1.Obtenció dels genomes dels protistes

Els genomes dels protistes van ser extrets del directori proporcionat pels professors de l’assignatura:

	/cursos/BI/genomes/protists/2012

La seqüència aminoacídica de les selenoproteïnes O i P va ser obtinguda mitjançant la base de dades SelenoDB en un arxiu de format fasta. D’altra banda, la seqüència d’aminoàcids de la selenoproteïna Tryp es va extreure del directori següent:

	/cursos/BI/genomes/protists/genomes_list_and_info.tab

 >gi|299471650|emb|CBN76872.1| selenoprotein O homolog [Ectocarpus siliculosus]
MSLASAVTSSAEGLLLARASVRRGASSSSRVFGAAAPSSSCRRGTHHISSTAAFTYPAAATAAAATASVS
HSNRNDRVVTARPASRTAMSTAVDAAATCSSSTLDTLPFDNRVIRELPVDPITDNYVRRVENACFSIVAP
DPVVKPVMVAASNSALGLLGLAAEEGQREDAAEYFSGNKLMPGAQPHAHAYCGHQFGSFAGQLGDGAAMY
LGEVEGPSGRWEIQFKGAGLTPYSRSADGRKVLRSSIREFLCSEAMHFLGIPTTRAAALVTSDTKVRRDV
FYTGNVIQERASIVTRLAPTFLRFGSFEIFKPRDPRTGRDGPSAGNDALRLQMLEYAIGRFFPGAAAAGP
EGSKARYLAMYEEAVRSTAELVAKWQCVGFTHGVLNTDNMSILGLTIDYGPYGFMDFFDPKFVPNGSDGG
GRYSYERQPEMCKWNLHKFAEAVAPALPLSDSTAALEKYDGLFKGYYEEGMRRKLGLFSVEEDDDGLFES
LFATMADTSADFTGTFRELAQLVPGGDVDAVSKALAAQCAGPKIKAKALRRAVDIGRPSIPPQQLQGLWA
MAQENPEALAQRFSAPKDAVIAELREEMQKLSNYDAAQQRLKDMEALEEDGXEAIEDAEKGDFSGVQRVL
RLLESPYDPPADDGEGSSSPGGKDYLRATPDWAADLVCTCSS

 >gi|262106269|gb|EEY64321.1| selenoprotein O, putative [Phytophthora infestans T30-4]
MMTRMANSGRGSLSRSFSSWRRLPSSRFDNAVLRELPIDTEPKNFVRSAVSGACFSRVDPTPIASPELVV
TSPNSLLLVGIELNESDSKSQDEGVNGEGDDLQPIETLVPILAGNTLLPGAETAAQCYCGHQFGFFSGQL
GDGAALYLGEVVAVDERWELQLKGSGLTPYSRTADGRKVLRSTLREFLCSENMHALGVPTTRAGSVVTSK
ETQVLRDIFYNGDAKMEPTAVVTRIAKSFLRFGSFEIFKDEDKLTGLAGPSAHLENKEEMMREMLDFTIR
QYYSEISGARKYEKFFQEVVRRTAMLVAKWQSIGFCHGVLNTDNMSIVGDTLDYGPFGFMEHFDPKHICN
TSDDRGRYRYEAQPEVCKWNCGVLADQLGLVTERAGLEPILESFDAVYEAEYMRLMREKLGLSDEEKEDK
MLVDTLFDVLAFTGADFTCTFRYLSELDVFETGDCREQVLNKLVAVSETLAQQKRKLELDSGGVSDAQFD
MVVMLLQENPVRARQYGITPALVAQIKANREAKKLLDATTDEERMDSIRTVWVDWIDVYISRVKEQGDAA
SDADRRRRMLDVNPLFVLRNHVAQKAIDFAHEGDYDAVQHIFELVTNPFDEPTDDRDLEYARPQDSSTAP
LCVSCSS

