Conclusions

L'objectiu d'aquest estudi és anotar totes les selenoproteïnes en el genoma de Colobus angolensis a partir de recursos bioinformàtics. La base d'aquesta aproximació recau en l'alt grau d'homologia entre les diferents famílies de selenoproteïnes d'eucariotes. Així doncs, a partir de les selenoproteïnes anotades en espècies properes es poden identificar selenoproteïnes en organismes per als quals encara no han estat anotades.

A més, aquest anàlisi s'ha complementat amb un element de predicció SECIS. En aquest anàlisi s'han utilitzat com a referència les selenoproteïnes anotades en Homo sapiens, proper evolutivament a Colobus angolensis , ja que en general les proteïnes d'humà presenten una millor anotació.

En la majoria dels casos, els resultats obtinguts amb la recerca automatitzada són consistents amb els resultats obtinguts amb Seblastian, encara que hi ha petites discrepànces comentades en la discussió.
S’han analitzat 31 selenoproteïnes humanes per tal de trobar selenoproteïnes en Colobus Angolensis. S’han trobat diverses prediccions de selenoproteïnes, encara que hi ha certs scaffolds que no es pot concloure clarament si es tracta d'una selenoproteïna.
Però generalment es pot concloure que Colobus angolensis té les següents selenoproteïnes:
Sel15, GPX1, GPX2, GPX3, GPX4, GPx6, DI1, DI2, DI3, SelH, SelI, SELK, SelM, SelO, SelP, SelT, SelV, SPS2.

I els següents homòlegs en cisteïna:
SecS, eEFsec, PSTK, SECp43, SPS1, SBP2.

Refent a la presència de elements SECIS, s’han trobat elements SECIS en pràcticament totes les proteïnes, cosa que indica que són selenoproteïnes, o que ho havien sigut, però amb l’evolució s’han perdut. També existeix el cas en que trobem SECIS i no es prediu cap selenoproteïna. Aquesta situació també pot ser deguda a una mala seqüenciació del nostre genoma, i per tant, la regió on es troba la selenocisteïna no està ben seqüenciada.

S’ha de tenir en compte aquesta limitació, ja que els resultats depenen de la qualitat de la seqüenciació i anotació del genoma, i d’aquesta manera, la predicció serà millor com millor anotat i seqüenciat estigui el genoma. A més, com que la cerca de selenoproteïnes es fa per homologia amb altres selenoproteïnes anotades, només es poden trobar selenoproteïnes relacionades o homòlogues amb les anotades. Per tant, no permet trobar selenoproteïnes noves, per cercar-les, s’hauria de fer un anàlisi de novo.

La realització del treball que aquí es presenta ens ha permès obtenir una visió general de com s’executa l’anotació d’un genoma. De la mateixa manera, hem adquirit coneixements relacionats amb la programació en Python i amb el llenguatge HTML.