Los programas Findorf 2003 versión 1.0 y TransFasta 2003 versión 1.0 han estado programados mediante lenguaje Perl, ejecutables desde Linux. La página web ha sido confeccionada con lenguaje HTML.
Las secuencias de los herpesvirus han estado obtenidas de GeneBank, en la página del NCBI11(tabla 1).
| Herpesvirus | Cepa | Referencia |
|---|---|---|
| EHV-1 | Ab4p | M86664 |
| EHV-4 | NS80567 | AF030027 |
Para poder predecir posibles orfs en estos genomas primero hemos transformado las secuencias de herpesvirus a un formato fasta mediante Transfasta 2003 versión 1.0 (ver EHV1fasta, EHV4fasta), y posteriormente hemos sometido las secuencias a Findorf 2003 versión 1.0 considerando las condiciones de la tabla 2. Hemos tomado 100 aminoácidos como longitud mínima del orf ya que los orfs més pequeños tienen probabilidades muy altas de producirse por azar6.
| Condiciones consideradas en Findorf 2003 versión 1.0 | |
|---|---|
| Longitud mínima del orf | 100 aá |
| Buscar en la cadena complementaria | sí |
| Empezar con Met | sí |
La identificación de los orfs predichos por Findorf 2003 versión 1.0 que ya están anotados se ha hecho por comparación con las anotaciones de las secuencias de herpesvirus equino 1 y 4 en GeneBank11 y con Telford et al. 19982. Los orfs no identificados por comparación se han sometido a PSI- y PHI-Blast11 para encontrar posibles identidades con otros genes presentes en la base de datos.
Posteriormente, los orfs para los cuales hemos obtenido resultados de blast con valores de esperanza (E value) superiores al umbral (0.005) se han alineado con las nuevas secuencias a través de Clustalw7 para comprobar si los resultados son realmente significativos (en este caso obtendríamos buenos alineamientos entre los orfs y las nuevas secuencias) o no.
