SPS2

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). A diferència de tots els altres genomes, tenint en compte aquests dos criteris, tenim sis hits que compleixen aquests requisits. Com que l’identificador d’aquests hits no és el mateix, els hits seran tractats individualment. Els identificadors dels hits per a la query de A. gambiae són gi|284094290|gb|GG738852.1| (E-value=2e-21)i gi|284088094|gb|GG738883.1| (E-value=2e-18). Els identificadors dels hits per a la query de D. melanogaster són gi|284094290|gb|GG738852.1| (E-value=3e-19) i gi|284088094|gb|GG738883.1| (E-value=1e-17). Els identificadors dels hits per a la query de H. sapiens és gi|284094290|gb|GG738852.1| (E-value=1e-15) i gi|284088094|gb|GG738883.1| (E-value=6e-03).

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i amb Genewise són molt similars, de manera que per defecte sempre ens quedem amb els obtinguts a partir de Exonerate. Per això, les proteïnes predites que es mostren a la taula provenen del programa Exonerate i l’alineament amb T_coffee és el que es realitza amb aquestes proteïnes.

En els alineaments dels dos hits de A. gambiae, dels dos hits de H.sapiens i del primer hit de D. melanogaster amb les respectives queries, la homologia que s’obté no és molt elevada (score ~80) i la selenocisteïna de la query es troba fora de l’alineament, concretament, abans que comenci la proteïna predita. Això significa que la proteïna predita per Exonerate només s’alinea amb una regió de la query. Al comprovar els resultats del tBLASTn per aquests hits podem observar que la regió que s’alinea sí que inclou la selenocisteïna de la query. No obstant, la zona al voltant d’aquest aminoàcid no deu ser suficientment semblant com perquè l’Exonerate la consideri en la seva predicció de gens.
Per confirmar que els hits que hem escollit són la proteïna que ens interessa i no altres proteïnes que tinguin aquesta regió, s’ha realitzat un BLASTp del hit obtingut en el tBLASTn i un BLASTp de la proteïna predita per Exonerate. Ambdós casos mostren com a primer resultat la selenofosfat sintasa, de manera que estem treballant amb la proteïna que volem.

Per altra banda, el segon hit de D. Melanogaster presenta una homologia no molt elevada (score = 83), però es produeix un alineament de la selenocisteïna (X) de la query amb una cisteïna de la proteïna predita per Exonerate. Aquests resultats indiquen que l’espècie N. gruberi presenta un homòleg en cisteïna de la selenoproteïna sps2 en el seu genoma.

A diferència de la majoria dels altres genomes, les tres queries analitzades ens han proporcionat diferents resultats. En aquest cas la query de D. melanogaster és la única que ens ha pogut aportar informació sobre la homologia en cisteïna per Sps2 que presenta N.gruberi. No obstant, en els alineaments del tBLASTn aquesta homologia en cisteïna es troba present en tots els casos.

No s’ha detectat cap element SECIS en la regió 3’ de la proteïna predita.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS2

Naegleria gruberi