Primero hemos sometido las secuencias genómicas de Herpesvirus 1 y 4 a FindOrf 2003 versión 1.0 (ver condiciones). Con esta búsqueda hemos predicho 176 orfs para EHV1, de los cuales 88 en la cadena complementaria, y 143 para EHV4, 73 de los cuales en la cadena complementaria (orfs predichos para EHV1 , orfs predichos para EHV4).
En segundo lugar, hemos comparado los orfs que hemos predicho con los orfs anotados en GeneBank y Telford et al. 1998, por tal de ver qué orfs predichos corresponden a proteínas ya identificadas. Los resultados de esta comparación se pueden ver en la Tabla 1:
Una vez identificados los orfs ya anotados hemos sometido todos los orfs restantes a una búsqueda individualizada con PSH- y PSI- Blast con el objectivo de buscar posibles alineamientos con otras secuencias que puedan ser informativas de función biológica para estos orfs no descritos. Al finalizar esta búsqueda hemos obtenido alineamientos con valor de esperanza (E value) superior al lindar para 12 de los orfs de EHV1 y 12 de EHV4. En las Tablas 2 (EHV1) y 3 (EHV4) podemos ver estos resultados.
Para cada uno de estos alineamientos significativos obtenidos con Blast hemos alineado las partes conservadas del orf analizado y de las secuencias resultantes usando Clustalw. En muchos de los casos, especialmente para EHV4, el alineamiento múltiple ha demostrado que los resultados obtenidos con Blast no son significativos (datos no mostrados), sinó que son debidos a secuencias altamente repetidas presentes en el genoma viral que al hacer el Blast son coincidentes con:
Un análisis más profundo de estos orfs con el alineamiento no significativo nos indica que pertenencen a regiones ya descritas como repetitivas, y en muchos casos a TR y IR (ver descripción del genoma de los EHV). Los orfs que presentan resultados que requieren posterior análisis o aquellos para los que hemos obtenido alineamientos que sí han dado resultados significativos los podemos ver representados en la Tabla 4.
Además, al someter las secuencias a Blast, hemos identificado dos dominios putativos conservados para un orf de EHV-1, >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 357-818, de los cuales sólo uno es significativo, ya que el otro pertenece exclusivamente al taxón de las bacterias. Este orf también presenta alineamientos con otras proteínas (ver tabla 2), pero estos no están relacionados con los dominios observados con el orf de EHV1. El dominio significativo consta de cuatro giros, cada uno de los cuales contiene tres repeticiones imperfectas en tándem de un motivo hexapeptídico repetido (X-[STAV]-X-[LIV]-[GAED]-X) (ver alineamiento). Este motivo repetido a menudo corresponde a enzimas con actividad acil-transferasa,de los cuales muchos son triméricos en su forma activa (ver estructura en 3D).
