En este estudio, se ha realizado una búsqueda manual exhaustiva de las selenoproteínas en el genoma de Alligator mississippiensis a partir del selenoproteoma caracterizado de Homo sapiens y, en algunos casos, de Pelodiscus sinensis.
Se realizó un análisis comparativo de las secuencias proteicas y se identificaron los posibles elementos SECIS. Los resultados obtenidos muestran que el genoma de Alligator mississippiensis contiene un total de 21 selenoproteínas conservadas de las 25 presentes en Homo sapiens. Las proteínas no presentes en aligátor son SelV, GPX4, Sel15 y TR3.
SelV no está conservada en aligátor, justificado por el hecho de que esta selenoproteína se origina tras la separación del Alligator mississippiensis en el árbol filogenético. En el caso de GPX4, Sel15 y TR3, sí que aparece un codón TGA en la secuencia de aligátor alineado con una selenocisteína en la secuencia de Homo sapiens. Sin embargo, no se puede considerar que estas tres últimas proteínas sean selenoproteínas, dado que la distancia entre la selenocisteína y el elemento SECIS predicho en cada una de ellas es muy elevada.
Cabe destacar que GPX6 aparece en el árbol filogenético (Mariotti et al.) tras la separación del clado que contiene la especie de Alligator mississippiensis entre otras; razón por la cual esta selenoproteína no debería estar presente en la especie estudiada. Una posible explicación es que la secuencia de la GPX6 se haya alineado con otra proteína de la familia GPX debido a la alta conservación de sus secuencias.
En un estudio previo (Mariotti et al.), se ha descrito la existencia de pseudogenes para algunas selenoproteínas en mamíferos. En nuestro análisis, pudimos detectar 4 posibles pseudogenes: DI1, GPX4, TR3 y SelS. Sin embargo, solo dos de estos, GPX4 y SelS, coinciden con los resultados observados en estudios anteriores. Por lo tanto, es probable que GPX4 y SelS sean realmente pseudogenes en el genoma del aligátor, mientras que no podemos confirmarlo para DI1 y TR3.
Finalmente, se analizó la presencia de las proteínas necesarias para la biosíntesis de selenoproteínas. Los resultados obtenidos indican que todos los elementos que forman parte en este proceso están conservados en el genoma de Alligator mississippiensis.
