Discussió



Selenoproteïnes

Sel15
S’ha relacionat la seva funció amb reaccions redox associades amb la formació de ponts disulfur. I per tant, deu contribuir amb el control de qualitat del plegament de les proteïnes en el reticle endoplasmàtic, on es troba retinguda gràcies a la associació amb UGGT1/UGCGL1.

Hi ha alts nivells d’expressió d’aquesta proteïna en pròstata i glàndules tiroidees. Pertany a la família selenoproteïna M/SEP15 L’scaffold trobat per Colobus angolensis és el KN982784.1, amb un e-value de 1e-19, en la cadena positiva.

Tant l’exonerate com el genewise ha predit 5 exons i 4 introns. S’obté que la selenocisteïna es troba conservada en la posició 473091. La selenoproteïna es troba des de la posición 4698392 a la posició 4748048 de l’scaffold. Finalment, amb Seblastian, no s’ha predit cap selenoproteïna, però sí que ha predit element SECIS de nivel A en la cadena positiva, en posición 3’ de la nostra proteïna predita. Aquests resultats fan pensar que potser aquest scaffold no es troba del tot ben seqüenciat, el que explicaria que en Seblastian no hagi predit cap selenoproteïna però sí Seblastian.

GPx
La família de les glutatió peroxidases inclouen proteïnes que participen en la protecció vers estrès oxidatiu. Formen part d’aquest grup la GPx1-8, les GPx1-4 i Gpx6 són selenoproteïnes, mentre que GPx5 i GPx7-8, són homòlegs en cisteïna.
La majoria d’elles s’encarreguen de la catàlisi de la següent reacció: 2 glutathione + H2O2 = glutathione disulfide + 2 H2O

GPx1


S’encarrega de protegir la hemoglobina dels eritròcits de la degradació oxidativa. Aquesta proteïna es troba present en el citoplasma. Una de les modificacions post-transcripcionals succeeix durant períodes de estrés oxidatiu, sec-49 pot reaccionar amb un radical superòxid, irreversiblement perd l’hidroselenidi i es converteix en dehidroalanina.

Com que aquesta proteïna forma part d’una gran família de proteïnes, on diverses de les quals són selenoproteïnes, en realitzar el BLAST s’ha obtingut diferents scaffolds amb e-values molt petits, això és degut a que s’han alineat altres scaffolds que es correspondrien amb altres membres de la família, però per la seva similitud, també s’han obtingut.

L’scaffold amb el e-value més petit és el KN983117.1, però al realitzar el genewise per la cadena negativa, no s’obté selenoproteïna ja que no comença per AUG, i quan es realitza Seblastian, tampoc es prediu cap selenoproteïna, només element SECIS. Per aquest motiu, es va prosseguir a mirar la resta dels scaffolds.

Finalment, ens hem quedat amb l’scaffold KN980273.1, com a selenoproteïna, la qual es troba entre la posició 2771439 a la posició 2772287, i la selenocisteïna en s’ha predit en la posició 2771577. Aquesta selenoproteïna predita consta de 2 exons i 1 intró. A més, els resultats en Seblastian confirmen la nostra predicció, ja que alinea aquest scaffold amb GPx1 de Macaca mulatta, amb les mateixes posicions predites amb el genewise, i a més, troba element SECIS en posició 3’ de la nostra predicció.

GPx2

Pot tenir un paper clau en la protecció contra la toxicitat de la ingesta de hidroperòxid orgànics. Poden actuar com acceptors el Tert-butil hidroperòxid, el cumè hidroperòxid i l’àcid linoleic hidroperòxid però no el fosfatidilcolina hidroperòxid. Es sol trobar present en el citoplasma. Aquesta proteïna s’expressa majoritàriament en el tracte gastrointestinal.

Com en el cas de la proteïna anterior, s’obté KN983117.1 com l’scaffold amb el e-value més baix, 1e-119. En aquest cas, es prediu selenoproteïna amb genewise en la cadena negativa, amb un exó, de la posició 662892 a 663449, i a posició 663410 la selenociteïna. Però en Seblastian no s’obté cap predicció de selenoproteïna, però sí element SECIS.