 >gi|283464107|gb|ADB22637.1| selenoprotein P [Saccoglossus kowalevskii]
MGHQGMLLAALLSLATLVCSAPISPECPDGVLWSVNEETPMLANRGKVVVVALLQASUHFCLSQAEALEV
LREKFLSQGMDEISFLVVNSKKLHSQFLIGHLHQRVSFPVYQARYENDIWSQLDGAKDDIIVYDRCGKLV
DHIRMPYSFLENDNVERAIVSAYYENPCGRCEVVEPQVSEDLVTYEVNTSYEGSGDIIDGDPLVYLIELE
HEVEDLEKQALERQRVRNHSQTNSSDESQMVGQDEKNSESMESREDKSGSASSEESKKYGSTESKSGSFS
SEESKQDGSRQSGSSEESKQDGSRQSGSSEESKQDGSRQFGSSEESKQDGSRQSGSSEEKKKDDDWWKVE
KWSSEDKHSKEESHDKKSKDKDSLEATRKDWSSESDEDSFEKKKK

El nostre objectiu és comparar la seqüència aminoacídica d’una selenoproteïna amb el genoma d’un protist i per fer-ho utilitzarem el tblastn que compara una query proteica contra una base de dades nucleotídica, que en el nostre cas seran els genomes dels protists assignats. El problema de blast és que fa servir un algorisme heurístic, per tant podem perdre informació de hits que no tinguin una similitud molt elevada.
Primer de tot cal exportar el software NCBI BLAST a l’ordinador per mitjà de les ordres següents:

	$ export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH 

	$ cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/ 

La comanda que realitzarà la cerca en BLAST és la següent:

	$ blastall -p tblastn -i fitxerquery.fa -d nombbddBLAST.fa -o fitxerdesortida 

on -p ens indica el tipus de BLAST que utilitzarem, -i indica el fitxer on tenim la query, -d indica el nom de la base de dades de BLAST en la qual volem fer la cerca i -o el nom del fitxer de sortida que volem que BLAST ens emmagatzemi els resultats obtinguts de la cerca.

Un exemple de la comanda aplicada al nostre treball:

	$ blastall -p tblastn -i selPhuman.fa -d /cursos/BI/genomes/protists/2012/A.laibachii_Nc14/genome.fa -o .... 

4.Extracció regions genòmiques

Per obtenir les regions genòmiques dels hits s'utilitza un conjunt de programes que formen part de software exonerate. Primer de tot cal exportar al programa amb la següent comanda:

	$ export PATH=/cursos/BI/bin/exonerate/i386/bin:$PATH 

Es necessiten uns passos previs fins a obtenir la regió genòmica

a) Fastaindex: aquest programa ens permet indexar els genomes perquè puguin funcionar en el següent programa, és a dir, ordena el genoma en un fitxer en forma d'índex de cada cromosoma del genoma:

	$ fastaindex /directori/genoma.fa sortida.index 

b) Fastafetch: comanda que serveix per buscar la seqüència d’interès en l’índex que hem creat,és a dir, permet trobar en quina regió del genoma del protist es troba un hit determinat.

 
	$ fastafetch /directori/genoma.fa sortida.index nomseq > nomseq.fa

c) Fastasubseq: En tenir un fitxer fasta (després del fastafetch deixa de ser multifasta) permet utilitzar la comanda fastasubseq que serveix per seleccionar la part de la seqüència d’interès. A l’hora de delimitar la llargada cal tenir en compte la seqüència diana més un marge d’error tant per davant com per darrere(upstream i downstream), que serà d’aproximadament uns 50000 nucleòtids, per tal de no perdre informació i garantir que s’inclouen els extrems 3’ i 5’. La posició d’inici depèn de si el sentit és forward o reverse, per aquest motiu s’agafarà sempre d’inici la posició més petita.

	$ fastasubseq query.fa start length > output.fa


Exemple:$ fastasubseq /directori/genoma.fa start length > genomic.fa 
 

5.Anotació de genomes

a) Exonerate : Consisteix en la generació d’una anotació amb exonerate i emmagatzematge de les coordenades de l’exó en format GFF. La seqüència query, en el nostre cas, és la selenoproteïna humana i la target és la seqüència del genoma del protist, en la regió extreta gràcies a fastasubseq, per això proporciona un alineament més precís que BLAST. Cal tenir en compte que aquest programa no reconeix el símbol U de les selenocisteïnes i per això s’ha de substituir per una X.

