L’objectiu principal d’aquest estudi és determinar els gens que s’encarreguen de sintetitzar les selenoproteïnes i la maquinària necesària per a la biosíntesi d’aquestes a Xiphophorus hellerii. Després d’analitzar el genoma d’aquesta espècie, s’ha fet una taula en la què es mostren els resultats de l’estudi. L’informació que queda plasmada a la taula és:

  • Nom de les selenoproteïnes i proteïnes que participen en la síntesi d’aquestes
  • Espècie amb la què s’ha comparat el genoma de X. hellerii, en aquest cas Danio rerio (peix zebra)
  • Aminoàcid que conté l’espècie de referència i el què presenta X. hellerii (Selenocisteïna: S; Cisteïna: C,)
  • Hits trobats pel tBLASTn, en cas d’haver-ne
  • Fitxer exonerate
  • Nom de l’scaffold. En cas de que hi hagi més d’u, es mostren tots
  • Localització del gen predit: principi del primer exó i final de l’últim. Cadena a la què es troba: forward (+) o reverse (-)
  • Nombre d’exons del gen predit
  • Aliniament del t-coffee
  • Predicció de la selenoproteïna
  • Predicció del SECIS

A la següent taula es presenten els resultats obtinguts en la comparació del genoma de Xiphophorus hellerii amb les selenoproteïnes i proteïnes de maquinària de Danio rerio.

A la llegenda s'indiquen la correpsondència de cada icona.

Trobat

No trobat

SELENOPROTEÏNES

Proteïna Espècie Sec BLAST Exonerate Scaffold Localització gen N exons T-Coffee Seblastian SECIS
15 kDa Selenoprotein (SEL15)
Sel15 Danio rerio S>S QPIH01000031.1 2933324-2936882 (-) 4
Fish Selenoprotein 15 (SELENOE)
SELENOE Danio rerio S>S CM010386.1 7970160-7970963 (+) 3
Glutathione Peroxidase (GPx)
GPx1a Danio rerio S>S CM010394.1 12274991-12276069 (-) 2
GPx1b Danio rerio S>S CM010394.1 15404926-15405861 (+) 2
GPx2 Danio rerio S>S CM010393.1 21007004-21007736 (-) 2
GPx3a Danio rerio S>S CM010397.1 10073847-10075835 (-) 4
GPx3b Danio rerio S>S CM010384.1 8315501-8317319 (+) 4
GPx4a Danio rerio S>S CM010380.1 20047163-20048260 (+) 3
GPx4b Danio rerio S>S CM010380.1 18822399-18823643 (+) 4
Iodothyronine Deiodinase (DIO)
DIO1 Danio rerio S>S CM010383.1 17199477-17201178 (-) 3
DIO2 Danio rerio S>S CM010393.1 19019999-19024709 (-) 2
DIO3a Danio rerio S>S CM010389.11 5274023-5274790 (-) 1
DIO3b Danio rerio S>S CM010389.1 2463779-2464399 (-) 1
Selenophosphate Synthase (SEPHS)
SEPHS2 Danio rerio S>C QPIH01000032.1 10945018-10948130 (-) 7
S>S CM010375.1 4237899-4245726 (+) 8
Selenoprotein H (SELENOH)
SELENOH Danio rerio S>S CM010397.1 3980050-3982040 (-) 3
Selenoprotein I (SELENOI)
SELENOI Danio rerio S>S CM010389.1 10449189-10460015 (-) 10
S>S CM010391.1 4159310-4162080 (-) 2
S>- CM010398.1 21768956-21785496 (-) 2
Selenoprotein J (SELENOJ)
SELENOJ Danio rerio S>S CM010395.1 7853637-7858587 (+) 8
S>S CM010380.1 21613050-21615865 (-) 9
S>C CM010398.1 26190556-26190855 (+) 2
Selenoprotein K (SELENOK)
SELENOK Danio rerio S>S CM010375.1 8808974-8810614 (+) 4
Selenoprotein L (SELENOL)
SELENOL Danio rerio S>S QPIH01000029.1 6475243-6478731 (+) 4
Selenoprotein M (SELENOM)
SELENOM Danio rerio S>S CM010386.1 15339676-15345368 (-) 5
Selenoprotein N (SELENON)
SELENON Danio rerio S>S CM010396.1 2648433-2655146 (+) 11
Selenoprotein O (SELENOO)
SELENOO1 Danio rerio S>S QPIH01000032.1 15594334-15599691 (+) 9
SELENOO2 Danio rerio S>S QPIH01000032.1 15594448-15599691 (+) 9
S>- CM01391.1 9367937-9373274 (+) 9
Selenoprotein P (SELENOP)
SELENOP1 Danio rerio S>S CM010386.1 11356279-11357667 (+) 3
SELENOP2 Danio rerio S>S CM010380.1 23063771-23065044 (+) 3
Selenoprotein R (MSRB)
MSRB1a Danio rerio S>S CM010390.1 1472471-1474052 (+) 3
MSRB1b Danio rerio S>S CM010384.1 3504926-3504015 (-) 3
Selenoprotein S (SELENOS)
SELENOS Danio rerio S>S CM010378.1 29267689-29270324 (+) 6
Selenoprotein T (SELENOT)
SELENOT1 Danio rerio S>S CM010380.1 16282407-16288237 (+) 5
SELENOT1b Danio rerio S>S QPIH01000030.1 6163297-6163538 (+) 2
SELENOT2 Danio rerio S>S QPIH01000030.1 6159894-6163565 (+) 5
Selenoprotein U (SELENOU)
SELENOU1a Danio rerio S>S CM010396.1 7301407-7302953 (+) 5
S>S CM010384.1 14514886-14516459 (-) 5
Selenoprotein W (SELENOW)
SELENOW1 Danio rerio - - - -
SELENOW2 Danio rerio S>S CM010390.1 10142819- (-) 4
Thioredoxin Reductase (TXNRD)
TXNRD2 Danio rerio S>S CM010386.1 26881601-26909514 (+) 15
TXNRD3 Danio rerio S>S QPIH01000031.1 287353-302034 (-) 16

