Les selenoproteïnes es caracteritzen per tenir en la seva seqüència proteica, un aminoàcid força desconegut, la selenocisteïna (Sec). Aquesta es codifica pel codó UGA, que indica també codó STOP. En la major part de bases de dades actuals de genomes, el codó de Sec és classificat com a codó STOP, d’aquesta manera la predicció de selenoproteïnes pot ser errònia.

L'objectiu d'aquest treball és cercar en 14 genomes de protistes acabats de seqüenciar en el 2011, tres tipus de selenoproteïnes conegudes i ja trobades en altres organismes (SelO, SelP i SelTryp). El projecte es realitza gràcies al ús de diferents programes informàtics manuals com BLAST, Exonerate, Genewise, Tcoffee i SECISearch, i l’automatització d’aquests.

En aquest projecte s’han predit tant la selenoproteïna O(SelO) com la Tryp(SelTryp) en genomes de protists diferents. En el primer cas, s’ha trobat un homòleg amb cisteïna de la SelO descrita a Phytophthora infestans en el genoma de Albugo laibachii Nc14. Se sospita que en els genomes de Phytophthora capsici i de Sphaeroforma arctica hi pot haver SelO degut a l'obtenció de resultats significatius i a la presència de màquinaria de transcripció de selenoproteïnes. En el segon, s'ha indentificat SelTryp en els genomes de Trypanosoma congolense i en el de Crithidia fasciculata.

Abstract

Selenoproteins are characterised for having a rare amino acid in its sequence, a selenocistein (Sec). This is codified by the UGA codon, the same one that is usually used as a STOP one. The main problem in current genome databases is that Sec codon is classified as a STOP one so that many selenoproteins are misspredicted.

The aim of this work is to analyse the genome of 14 protists that have recently been sequenced (2011) in order to find whether there is any hidden selenoprotein. Concretely, SelO, SelP and SelTryp, which are well characterised by now, are the proteins to work on in this study. This project is done using many different manual informatics programs such as BLAST, Exonerate, Genewise, Tcoffee and SECISearch, as well as its automation.

In this project, selenoprotein O and selenoprotein Tryp have been predicted in different genomes of protists. In the first place, a cistein homologous of Phytophthora infestans have been found in Albugo laibachii Nc14 genome. It is thought that Phytophthora capsici and Sphaeroforma arctica genomes may contain SelO because of the significant results and the presence of selenoprotein transcription machinery. In the second place, SelTryp has been identified in Trypanosoma congolense and Crithidia fasciculata genomes.