El seleni (Se) forma part de la selenocisteïna, coneguda com l’aminoàcid 21, i és codificada pel codó UGA, el qual normalment funciona com un STOP codon. Aquesta interpretació alternativa; es produeix gràcies a la presència d’una estructura secundària del mRNA anomenada seqüència d’inserció de selenocisteïna (SECIS), que introdueix un seleni en el lloc del STOP codon. El seleni s’incorpora a les selenoproteïnes en forma de l’aminoàcid selenocisteïna, SEC.
Les selenoproteïnes majoritàriament es classifiquen com a antioxidant tot i que també intervenen i duen a terme altres funcions: protecció enfront l’estrés oxidatiu, metabolisme tiroïdal, plegament de proteïnes i mobilització del seleni, entre d’altres.
L’objectiu d’aquest projecte ha estat caracteritzar el selenoproteoma i la maquinària proteica corresponent de l’Astyanax mexicanus mitjançant homologia amb altres espècies. L’espècie de referència del nostre estudi ha estat Danio rerio. Per les proteïnes que no hem trobat en Danio rerio hem utilitzat Takifugu rubipres i Homo sapiens. Les anotacions de les 3 espècies han estat obtingudes de SelenoDB. Per tal d’obtenir l’alineament final hem utilitzat el següents programes: tBLASTn, Exonerate i T_coffee. La recerca dels elements SECIS s’ha realitzat amb SECISearch3 i Seblastian. Aquesta predicció s’ha realitzat tant manual com automàticament.