Per aquest motiu, vam prosseguir a analitzar la resta de scafolds obtinguts en el BLAST, per determinar una millor predicció. D’aquesta manera, ens hem quedar amb l’scaffold KN981601.1 amb un e-value de 1e-72 com a millor predicció.

S’ha obtingut que la selenoproteïna es troba de la posición 29538663 a la 29541903 de la cadena positiva, amb 2 exons i 1 intró, amb la selenocisteïna en posición 29538780. Aquets resultats es confirmen amb el seblastian que alinia aquest scaffold amb GPx2 de Macaca mulatta i a més s’obté element SECIS.

GPx3

Protegeix la cèl•lula i els enzims del dany oxidatiu mitjançant la catàlisi de la reducció del peròxid d’hidrogen, peròxids de lípid i hidroperòxids orgànics, per glutatió. Es secreta en el plasma. Per aquesta proteïna s’ha analitzat l’scaffold amb el e-value més petit i en aquest cas sí que s’ha obtingut una bona predicció. Es tracta de KN985879.1 amb un e-value de 4e-41.

S’han predit amb genewise 5 exons i 4 introns entre la posició 5357284 a 5364763, amb la selenocisteïna en posició 5357287, en cadena positiva. A continuació els resultats de Seblastian confirmen els resultats, alineant aquest scaffold amb GPX3 de Macaca mulatta.

GPx4

Protegeix la cèl•lula contra la peroxidació lipídica de la membrana i la mort cel•lular. És necessària per el desenvolupament normal de l’esperma i la fertilitat masculina. Pot jugar un paper important en protegir de la toxicitat de la ingesta de hidroperòxids de lípids.

També és essencial per el desenvolupament de l’embrió. A més, protegeix de la radiació i el dany oxidatiu. La seva activitat catalítica s’encarrega d’efectuar la següent reacció: 2 glutathione + a hydroperoxy-fatty-acyl-[lipid] = glutathione disulfide + a hydroxy-fatty-acyl-[lipid] + H2O.

Té una isoforma mitocondrial i una altra citoplasmàtica. (LA QUE HEM OBTINGUT ES LA ISOFORMA MITOCONDRIAL) Hi ha diferents mutagènesi descrites en la posició 73, en que hi ha canvi de U per A, on esdevé una pèrdua d’activitat enzimàtica. O de la U per C, on quasi hi ha una pèrdua de l’activitat enzimàtica completa. Principalment es troba en els testes.

KN985201.1 és l’scaffold predit per aquesta proteïna amb un e-value més petit, 6e-36. Amb exonerate es prediuen 7 exons i 6 introns.

El genewise prediu la selenoproteïna en la cadena positiva de la posició 942595 a la posició 946306, amb la selenocisteïna en posició 944095. En el cas de Seblastian, s’obté predicció alineant amb GPx mitocondrial de Pan troglodytes, encara que en aquest cas no comença per metionina, per el que ens quedarem amb la predicció del genewise, però ens confirmen els resultats per el que respecte al scaffold alineat. En aquest cas, també es prediu element SECIS en posició 3’ de la proteïna predita.

GPx6

Participa en la resposta a l’estrès oxidatiu, com la resta de membres de la família. És secretada al medi extracel•lular. S’expressa en l’epiteli olfactiu i en els embrions. El BLAST presenta KN980906.1 com a scaffold amb el e-value més baix.

Amb exonerate es prediu 6 exons i 5 introns en la cadena positiva, i 6 exons i 5 introns en sentit revers. Per aquest motiu es va prosseguir a avaluar el genewise per les dues cadenes. En el cas de la cadena positiva, amb genewise es prediu 4 exons i 3 introns, de la posició 1585289 a 1592041, amb la selenocisteïna en posició 1585340. Però en la cadena negativa, no comença per metionina la proteïna predita, i a més, trobem cisteïna en comptes de selenocisteïna. En Seblastian només s’obté SECIS en la cadena positiva, però en aquesta cadena no prediu cap selenoproteïna. Pel que fa als resultats en la cadena negativa, potser que ens trobem en un reemplaçament de selenocisteïna a cisteïna, aquest canvi ha succeït diverses vegades en la història evolutiva. Per la cadena positiva genewise sí que ha predit però al Seblastian no haver predit selenoproteïna, no podem concloure si es tracta de una selenoproteïna o si la selenocisteïna s’ha perdut.

