En la taula següent es mostren els resultats de la query de SelO humana
| Organisme | tblastn | Exonerate | cDNA_E | Proteïna_E | Tcoffee_E | Genewise | Tcoffee_G | SECIS |
| F. cylindrus | hit 0 |  |
|
|
 |
|
|
 |
| hit 1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| P.capsici | hit 0 | |
|
|
|
|
|
 |
| A.laibachii Nc14 | hit 0 | |
|
|
|
|
|
 |
| hit 1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| G. niphandrodes | |
|
|
|
|
|
|
|
| I. multifiliis Strain G5 | hit 0 | |
|
|
|
|
|
|
| S. arctica | hit 0 | |
|
|
|
|
|
|
| hit 1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 4 | |
|
|
|
|
|
 |
|
| hit 5 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 6 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 7 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 8 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 9 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 10 | |
|
|
|
|
|
|
|
| P. polycephalum | hit 0 | |
|
|
|
|
|
|
| hit 1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 5 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 6 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 7 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 8 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 9 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 10 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 11 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 12 | |
|
|
|
|
|
|
|
| hit 13 | |
|
|
| |
|
|
|
| D.fasciculatum | |
|
|
|
|
|
|
|
| D. discoideum AX4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| L. donovani BPK282A1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| L. tarentolae | |
|
|
|
|
|
|
|
| T. congolense | |
|
|
|
|
|
|
|
| C. fasciculata | |
|
|
|
|
|
|
|
| A. rara | |
|
|
|
|
|
|
|
- Taula1.
- Hi ha hagut alineament en els Tcoffee E i G però no amb cap cisteïna o selenocisteïna. En el cas del hit13 de P.polycephalum l'exonerate no va funcionar, així que no obtenim cDNA, proteïna i Tcoffee exonerate.
- Hi ha hagut alineament amb cisteïna però no es té en compte perquè la seqüència és massa curta.
- Els valors dels hits obtinguts en el procés d'automatització del blast es troben recopilats en aquest arxiu
En la taula següent es mostren els resultats de la query de SelO de E.siliculosus
| Organisme | tblastn | Exonerate | cDNA_E | Proteïna_E | Tcoffee_E | Genewise | Tcoffee_G | SECIS |
| F. cylindrus | h0 | |
|
|
|
|
|
|
h1 | |
|
|
|
|
|
|
| h2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| P.capsici | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| A.laibachii Nc14 | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| h1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| G. niphandrodes | |
|
|
|
|
|
|
|
| I. multifiliis Strain G5 | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| S. arctica | h0 | |
|
|
|
|
|
|
h1 | |
|
|
|
|
|
|
| h2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h5 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h6 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h7 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h8 | |
|
|
|
|
|
|
|
| P. polycephalum | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| h1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h5 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h6 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h7 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h8 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h9 | |
|
|
|
|
|
|
|
| D.fasciculatum | |
|
|
|
|
|
|
|
| D. discoideum AX4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| L. donovani BPK282A1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| L. tarentolae | |
|
|
|
|
|
|
|
| T. congolense | |
|
|
|
|
|
|
|
| C. fasciculata | |
|
|
|
|
|
|
|
| A. rara | |
|
|
|
|
|
|
|
Taula2. Els valors dels hits obtinguts en el procés d'automatització del blast es troben recopilats en aquest arxiu
- No hi ha alineament en els Tcoffee E i G o hi ha alineament però amb altres aminoàcids que no sòn cisteïna o selenocisteïna.
En la taula següent es mostren els resultats de la query de SelO de P. infestans T30-4
| Organisme | tblastn | Exonerate | cDNA_E | Proteïna_E | Tcoffee_E | Genewise | Tcoffee_G | SECIS |
| F. cylindrus | h0 | |
|
|
|
|
|
|
h1 | |
|
|
|
|
|
|
| h2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| P.capsici | |
|
|
|
|
|
|
|
| A.laibachii Nc14 | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| h1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| G. niphandrodes | |
|
|
|
|
|
|
|
| I. multifiliis Strain G5 | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| S. arctica | h0 | |
|
|
|
|
|
|
h1 | |
|
|
|
|
|
|
| h2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h5 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h6 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h7 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h8 | |
|
|
|
|
|
|
|
| P. polycephalum | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| h1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h5 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h6 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h7 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h8 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h9 | |
|
|
|
|
|
|
|
| D.fasciculatum | |
|
|
|
|
|
|
|
| D. discoideum AX4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| L. donovani BPK282A1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| L. tarentolae | |
|
|
|
|
|
|
|
| T. congolense | |
|
|
|
|
|
|
|
| C. fasciculata | |
|
|
|
|
|
|
|
| A. rara | |
|
|
|
|
|
|
|
Taula3. Els valors dels hits obtinguts en el procés d'automatització del blast es troben recopilats en aquest arxiu
- No hi ha alineament en els Tcoffee E i G o hi ha alineament però amb altres aminoàcids que no sòn cisteïna o selenocisteïna.
Arxius dels resultats
Aquí teniu tots els documents en carpetes comprimides o excels
SelO humana |
SelO E. siliculosus |
SelO P.infestans |