobem molts alineaments al costat d'un STOP i molt seguits, cosa que no estem del tot segures que puguin ser noves selenoproteïnes. Aquí us deixem el link del fitxer per si esteu interessats en revisar-lo detingudamnent i intentar buscar-ne de noves.

Torna a dalt