	$ exonerate -m p2g --showtargetgff -q query.fa -t scaffold.fa | more 

També es pot concatenar un egrep per tal que agafi els exons i redigir-los a un fitxer.

b) Genewise: és un software que ens permet obtenir l'anotació del gen del hit que obtingut amb blast. Fa la mateixa funció que l'exonerate, però de forma més ràpida i en menys passos. Ens serveix per confirmar si és correcte l'exonerate o per obtenir algun gen que no s'hagi trobat amb exonerate.

	$ export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH

	$ export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg

la comanda necessària per executar-lo:

	$ genewise -pep -pretty -cdna -gff query.fa genomic.fa > fitxersortida.gff

6.Traducció de proteïnes

A partir del fitxer GFF que hem obtingut després de realitzar el exonerate, s'utilitza un programa en Perl (fastaseqfromGFF.pl) s'obté un fitxer tipus FASTA amb el cDNA corresponent. Utilitzant el programa fastatranslate, es podrà traduir la seqüència a proteïna.

	$ fastaseqfromGFF.pl scaffoldsubseq.fa protein.gff > protein.cdna
	
	$ more protein.cdna > scaffold:subseq(start,length)
CCATCTGGATTTGTAATTCCAAAAGTGTTTTTGTATCTAACAATATACAGTATTAAAAAAACATGCCAGCAAATTCAAGCCGAATTGACGGCCGCCGACTGCCGGGCGTTGGGTTTTATTAAGGCCCAGTTAATGTGTTCCAGTTGCGAAAAACTGGATGATTTCGGATTGGATACCATCAAGCCTCAGTGTAAGCAATGCTGCACTTTGGATCAGCAGCCGGCGGCACAGCGGACATATGCCAAGGCAATTCTGGAGGTGTGCACCTGCAAATTCCGGGCCTATCCGCAGATTCAG
	$ fastatranslate protein.cdna

De totes les seqüències obtingudes, cal seleccionar la de la pauta de lectura que més s’assembli a la nostra predicció.

	$ t_coffee   

Exemple:$ t_coffee query.fa translate.fa 

8.Automatització

Gràcies a les automatitzacions dels projectes de cursos anteriors shan desenvolupat una sèrie de programes en llenguatge bash i perl per tal de agilitzar el procés de recerca de selenoproteïnes en un gran volum de dades. Adaptant els programes del projecte de Costa M, Domingo C, Girbau A i Inglés M (2010-2011), shan programat tres programes bash i un perl.

Com utilitzar-lo: Abans de començar cal fer els export corresponents per instal·lar els programes blast, exonerate, genewise i t_coffee.

1. Blast.bash

Aquest programa executarà el tblastn per cada una de les queries amb tots els genomes dels protists que es volen analitzar.
Abans de començar però, al treballar amb una base de dades de tots els genomes en format multifasta, shan de crear els arxius que volem utilitzar de forma que BLAST ho pugui entendre. Cal col·locar els genomes en un directori amb el nom de l'organisme on el genoma es trobi formatejat i indexat de forma que el nom de la base de dades sigui “genoma.fa”.
Per poder fer córrer el programa cal:

• Una carpeta que hem anomenat “llibreria” on col·locarem les seqüències de les nostres queries en documents en format fasta (ex: selo.fa).
• Una carpeta dins de llibreria anomenada “genomes” on es troben els índex de cada genoma a analitzar. Per obtenir això sha fet córrer la següent comanda:

$ fastaindex /cursos/BI/genomes/protists/2012//genome.fa ./llibreria/genomes/.index 

• Dins de genomes una carpeta anomenada “output_blast” on es guardaran els resultats del tblastn en format resumit, amb el nom: “query.genoma.txt”
• Una carpeta al mateix directori on es troba llibreria que sanomena “blast_selec”. Es generarà una carpeta per cada query per la que sobtenen resultats, dins de les quals hi haurà unes altres carpetes per cada protists que ens doni el resultat, dins les quals hi trobarem els arxius per a cada hit trobat amb un e-value significatiu (e-value major a 0,001) amb el nom: “query_genoma_hit.txt”. La jerarquia de l'arbre de directoris serà la següent: "query/genoma/nomdelarxiu.txt".
• El programa dosificador.pl

Per visualitzar i valorar el resultat obtingut es crearà un arxiu anomenat "resultats_blast.txt" on es veuran només els hits que siguin significatius.