DI
La familia de les iodotironines deiodinases tenen una paper important en la biosíntesi de hormones tiroidees. En la deionització de T4 a T3 i de T3 a T2. La majoria són les responsables de catalitzar la següent reacció: 3,5,3'-triiodo-L-thyronine + iodide + A + H+ = L-thyroxine + AH2 . Aquesta família, a part de la seva activitat tiroxina 5’-deiodinasa, també té unió a seleni. Els membres d’aquesta família són selenoproteïnes.

DI1

Juga un paper important com a proveïdor de T3 al plasma en els teixits perifèrics com fetge i ronyó. Forma part de la membrana cel•lular, i en troba present en la membrana del reticle endoplasmàtic. KN985624.1 és l’scaffold que s’ha obtingut amb un e-value més baix, 5e-53. Amb exonerate s’obté 4 exons i 3 introns en la cadena positiva.

El genewise prediu els mateixos exons i introns de la posició 7078008 a 7094326, i la selenocisteïna en posició 7088786. Amb el Seblastian es confirmen els resultats comparant amb Nomascus leucogenys, i a més s’obté element SECIS.

DI2

És essencial per aportar al cervell els nivells suficients de T3 durant el desenvolupament. A més, també té unió a la proteïna ubiqüitina ligasa. Es troba en la membrana cel•lular i s’expressa en cor, múscul esquelètic, placenta, cervell fetal i diverses regions del cervell adult.

Per aquesta proteïna s’obté alineament amb KN981601.1 amb un e-value de 6e-125. Amb genewise s’obtenen dues selenocisteïnes en posició 13524479 i 13527610, amb la selenoproteïna de posició 13519301 a 13528008, amb 3 exons i 2 introns. Però Seblastian no prediu selenoproteïna, només SECIS, per el que fa pensar en una mala seqüenciació del scaffold, o que realment no hi hagi selenoproteïna i el genewise hagi sobrepredit.

DI3

Pot tenir un paper en a prevenció de l’exposició prematura en teixits en desenvolupament a nivells adults de hormones tiroidees. Regulant les concentracions de hormones tiroidees durant la gestació.
I d’aquesta manera, juga un paper important en la inactivació de les hormones tirodees durant el desenvolupament embrionari, mitjançant, a diferència de la resta de membres d’aquesta família, per la deiodinació de T4 a rT3 (inactiu) i de T3 a T2(inactiu).

D’aquesta manera, s’encarrega de catalitzar la següent reacció: 3,3',5'-triiodo-L-thyronine + iodide + acceptor + H+ = L-thyroxine + reduced acceptor. Conseqüentment, s’expressa en la placenta i en diferents teixits fetals. Es troba present en la membrana cel•lular i en la membrana dels endosomes. Aquesta proteïna pot patir una mutació en que hi ha el canvi de U per A, que resulta en una pèrdua completa d’activitat.


En el BLAST s’obté KN981824.1 com a scaffold amb el e-value més baix, 3e-177. Encara que en exonerate es prediu tant en cadena positiva com en negativa, però amb genewise, només es prediu selenocisteïna en la cadena negativa, en posició 4342550, amb la selenoproteïna des de posició 4342146 a 4342979 amb un exó. Amb Seblastian també s’obté aquesta mateixa predicció amb alineament amb Macaca mulatta, amb SECIS en 3’UTR de la selenoproteïna.

SelH


Aquesta proteïna es postula que està involucrada en processos redox. Pertany a la família SelWTH. El BLAST dóna KN983522.1 amb el e-value més baix, 5e-54.

Tant amb exonerate com amb genewise s’obté una predicció de 1 exó en la cadena positiva de la posició 11822271 a 11822636, amb la selenocisteïna en posició 11822400. Seblastian confirmen aquest resultats comparant amb Nomascus leucogenys, i a més, s’obté element SECIS a 3’UTR de la proteïna predita.

SelI


Aquesta proteïna pertany a la família CDP-alcohol fosfatidiltransferasa. Es troba relacionada amb activitat fosfotransferasa. L’scaffold amb l’e-value més baix 7e-36 correspon a KN979485.1.

