Resum

Les selenoproteïnes són aquelles proteïnes que contenen seleni, un micronutrient essencial. Aquest element es troba en un aminoàcid anomenat Selenocisteïna (Sec), codificat per el codó UGA, el qual també codifica per un codó STOP. Per aquesta raó, la identificació i anotació de les selenoproteïnes és complicada. Hi ha certa variabilitat en les selenoproteïnes ja que en moltes espècies aquestes es troben com a homòlegs amb cisteïna. A més a més, algunes espècies han perdut la maquinària necessària per la síntesis de les selenoproteïnes durant l’evolució.

L’objectiu del nostre treball és predir el selenoproteoma de Neotoma lepida. Per fer l’estudi d’homologia, hem utilitzat Mus musculus com a espècie de referència per la seva proximitat filogenètica i el seu genoma ben anotat. Tot i així, no hem pogut caracteritzar totes les selenoproteïnes de Mus musculus en el nostre genoma així que ho hem provat utilitzant Homo sapiens i Rattus norvegicus com a espècies de referència en aquests casos.

La metodologia d’aquest treball ha consistit en crear un programa utilitzant Perl per automatitzar el procés en el qual hem utilitzat diverses eines d’alineament. Després, hem cercat els elements SECIS en els gens predits.

Finalment, utilitzant aquest mètode hem pogut caracteritzar 19 selenoproteïnes, 9 homòlegs amb cisteïna i 6 proteïnes de la maquinària en el genoma de Neotoma lepida.