• Codi: blast.bash
• Codi: dosificador.pl

2. Programa Bash

Aquest programa executarà l'exonerate i el genewise per cada un dels hits obtinguts amb el programa anterior.
Perquè funcioni calen unes carpetes que es crearan automàticament amb el programa i s'hi emmagatzemarà la informació següent:

• “regions”: és on es guardaran les regions obtingudes amb el programa fastafetch.
• “subseq”: és on es guardaran les regions obtingudes amb el programa fastasubseq.
• "exonerate_output": és on s'enviaran els fitxers de sortida de l'exonerate en format gff.
• "cDNA":és on es guardaran els cDNAs de les proteïnes predites, si és el cas, per l'exonerate.
• "translations" és on es guardaran un arxiu amb les 6 possibles traduccions per a cada cDNA obtingut.*
• “translationsok”:és on es guardaran les traduccions corresponents al frame 1 que entenem que és el correcte.
• "genewise": on s'emmagatzemaran els resultats del Genewise

* Aquest punt és molt important. S'ha de mirar que en tots els hits l'ORF a escollir sigui el número 1. En el nostre cas, ha estat així, per tant, sha procedit amb lautomatització i shan seleccionat en cada un dels hits el frame 1.

Quan acaba el programa es genera un arxiu anomenat “resultats_exonerate.txt” on es mostren els exonerates que han predit gens. Això ens serveix, per una banda, per veure quins hits obtinguts mitjançant tblastn hem perdut i, per l'altre, per saber amb quins exonerates seguirem treballant.

Codi: programa.bash

3. TCoffee

Per poder córrer el TCoffee és necessari canviar les U de les seqüències de les queries per X i guardar-les en format fasta al mateix directori on prèviament cal haver creat les següents carpetes:

• “t_coffe_e” on es guardaran els arxius dels resultats de l'alineament de les proteïnes obtingudes amb l'exonerate.
• “PEP”: on es guardaran les seqüències .pep dels resultats de Genewise amb el mateix nom anterior en format fasta (.fa).
• "t_coffe_g”: on es guardaran els arxius de sortida dels resultats de l'alineament de les proteïnes obtingudes mitjançant genewise.

Codi: tcoffee.bash

9.BlastP

Útil per a comprovar si la proteïna obtinguda té homòlegs en altres espècies. Consisteix en fer una cerca blastp contra el conjunt no redundant de totes les proteïnes disponibles a la pàgina web de NCBI.

10.Recerca de SECIS

Un cop finalitzada la cerca de selenoproteïnes, es va procedir a la cerca d’elements SECIS i maquinària de traducció. La cerca d’elements SECIS es va fer mitjançant el programa secis.bash que ens dona les dades per pantalla usant el patró que ens ofereix per defecte el programa. També es pot fer a través de la plana del software SECISearch o bé a través d’un programa disponible a través de les següents comandes:

        $ export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH

Per executar el programa utilitzarem la comanda següent:

        $ SECISearch.pl genomic.fa

On genomic.fa és la seqüència on es vol trobar els elements SECIS.En aquest treball s'han utilitzat les seqüències guardades a la carpeta “subseq”.

Codi: secis.bash

#!/bin/bash 

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH 

for file in ./subseq/*.fa; do { 
	SECISearch.pl $file 
	} done

11.Recerca de maquinària

Hem utilitzat els mateixos programes que hem fet servir per obtenir les selenoproteïnes.

Queries humanes utilitzades de la maquinària

• Sps2

>SPS2.HUMAN.gi|14717790|gb|AAC50958.2| selenophosphate synthetase 2 [Homo sapiens]
MAEASATGACGEAMAAAEGSSGPAGLTLGRSFSNYRPFEPQALGLSPSWRLTGFSGMKGXGCKVPQEALL
KLLAGLTRPDVRPPLGRGLVGGQEEASQEAGLPAGAGPSPTFPALGIGMDSCVIPLRHGGLSLVQTTDFF
YPLVEDPYMMGRIACANVLSDLYAMGITECDNMLMLLSVSQSMSEEEREKVTPLMVKGFRDAAEEGGTAV
TGGQTVVNPWIIIGGVATVVCQPNEFIMPDSAVVGDVLVLTKPLGTQVAVNAHQWLDNPERWNKVKMVVS
REEVELAYQEAMFNMATLNRTAAGLMHTFNAHAATDITGFGILGHSQNLAKQQRNEVSFVIHNLPIIAKM
AAVSKASGRFGLLQGTSAETSGGLLICLPREQAARFCSEIKSSKYGEGHQAWIVGIVEKGNRTARIIDKP
RVIEVLPRGATAAVLAPDSSNASSEPSS