Tant amb exonerate con genewise es prediu 10 exons i 9 introns en la cadena negativa. Es prediu una selenoproteïna entre les posicions 1157263 a 1200920, amb la selenocisteïna en posició 1157295. Amb Seblastian també es prediu selenoproteïna per aquest scaffold comparant amb Pongo abelii, i es prediu element SECIS, però en aquest cas no comença per metionina, per el que ens quedem amb els resultats del genewise.

SelK


Aquesta proteïna és requerida per el flux de calci en les cèl•lules immunitàries, i és necessària per la proliferació dels limfòcits T i la migració d’aquests i els neutròfils. Es troba involucrat en el procés de degradació associat al reticle endoplasmàtic de proteïnes solubles glicosilades. A més, és requerida per la palmitoilació i la expressió en la superfície cel•lular de CD36, i està involucrada en l’absorció de lipoproteïnes de baixa densitat per part dels macròfags, i la formació de cèl•lules espumoses. També té un paper en la protecció cel•lular de l’apoptosi induïda per estrès. Finalment, protegeix la cèl•lula de l’estrès oxidatiu quan es sobreexpressa en cardiomiòcits. Pertant a la família de la selenoproteïna K. Encara que en el BLAST s’obté KN980652 com a scaffold amb el e-value més baix, no es troba selenoproteïna. Per aquest motiu, es va passar a analitzar la resta de scaffolds obtinguts per aquesta proteïna. Però analitzant els diferents scaffolds obtinguts en el BLAST, en cap s’obtenen resultats de selenoproteïna. Però en Seblastian sí que troba selenoproteïna en KN981158.1 quan s’alinea amb Ictidomys tridecemlineatus, de la posició 18529867 a 18535832 en la cadena positiva, que inclou 4 exons i 3 introns, i la selenocisteïna en posició 18535824. A més, també ha predit SECIS. Això ens indica que sí que es tracta d’una selenoproteïna, però la humana ha divergit més i per aquest motiu no es troba predicció quan es compara amb aquest.

SelM


Aquesta proteïna pertany a la família selonoproteïna M/SEP15. Es proposa amb una funció tiol-disulfit oxidoreductasa que participa en la formació de ponts disulfur. Es troba en citoplasma, en la regió perinuclear, a més en el reticle endoplasmàtic i en l’aparell de golgi, també en estructures perinuclears. Té una distribució de expressió àmplia. S’ha predit KN980174.1 amb un e-value de 4e-33 com a scaffold que conté selenocisteïna.

Amb exonerate i genewise s’ha obtingut 5 exons i 4 introns. Es prediu la selenoproteïna de posició 1373182 a 1375661, amb la selenocisteïna en posició 1374727, en cadena positiva. Encara que amb Seblastian es confirmen aquests resultats comparant amb Dasypus novemcinctus, i s’obté element SECIS, la proteïna predita per Seblastian no comença per metionina, per el que ens quedarem amb els resultats del genewise, però ens indica que segurament, sí que és una selenoproteïna.
SelN


Aquesta proteïna es troba en la membrana del reticle endoplasmàtic, el qual es proposa que s’encarrega de la unió a calci. Té diferents isoformes que s’expressen diferencialment en múscul esquelètic, cervell, pulmons, placenta, cor, diafragma i estómac.
Per aquesta proteïna no es por conlcoure si es tracta d'una selenoproteïna o no, ja que fent el Blast s'obtenen molts Scaffold, però en els següents passos no s'aconsegueixen resultats. Això pot ser degut a que durant l'automatització, ens sortim fora de l'Scaffold i per tant s'hauría d'anar disminuïnt progressivament la llargada que agafem.
Quan es van analitzar els Scaffold de SelK es va obtenir resultats en Seblastian per un dels Scaffolds en que l'alineava amb SelN, però nomès obtenia SECIS amb rang B.

SelO


La funció d’aquesta proteïna no es coneix de moment. Del BLAST realitzat extraiem l’scaffold KN980585.1, ja que és el que presenta l’e-value més baix (6e-37). Mitjançant l’Exonerate sabem que té 69 exons i 68 introns en la cadena positiva. Pel que fa a la cadena negativa, veiem que presenta 53 exons i 52 introns. Utilitzant Genewise, trobem l’inici de la cadena en la posició 655651 i el final en 666518 i la selenocisteïna en posició 655647. Tot i així, observem la cadena no s’inicia amb metionina, per tant, la descartem com a possible selenoproteïna.

