RESUM
INTRODUCCIÓ
MATERIALS i MÈTODES
RESULTATS
DISCUSSIÓ
CONCLUSIONS
REFERÈNCIES
 
 
Conclusions
 


A partir del nostre anàlisi sobre el genoma d’Orycteropus aferhem pogut anotar 21 selenoproteïnes: DI1-3, GPx1-4, Sel15, SelK, SelI, SelM, SelN, SelO, SelP, SelR1, SelS, SelT, SelW, SPS2, TR1 i TR2.(*) Això concorda amb els resultats esperats, ja que els mamífers presenten unes 20 selenoproteïnes, aproximadament.

També s’han pogut anotar 16 homòlegs en cisteïna: DI1-2, GPx5-8, MsrA, SelR2-3, SelT, SelU1-3, SelW, SelO i TR; i un homòleg en glicina, Sel15.

Pel que fa la maquinària, hem trobat tots els elements necessaris per a la síntesi de selenoproteïnes: SPS1, SPS2, eEFSec, SBP2, SECp43, SecS i PSTK.

En alguns casos, hem considerat que el genoma de l’Orycteropus aferno conté determinades selenoproteïnes. En el cas de GPx6 s’ha trobat un bon alineament de tota la proteïna però la Sec no està conservada, doncs s’ha substituït per una Cys, per això en l’organisme estudiat considerem GPx6 com a homòleg en cisteïna i no selenoproteïna. En SelH hem obtingut un bon alineament de tota la proteïna, però s’ha perdut el motiu específic del centre catalític, i per tant hem considerat que no és una selenoproteïna. Els resultats obtinguts per SelV i TR3 han sigut molt dolents, i per tant no podem considerar que la proteïna es trobi en el genoma de l’organisme estudiat. Tampoc s’han trobat selenoproteïnes en l’anàlisi realitzat amb les querys del T. nigroviridis (Fep15, SelL i SelU).

Ens hem trobat també, amb alguns casos dubtosos com ara l’anàlisi de GPx5. En un primer moment vam obtenir una Cys en el centre catalític (igual que passa en les querys utilitzades), ara bé, si analitzàvem l’output de l’exonerate observàvem una Sec, fet que ens feia pensar que podria ser una selenoproteïna. Al fer una cerca en la bibliografia vam veure que aquesta proteïna contenia inicialment una Sec però al llarg de l’evolució (a partir del Platypus) es canvia a una Cys. Per això, vam descarregar una nova seqüència, query, de Sus scrofa(porc senglar) que és més proper evolutivament parlant i té Sec. Finalment, hem conclós que aquesta en O. aferés un homòleg en cisteïna tot i que conserva l’element SECIs.


Cal tenir en compte que hi ha bastantes regions de nucleòtids sense identificar. Això és degut a que falten millores en la seqüenciació i en l’ensemblatge i, per tant, podria donar errors i influir negativament a l’hora d’anotar selenoproteïnes. Seria interessant, doncs, repetir els anàlisis els propers anys per poder obtenir resultats concloents.

(*) Per a visualitzar totes les selenoproteïnes conservades en O. afer, clica aquí.

Tornar a dalt