• Sbp2

>SBP2human_SPP00000037_1.0 # Protein # SECIS binding protein 2 (SBP2) # Homo sapiens # Complete
MASEGPREPESEGIKLSADVKPFVPRFAGLNVAWLESSEACVFPSSAATYYPFVQEPPVT
EQKIYTEDMAFGASTFPPQYLSSEITLHPYAYSPYTLDSTQNVYSVPGSQYLYNQPSCYR
GFQTVKHRNENTCPLPQEMKALFKKKTYDEKKTYDQQKFDSERADGTISSEIKSARGSHH
LSIYAENSLKSDGYHKRTDRKSRIIAKNVSTSKPEFEFTTLDFPELQGAENNMSEIQKQP
KWGPVHSVSTDISLLREVVKPAAVLSKGEIVVKNNPNESVTANAATNSPSCTRELSWTPM
GYVVRQTLSTELSAAPKNVTSMINLKTIASSADPKNVSIPSSEALSSDPSYNKEKHIIHP
TQKSKASQGSDLEQNEASRKNKKKKEKSTSKYEVLTVQEPPRIEDAEEFPNLAVASERRD
RIETPKFQSKQQPQDNFKNNVKKSQLPVQLDLGGMLTALEKKQHSQHAKQSSKPVVVSVG
AVPVLSKECASGERGRRMSQMKTPHNPLDSSAPLMKKGKQREIPKAKKPTSLKKIILKER
QERKQRLQENAVSPAFTSDDTQDGESGGDDQFPEQAELSGPEGMDELISTPSVEDKSEEP
PGTELQRDTEASHLAPNHTTFPKIHSRRFRDYCSQMLSKEVDACVTDLLKELVRFQDRMY
QKDPVKAKTKRRLVLGLREVLKHLKLKKLKCVIISPNCEKIQSKGGLDDTLHTIIDYACE
QNIPFVFALNRKALGRSLNKAVPVSVVGIFSYDGAQDQFHKMVELTVAARQAYKTMLENV
QQELVGEPRPQAPPSLPTQGPSCPAEDGPPALKEKEEPHYIEIWKKHLEAYSGCTLELEE
SLEASTSQMMNLNL

• Sps1

>SPS1.HUMAN.gi|12654243|gb|AAH00941.1| Selenophosphate synthetase 1 [Homo sapiens]
MSTRESFNPESYELDKSFRLTRFTELKGTGCKVPQDVLQKLLESLQENHFQEDEQFLGAVMPRLGIGMDT
CVIPLRHGGLSLVQTTDYIYPIVDDPYMMGRIACANVLSDLYAMGVTECDNMLMLLGVSNKMTDRERDKV
MPLIIQGFKDAAEEAGTSVTGGQTVLNPWIVLGGVATTVCQPNEFIMPDNAVPGDVLVLTKPLGTQVAVA
VHQWLDIPEKWNKIKLVVTQEDVELAYQEAMMNMARLNRTAAGLMHTFNAHAATDITGFGILGHAQNLAK
QQRNEVSFVIHNLPVLAKMAAVSKACGNMFGLMHGTCPETSGGLLICLPREQAARFCAEIKSPKYGEGHQ
AWIIGIVEKGNRTARIIDKPRIIEVAPQVATQNVNPTPGATS

• pstk

>PSTK.HUMAN.gi|23273402|gb|AAH35344.1| Phosphoseryl-tRNA kinase [Homo sapiens]
MKTAENIRGTGSDGPRKRGLCVLCGLPAAGKSTFARALAHRLQQEQGWAIGVVAYDDVMPDAFLAGARAR
PAPSQWKLLRQELLKYLEYFLMAVINGCQMSVPPNRTEAMWEDFITCLKDQDLIFSAAFEAQSCYLLTKT
AVSRPLFLVLDDNFYYQSMRYEVYQLARKYSLGFCQLFLDCPLETCLQRNGQRPQALPPETIHLMRRKLE
KPNPEKNAWEHNSLTIPSPACASEASLEVTDLLLTALENPVKYAEDNMEQKDTDRIICSTNILHKTDQTL
RRIVSQTMKEAKGNQEAFSEMTFKQRWVRANHAAIWRIILGNEHIKCRSAKVGWLQCCRIEKRPLSTG