SelP


Es tracta d’una glicoproteina extracel·lular i és usual trobar-hi múltiples selenocisteïnes. S’uneix a heparina i sembla ser que està relacionada amb cèl·lules endotelials on actua com a antioxidant en l’espai extracel·lular. A més, tambe participa en el transport de seleni a diferents òrgans. El BLAST realitzat extraiem l’scaffold KN982505.1, ja que és el que presenta l’e-value més baix (2e-65). Mitjançant l’Exonerate només trobem una cadena negativa amb 4 exons i 3 introns. Mirant l’arxiu Genewise veiem que la cadena inicia a la posició 1414612 i acaba a 1472502 i trobem les selenocisteïnes en diverses posicions: 1472328, 1464803, 1464749 i 1464713. Posteriorment, utilitzant SEBLASTIAN, observem dues proteïnes gairebé idèntiques que s’alineen amb Macaca mulatta. Una explicació possible a aquest fet seria que es tractés de dues isoformes de la mateixa proteïna. A més, també prediu la presència d’elements SECIS, cosa que ens confirma que, efectivament, ens trobem davant d’una selenoproteïna.



SelR1



És una proteïna que pertany a la família de les metionina sulfòxid reductasa, que són les encarregades de reduïr els residus de metionina oxidats de les proteïnes. Del BLAST realitzat extraiem l’scaffold KN982046.1, ja que és l’únic del que s’ha pogut extraure el fitxer BLAST. Mitjançant l’Exonerate només trobem una cadena negativa amb 1 sol exó. Mirant l’arxiu Genewise veiem que la cadena no inicia amb metionina, per tant, no podem seguir amb l’anàlisi posterior.



SelS


Aquesta proteïna està implicada en la regulació de la producció de citoquines i, per tant, la resposta inflamatòria. Del BLAST realitzat extraiem l’scaffold KN979519.1, ja que és el que presenta l’e-value més baix (5e-13). Mitjançant l’Exonerate només trobem una cadena negativa amb 6 exons i 5 introns. Mirant l’arxiu Genewise veiem que la cadena inicia a la posició 1354612 i acaba a 1359143, però no ens indica cap selenocisteïna. Posteriorment, amb el SEBLASTIAN no ens extrau cap selenoproteïna, però si que ens localitza un element SECIS. Això pot ser degut a que el genoma de Colobus angolensis no està ben anotat i no es troba cap selenocisteïna.

SelT


Aquesta proteïna no té cap funció coneguda. Del BLAST realitzat extraiem l’scaffold KN983522.1, ja que és la únic scaffold amb el que obtenim valors. Mitjançant l’Exonerate només trobem una cadena positiva amb 5 exons i 4 introns. Mirant l’arxiu Genewise veiem que la cadena inicia a la posició 4061012 i acaba a 4091543 i trobem selenocisteïna en la posició 4086396. En la posterior realització del SEBLASTIAN, observem una proteïna que s’alinea amb Dipodomys ordii. A més, també prediu la presència de diversos elements SECIS, però només tindrem en compte aquells SECIS que siguin de grau A. En el cas de SelT només en trobem un. Això ens permet confirmar que ens trobem davant d’una selenoproteïna.

SelV


SelV és una proteïna amb funció desconeguda que s'expressa exclusivament als testicles. Del BLAST realitzat extraiem l’scaffold KN983522.1, ja que és la únic scaffold amb el que obtenim valors. Mitjançant l’Exonerate només trobem una cadena positiva amb 5 exons i 4 introns. Mirant l’arxiu Genewise veiem que la cadena inicia a la posició 4061012 i acaba a 4091543 i trobem selenocisteïna en la posició 4086396. En la posterior realització del SEBLASTIAN, observem una proteïna que s’alinea amb Dipodomys ordii. A més, també prediu la presència de diversos elements SECIS, però només tindrem en compte aquells SECIS que siguin de grau A. En el cas de SelT només en trobem un. Això ens permet confirmar que ens trobem davant d’una selenoproteïna.

