| ORF | Proteínas que presentan identidad | Comentarios | Alineamiento |
|---|---|---|---|
| EHV-1 | |||
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 346-912 | Función desconocida | Existe una identidad del 100% entre el orf predicho y una proteína desconocida de EHV-1, de la cual no se indica la cepa, también en posición 346 a 912. Aunque este fragmento no está descrito en M86664 (EHV1 cepa Ab4p), donde el primer orf está en posición 1298, a gran distancia de nuestra predicción. Además, nuestro orf incluye una región (383 a 728) descrita como repetitiva. Como consecuencia, este orf tiene altas probabilidades de pertenecer a una proteína todavía no anotada para la cepa Ab4p, aunque no está identificada. | ver alineamiento |
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 113956-116160 >gi|M86664|herpesvirus equí 1|complem 149202-146998 | Probable antígeno nuclear | Existe una alta homología con fragmentos muy conservados, entre los aminoácidos 49 a 571 del orf predicho (uno en sentido normal y el otro en el complementario) y los aminoácidos 382 a 881 y 593 a 1094 de las dos proteínas obtenidas con Blast. Éstas pertenecen a dos cepas diferentes de herpesvirus porcino(o el virus pseudorabia), miembro del género Varicellovirus, subfamilia Alphaherpesvirinae (Filogenia), identificados como probable antígeno nuclear y una proteína hipotética, respectivamente. Además, aunque las dos proteínas de herpesvirus porcino son diferentes, los fragmentos comparados son identicos, de manera que podemos asumir que forman un dominio común en las dos proteínas, compartido con EHV1. Así pues, este orf puede corresponder también a un antígeno nuclear para EHV1. | ver alineamiento |
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 121246-121944 >gi|M86664|herpesvirus equí 1|complem 141912-141214 | Proteína IR4 | El fragmento 15 a 40 y el subfragmento 22 a 40 de los orfs predichos, muestran una alta homología con los fragmentos 84 a 109 y 66 a 84 ,respectivamente, de la proteína IR4 de EHV1 cepa Kentucky A. Si analizamos el alineamiento se puede ver que el fragmento alineado es más largo, pero más lejos de esta posición y debido al azar. Como consecuencia podemos decir que los fragmentos alineados pueden corresponder al mismo dominio proteico presente una vez en EHV1 cepa Ab4p y dos en EHV1 cepa Kentucky A. | ver alineamiento 1(con posiciones 84 a 109 de la cepa Kentucky A) ver alineamiento 2(con posiciones 66 a 84 de la cepa Kentucky A) |
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 141933-142316 >gi|M86664|herpesvirus equí 1|complem 121225-120842 | Proteína de tegumento | El fragmento 2 a 40 del orf predicho comparte 5 repeticiones de la secuencia aminoacídica RPPT, con 10 repeticiones en el herpesvirus 1 de cercopitecino (CHV1), miembro del género Simplexvirus, subfamilia Alphaherpesvirinae (Filogenia). Este fragmento pertenece al núcleo de la secuencia repetida DHRPPTT y AGPRPPRP respectivamente. Los aminoácidos RPPT pueden pertenecer a un dominio importante para la función de la proteína, que por tanto se ha conservado entre los dos genomas. A pesar de ello, también puede ser debida a repeticiones al azar. Se precisa una investigación más a fondo para aceptar o rechazar este alineamiento como significativo o no. | ver alineamiento 1(con posiciones 507 a 545 d´EHV1 -idéntico para las posiciones 521 a 559, 514 a 552 y 528 a 560 de CHV1) ver alineamiento 2(con posiciones 502 a 538 de CHV1) |
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1|complem 58188-57514 | Proteína de unión a DNA | Existe una alta homología entre los aminoácidos 1 a 160 del orf predicho y los aminoácidos 391 a 547 de una proteína anotada como orf específico (y más tarde identificada como proteína de unión a DNA) de herpesvirus simple de humano 2, miembro del género Simplexvirus, subfamilia Alphaherpesvirinae (Filogenia). Podemos pensar que este fragmento pertenece a un dominio común entre ambas proteínas. Además, nuestro orf puede ser también una proteína de unión a DNA. | ver alineamiento |
| EHV-4 | |||
| >gi|AF030027|herpesvirus equí 4| 12168-12482 | Proteína del tegumento/proteína B4 | Existe una alta identidad del 100% entre los aminoácids 1 a 63 del orf predicho y el aminoácido 1 a 63 de una proteína de tegumento de EHV4 cepa 1942. Como consecuencia, este orf tiene muchas probabilidades de ser una proteína de tegumento aún no anotada para la cepa NS80507 | ver alineamiento |