• Secp43

>SECP43.HUMAN.gi|8923460|ref|NP_060316.1| tRNA selenocysteine 1-associated protein 1 [Homo sapiens]
MAASLWMGDLEPYMDENFISRAFATMGETVMSVKIIRNRLTGIPAGYCFVEFADLATAEKCLHKINGKPL
PGATPAKRFKLNYATYGKQPDNSPEYSLFVGDLTPDVDDGMLYEFFVKVYPSCRGGKVVLDQTGVSKGYG
FVKFTDELEQKRALTECQGAVGLGSKPVRLSVAIPKASRVKPVEYSQMYSYSYNQYYQQYQNYYAQWGYD
QNTGSYSYSYPQYGYTQSTMQTYEEVGDDALEDPMPQLDVTEANKEFMEQSEELYDALMDCHWQPLDTVS
SEIPAMM

• SLAPL

>OPtRNAsecSTHuman.gi|267844904|ref|NP_058651.3| O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase [Homo sapiens]
MNRESFAAGERLVSPAYVRQGCEARRSHEHLIRLLLEKGKCPENGWDESTLELFLHELAIMDSNNFLGNC
GVGEREGRVASALVARRHYRFIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLDIIKLAGVHTVANCFVV
PMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMITAGFEPVVIENVLEGDELRTDLKAVEAKVQ
ELGPDCILCIHSTTSCFAPRVPDRLEELAVICANYDIPHIVNNAYGVQSSKCMHLIQQGARVGRIDAFVQ
SLDKNFMVPVGGAIIAGFNDSFIQEISKMYPGRASASPSLDVLITLLSLGSNGYKKLLKERKEMFSYLSN
QIKKLSEAYNERLLHTPHNPISLAMTLKTLDEHRDKAVTQLGSMLFTRQVSGARVVPLGSMQTVSGYTFR
GFMSHTNNYPCAYLNAASAIGMKMQDVDLFIKRLDRCLKAVRKERSKESDDNYDKTEDVDIEEMALKLDN
VLLDTYQDASS

• eEFsec

>eEFsec.Human.SPP00000038_1.0 # Protein # Eukaryotic elongation factor (eEFSec) # Homo sapiens # Complete
MAGRRVNVNVGVLGHIDSGKTALARALSTTASTAAFDKQPQSRERGITLDLGFSCFSVPL
PARLRSSLPEFQAAPEAEPEPGEPLLQVTLVDCPGHASLIRTIIGGAQIIDLMMLVIDVT
KGMQTQSAECLVIGQIACQKLVVVLNKIDLLPEGKRQAAIDKMTKKMQKTLENTKFRGAP
IIPVAAKPGGPEAPETEAPQGIPELIELLTSQISIPTRDPSGPFLMSVDHCFSIKGQGTV
MTGTILSGSISLGDSVEIPALKVVKKVKSMQMFHMPITSAMQGDRLGICVTQFDPKLLER
GLVCAPESLHTVHAALISVEKIPYFRGPLQTKAKFHITVGHETVMGRLMFFSPAPDNFDQ
EPILDSFNFSQEYLFQEQYLSKDLTPAVTDNDEADKKAGQATEGHCPRQQWALVEFEKPV
TCPRLCLVIGSRLDADIHTNTCRLAFHGILLHGLEDRNYADSFLPRLKVYKLKHKHGLVE
RAMDDYSVIGRSLFKKETNIQLFVGLKVHLSTGELGIIDSAFGQSGKFKIHIPGGLSPES
KKILTPALKKRARAGRGEATRQEESAERSEPSQHVVLSLTFKRYVFDTHKRMVQSP

Inicialment la recerca del tRNAsec, es va realitzar inicialment amb el software tRNAscan-SE 1.21, però no funcionava correctament. El professor de l'assignatura Didac Santesmasses ens va proporcionar els resultats.