Discussió

Discussió per a la família GPx

Sphaeroforma Arctica

El tBLASTn contra la selenoproteïna GPx humana amb el genoma del protista ha rebel·lat només un hit amb un e-value estadísticament significatiu:

HIT		REGIÓ		INICI 		FINAL 		e-value	

hit0		supercont1.626	17954		17745		5e-09	

Aquest hit veiem que alinea la selenocisteïna de la query amb una selenocisteïna en el genoma del protista (exonerate i T-Coffee).

S'ha trobat un element SECIS vàlid, és a dir, a una distància 3' molt pròxima a la seqüència.

>supercont1.626:subseq(0,50000):[15701,15608] 
CTCGTTACTT TGATATC TGGCAAACGAGAT ATGAA CATGCTTTTG AA AAAATTG CAAATGTGC AGGAA CTTCACAAA 
ATTTTTG ATCGACAGAG 

Amb aquesta informació podem dir que S.artica té una selenoproteïna de la família de les GPx en el seu genoma.

Hem dut a terme un blastp contra la base de dades no redundant del NCBI. Hem vist que aquesta proteïna no estava descrita en S. artica , però la majoria de les annotacions obtingudes eren alineaments amb GPx.

Pel que fa a la maquinària, hem trobat seqüències de eEF-Sec, Pstk, SLA/LP i SPS2.