Resumen

Las selenoproteínas son aquellas proteínas que contienen selenio, un micronutriente esencial. Este elemento se encuentra en un aminoácido llamado Selenocisteína (Sec), codificado por el codón UGA, que también codifica por un codón STOP. Por esta razón, la identificación y anotación de las selenoproteínas es complicada. Hay cierta variabilidad en las selenoproteínas ya que en muchas espécies estas se encuentran como homólogas con cisteína. Además, algunas especies han perdido la maquinaria necesaria para la síntesis de las selenoproteínas durante la evolución.

El objetivo de nuestro trabajo ha sido predecir el selenoproteoma de Neotoma lepida. Para hacer el estudio de homología, hemos utilizado Mus musculus como especie de referencia por su proximidad filogenética y por la anotación de su genoma. A pesar de esto, no hemos podido caracterizar todas las selenoproteínas de Mus musculus en nuestro genoma así que hemos probado utilizando Homo sapiens y Rattus norvegicus como especie de referencia en estos casos.

La metodología de este trabajo ha consistido en crear un programa utilizando Perl para automatizar el proceso en el que hemos utilizado varias herramientas de alineamiento. Después, hemos buscado los elementos SECIS en los genes predichos.

Finalmente, utilizando este método hemos podido caracterizar 19 selenoproteínas, 9 homólogos con cisteína y 6 proteínas de la maquinaria en el genoma de Neotoma lepida.