SelW1


Proteïna amb funció desconeguda. Aquesta proteïna mostra una gran expressió al múscul esquelètic, cor, i pot estar involucrada en reaccions d'oxidació-reducció. Del BLAST realitzat obtenim diversos scaffolds. Abans de seguir amb el procés hem utilitzat el SEBLASTIAN per veure els aliniaments possibles i hem observat que l’únic scaffold amb el qual ens predia SECIS era amb KN979596. Partint d’aquesta base, continuem l’anàlisi amb aquest scaffold. Mitjançant l’Exonerate només trobem una cadena negativa amb 5 exons i 4 introns. Posteriorment, al observar el Genewise, veiem que el fitxer obtingut no és correcte i per tant, no podem determinar les posicions d’inici i de final.

TR


Es tracta de una proteïna de la família TR que forma part del sistema de la tioredoxina. Del BLAST realitzat obtenim diversos scaffolds. Abans de seguir amb el procés d’anàlisi hem observat els arxius d’Exonerate i hem vist que per dos scaffolds no s’havia realitzat l’arxiu exonerate i hem conservat pel posterior anàlisi l’scaffold KN979385.1, ja que tenia arxiu Exonerate i era el que presentava un e-value més alt. Gràcies a Exonerate, veiem que aquesta proteïna es de cadena positiva i està composada per 18 exons i 17 introns. Observant, l’arxiu Genewise, determinem que la posició d’inici és 15435167 i la posició final és 15593931, però no ens localitza cap selenocisteïna. Si recorrem al SEBLASTIAN, veiem que no ens mostra cap selenoproteïna, però si que ens mostra un element SECIS. Una possible expliació a aquest fet seria que l’scaffold seleccionat no està seqüenciat de manera correcta.

TR2

Es tracta de una proteïna de la família TR que forma part del sistema de la tioredoxina i presenta un domini glutaredoxina. Del BLAST realitzat obtenim diversos scaffolds. Abans de seguir amb el procés d’anàlisi hem observat els arxius de Genewise i hem descartat tots els scaffolds que no iniciessin la seqüència amb una metionina. Únicament ens ha quedat un scaffold que utilitzem per continuar l’ànalisi, tot i no presentar un e-value excessivament baix. En l’arxiu Exonerate, veiem que aquesta proteïna de cadena positiva està composta per 14 exons i 13 introns. A l’analitzar el SEBLASTIAN, veiem que només ens mostra un element SECIS de grau C. Tenint aquestes dades no podem afirmar que TR2 sigui una selenoproteïna.

TR3



Presenta les activitats tioredoxina reductasa, glutaredoxina i reductasa de glutatió. Promou la formació d'enllaços disulfur entre les proteïnes GPX4 i diverses proteïnes d'esperma i pot tenir un paper en la maduració d’aquest mitjançant la promoció de la formació de components estructurals d'esperma (per similitud). El BLAST resulta en diferents possibles scaffolds que s’alinien amb la nostra query. Després de l’anàlisi de cadascun del scaffolds, el KN983425.1 es el que dóna una millor predicció. Malgrat això, amb genewise no es prediu selenoproteïna. Amb Seblastian sí que s’obté proteïna però aquesta no comença per metionina, per el que tampoc podem dir que és una bona predicció. Per aquest motiu, no podem determinar que es tracti d’una selenoproteïna. Una possible explicació que no es trobi cap selenoproteïna pot ser pel fet que en el scaffold KN983564.1 no es van obtenir resultats al realitzar el fastasubseq, que pot ser explicat pel fet que ens haguem sortit de l’scaffold al realitzar l’anàlisi.

