| Abstract | Introducció | Materials i Mètodes | Resultats | Discussió | Bibliografia |
A partir dels resultats obtinguts podem afirmar que en Paramecium tetraurelia hi ha dos selenoproteïnes homòlogues en humà (família DI i família TR). Això ho podem corroborar perquè hem trobat proteïnes de la maquinària de síntesi com la eEFSec i la SPS, homòlogues a humà, i la SLA/LP, homòloga a Drosophila. Tot i això, hem de tenir present que degut a la gran distància evolutiva que separa els dos organismes (humà i Paramecium), les homologies no estan molt conservades.
És important saber que el nostre organisme té un codi genètic diferent, i per tant, això ens ha dificultat molt el treball a l'hora d'utilitzar molts programes com el GeneWise, que tot i especificar-li el codi genètic especial no funcionava i no obteníem resultats significatius. En alguns casos, fins i tot, per poder predir l'estructura de la proteïna de forma fiable, hem hagut de comparar la proteïna predita amb mRNAs obtinguts del NCBI. Un fet que volíem destacar és que en els resultats del blast final, el que esperàvem trobar era una homologia del 100% entre la proteïna predita i el genoma de Paramecium per comprovar que aquesta proteïna realment estava present en el genoma del nostre organisme. No obstant, en alguns casos aquest percentatge d'homologia era una mica inferior degut a que, com Paramecium té un codi genètic diferent i només té un sol codó stop, el blast no ho té en compte i els altres codons stop (TAA, TAG) del codi genètic estàndard també els considera codons stop quan no ho hauria de fer. Per altra banda, també podria ser que el blast no tingués en compte els introns i, com a conseqüència, els aliniaria amb gaps de la seqüència de la proteïna, produint una puntuació més baixa.
Per començar, pel que fa a la maquinària de síntesi vam trobar proteïnes homòlogues d'humà i de Drosophila en Paramecium tetraurelia. Com es mostra en els resultats, la eEFSec, la SPS i la SLA/LP d'humans i Drosophila tenen homologia en el nostre organisme. Per això, hem afirmat anteriorment que almenys, Paramecium té maquinària per sintetitzar selenoproteïnes. No obstant, amb les proteïnes SBP2 i secp43 no vam obtenir resultats significatius que mostressin suficient homologia.
La eEFSec és una proteïna que està implicada en la recodificació del codó TGA. Com s'observa en els resultats del ClustalW, en què comparem la proteïna predita amb la proteïna humana, es conserva una certa homologia. Mitjançant els anàlisis corresponents explicats en els resultats, hem determinat que la eEFSec de Paramecium està formada per quatre exons i tres introns.
La SPS i la SLA/LP estan implicades en la síntesi de selenocisteïna. En humans, trobem la SPS1 (no és selenoproteïna), i la SPS2 (és selenoproteïna). Tot i que tots els anàlisis realitzats els hem fet amb la seqüència de SPS2 humana, els scores obtinguts són molt similars per les dues, amb la qual cosa no podem verificar si la SPS de Paramecium correspon a SPS1 o SPS2. L'estructura predita per aquesta proteïna consta de dos exons i un intró. Per acabar amb la maquinària, l'última que hem trobat és la SLA/LP la qual està formada per dos exons i un intró.
Un cop hem vist que el nostre organisme contenia maquinària per sintetitzar selenoproteïnes, ens vam disposar a buscar les selenoproteïnes homòlogues en humà. Com hem explicat en els resultats, Paramecium tetraurelia conté dues selenoproteïnes: la de la família DI i la de la família TR.
En el cas de la TR, hem observat que el resultat obtingut al tblastn inicial no era fiable ja què la selenocisteïna humana no apareixia en l'alineament. Tot i això, no ens vam donar per vençudes perquè quan, posteriorment vam fer el SECISearch contra tot el genoma, vam observar que un dels potencials SECIS estava a l'scaffold de la TR1. Per aquest motiu i pel fet que després de la regió on es trobava la U (selenocisteïna) hi havia una gran conservació de les seqüències, vam escollir la TR1 com a potencial selenoproteïna per al nostre organisme. Un cop realitzats tots els anàlisis, vam poder determinar l'existència de dita selenoproteïna en Paramecium tetraurelia, formada per quatre exons i tres introns.
Pel que fa a la selenoproteïna de la família DI, amb els resultats obtinguts del ClustalW, tampoc podem assegurar si es tracta de la DI2 o DI3, ja que amb el tblastn havíem vist que es trobaven a la mateixa regió. Com en el cas anterior, la selenocisteïna (U) de la DI humana coincidia amb un codó TGA (stop) de la seqüència de Paramecium, on després d'aquest codó stop s'observava una gran homologia. L'score obtingut de l'element SECIS és inferior a 15, no obstant, hem considerat que els altres resultats dels diferents programes utilitzats eren suficientment significatius com per determinar aquesta proteïna com a selenoproteïna, formada per tres exons i dos introns
Ja per acabar, hem trobat també, dues selenoproteïnes humanes (família de les GPXs i SelR1) que són homòlogues amb cisteïna en Paramecium. L'estructura predita de la GPX4, que és la que presentava un e-value més baix (la regió on trobàvem la U alineada amb la C coincidia en totes les GPXs) consta de dos exons i d'un intró. Per altra banda, l'estructura de la SelR1 també està formada per dos exons i un intró.
Com a conclusió d'aquest treball, només comentar que hem trobat dues selenoproteïnes homòlogues en humà i gran part de la maquinària de la seva síntesi, però a més a més, quan vam córrer el SECISearch a tot el genoma vam trobar elements SECIS amb puntuacions significativament altes (superiors a 15). Aixó ens confirma que, d'haver tingut mé temps per a la recerca, podríem haver trobat altres selenoproteïnes en Paramecium tetraurelia.