MAQUINÀRIA I HOMÒLEGS

Proteïna Espècie Sec BLAST Exonerate Scaffold Localització gen N exons T-Coffee Seblastian SECIS
Eukaryotic Elongation Factor (eEFsec)
eEFsec Danio rerio C>C CM010394.1 11685291-11696937 (+) 7
Glutathione peroxidase (GPx)
GPx7 Danio rerio C>C CM010383.1 30565348-30567174 (+) 2
GPx8 Danio rerio C>C CM010386.1 5404930-5406775 (+) 3
Methionine Sulfoxide Reductase A (MsrA)
MsrA Danio rerio C>C QPIH01000029.1 7596286-7607098 (-) 4
Phosphoseryl-tRNA Kinase (PSTK)
PSTK Danio rerio C>C CM010384.1 11875083-11875398 (-) 2
SECIS Binding Protein 2 (SBP2)
SBP2 Danio rerio C>C CM010378.1 26347904-26384234 (-) 5
C>C CM010386.1 6616605-6617632 (+) 2
Selenocysteine Synthase (SecS)
SecS Danio rerio C>C CM010388.1 7746772-7757037 (+) 11
Selenophosphate Synthase (SEPHS)
SEPHS Danio rerio ??? QPIH01000032.1 10945018-10948130 (-) 7
Selenoprotein R(MSRB)
MSRB2 Danio rerio C>C CM010395.1 11012583-11013908 (-) 4
MSRB3 Danio rerio C>C CM010395.1 11012562-11012684 (-) 1
C>C QPIH01000032.1 9266455-9279316 (+) 1
Selenoprotein U (SELENOU2)
SELENOU2 Danio rerio C>C CM010386.1 10658219-10660250 (-) 6
SELENOU3 Danio rerio C>C CM010394.1 17126170-17131955 (-) 6
tRNA Sec 1 associated protein 1 (SECp43)
SECp43 Danio rerio C>C CM010387.1 24604231-24605702 (+) 2
C>C CM010380.1 20120767-20126275 (+) 9