Maquinària


SeS

SecS és una selenocisteïna sintasa que transforma el O-phospho-l-seryl-tRNA[Ser]Sec en selenocisteyl-tRNA[Ser]Sec utilitzant el selenofosfat com a compost donador de seleni obtingut gràcies a SBP2 en un pas previ de la síntesi. D'aquesta manera, converteix la serina fosforilada del Ser-tRNASec en una selenocisteïna. Del BLAST realitzat obtenim un sol scaffold, del que analitzem l’Exonerate. Veiem que presenta una cadena en sentit positiu i que presenta 11 exons i 10 introns. Després d’analitzar el Genewise, veiem que la seva posició d’inici és 3828239 i la seva posició final és 3864626. En aquest arxiu, ja observem que no hi ha cap selenocisteïna, cosa que concorda amb els resultats de SEBLASTIAN, on no veiem cap selenoproteïna ni cap SECIS.

eEFsec


eEFsec és un factor d'elongació eucariota necessari per a la incorporació de selenocisteïna en proteïnes. Com en casos anteriors, no presenta selenocisteïna, únicament forma part de la seva maquinària de síntesi. Del BLAST realitzat, podem veure diversos scaffolds, dels quals veiem que només un presenta un Exonerate realitzat de manera correcta. D’aquí extraiem que la cadena té sentit positiu i té 7 exons i 6 introns. Analitzem també el Genewise on ens indica que la posició inicial és 354368 i la final és 354631, però no veiem cap selenocisteïna, cosa que concorda amb el resultat de SEBLASTIAN, on no veiem cap selenoproteïna. Tanmateix, si que ens mostra 4 elements SECIS, però aquests presenten un grade de molt mala qualitat.

Secp43

És tRNA nuclear associat a proteïna que participa en els primers passos de la biosíntesi de la selenocisteïna. Estabilitza el complex SECISBP2, EEFSEC i ARNt . Pot estar involucrat en la metilació d'ARNt i tenir un paper de millora de l'eficiència de la síntesi de selenoproteïnes. Del BLAST realitzat extraiem una gran quantitat d’scaffolds. La selecció del scaffold per continuar l’anàlisi s’ha fet en base de l’e-value, i hem agafat el que presentés l’e-value més petit (KN982681.1). Si observem l’Exonerate d’aquest scaffold, veiem que ens ha extret una cadena en sentit negatiu composta de 18 exons i 17 introns. En l’ànalisi del Genewise, veiem que aquesta cadena té inici en 12268729 i final en 12294386. Com ja passa en altres casos, no veiem cap selenocisteïna, cosa que es confirma amb els resultats de SEBLASTIAN, on veiem ni selenocisteïnes ni elements SECIS.

SPS1

La selenofosfat sintetasa és una proteïna citosòlica amb la funció de generar compostos donadors de selenofosfats, necessaris per a la biosíntesi de selenocisteïnes. Del BLAST realitzat extraiem una gran quantitat d’scaffolds. Per reduïr el nombre d’scaffolds a analitzar recorrem a mirar els arxius Genewise. Veiem que cap dels arxius no comença per metionina, per tant, no podem determinar posició d’inici i final de la cadena proteica. Això pot ser degut a algun error en la definició dels paràmetres necessaris per realitzar el Genewise, o bé que el genoma de l’espècie a estudiar no estigui ben anotat.

SPS2
S’encarrega de la síntesi de selenofosfatasa des de seleni i ATP. S’encarrega de catalitzar la següent reacció: ATP + selenide + H2O = AMP + selenophosphate + phosphate. I pertany a la família de la selenofosfatasa sintasa 1. KN979696 és l’scaffold que s’obté del BLAST amb un e-value més baix.

Tant amb exonerate com amb genewise s’obté 1 exó en la cadena negativa. Amb dos selenocisteïnes predites, en posició 2553572 i 2552405, i la selenoproteïna de la posició 2552301 a 2553758. Amb Seblastian es confirmen els resultant i a més prediu SECIS en la mateixa cadena, alineant amb Macaca mulatta.



SBP2

S'uneix a l'element SECIS en la 3'-UTR d'alguns mRNAs que codifiquen selenoproteins. La unió és estimulada per Selb. Del BLAST realitzat extraiem diversos d’scaffolds. Per selecionar l’scaffold que utilitzarem, hem recorregut als arxius Genewise i hem observat que només hi ha un sol scaffold que iniciï la seva cadena amb una metionina (KN981292.1). Observant l’Exonerate corresponent a aquest scaffold, veiem que es tracta d’una cadena de sentit negatiu amb 29 exons i 28 introns. Pel que fa al Genewise, ens permet determinar la posició d’inici: 2795090 i la posició final: 2930686. També observem que no hi ha cap selenocisteïna.