Resultats i Discussió de L. tarentolae
| tBLASTn | Hits | Fastasubseq | Estructura exònica | cDNA | Proteïna | tCoffee | Selenoproteïna | SeCIS |
 |
1 | |
 |
|
|
|
Homòleg en cisteïna |  |
| 2 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |||||
| 3 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
| 4 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
La cerca amb tBlastn de la query d'Emiliana huxleyi al genoma de L.tarentolae ha reportat 4 hits significatius (E-value < 1.10-4) en scaffolds diferents.
Hit 1
Tant Exonerate com Genewise prediuen un únic alineament. És directe, està format per un únic exó, i la selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna. El Tcoffee detecta una regió homòloga a la query, i els primers hits que retorna el Blastp realitzat amb NCBI són tots proteïnes de la Família de les Tiorredoxina-Disulfit Isomerasa (TDI). No s'han detectat elements SeCIS amb SECISearch. Amb molta probabilitat, l'alineament correspon a un gen homòleg a EhSEP2 amb una cisteïna enlloc de selenocisteïna.
Hit 2
Mentre Exonerate prediu dos alineaments, Genewise sols detecta el segon.
- El primer és revers i consisteix en un únic exó, on la selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna. El Tcoffee prediu una regió homòloga que, malgrat no és molt extensa, engloba la seqüència consens de les TDI. Moltes proteïnes d'aquest tipus han estat retornades amb NCBI.
- L'estructura exònica i la seqüència proteica del segon alineament són idèntiques tant amb Exonerate com amb Genewise. El gen és revers i estaria format per un únic exó amb cisteïna enlloc de selenocisteïna. L'alineament proteic amb Tcoffee mostra una regió homòloga amb la query, i NCBI pràcticament només retorna proteïnes de la família TDI.
Cap element SeCIS ha estat detectat. Els dos alineaments no se solapen, de manera que tot indica que es tracta de dos gens homòlegs a EhSEP2 amb cisteïna.
Hit 3
La predicció d'Exonerate i Genewise coincideix. Detecten un alineament directe, sense introns, i on la selenocisteïna de la query s'alinea amb un residu de cisteïna. El Tcoffee és bo i NCBI retorna nombroses proteïnes del tipus TDI. No s'ha detectat cap element SeCIS amb SeCISearch. Tot fa indicar que el gen predit és molt probablement un homòleg amb cisteïna d'EhSEP2.
Hit 4
L'anàlisi amb Exonerate prediu un únic gen revers, format per un sol exó, i amb una serina alineant-se amb la selenocisteïna de la query. Cal destacar també que la seqüència consens presenta diferències considerables (KWSRQC). Les regions d'alta similitud que detecta Tcoffee són molt escasses i l'alineament general no és massa bo. Malgrat tot, el Blastp amb NCBI retorna força proteïnes de tipus TDI. No s'han trobat elements SeCIS. El fet que la seqüència consens no estigui conservada i que el Tcoffee no sigui massa bo, no permet concloure amb certesa si l'alineament trobat és o no un gen homòleg amb serina d'EhSEP2.
Conclusió
Segons els resultats obtinguts, L.tarentolae no conté la selenoproteïna EhSEP2. No obstant, sí que presenta alguns gens homòlegs sense selenocisteïna. En concret, se n'han detectat quatre repartits en tres scaffolds, tots homòlegs ambsteïna.
