SPS2

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per això, la resta de passos es realitzen amb el hit obtingut de la query D. melanogaster gi|300122208|emb|FN668651.1| (E-value=5e-55).

Les proteïnes obtingudes per Genewise i Exonerate són bastant diferents. Considerem que l’alineament més informatiu es produeix amb la proteïna obtinguda per Exonerate. Per això, aquesta és la proteïna que es mostra a la taula i que utilitzem per fer el T_coffee.

A l’analitzar el T_coffee observem que l’homologia és bastant elevada i que la selenocisteïna de la query es troba alineada amb una selenocisteïna (X) en la proteïna del genoma B. hominis. Per tant, aquests resultats indiquen que l’espècie B. hominis conté una regió amb alta homologia amb sps2 i presenta una selenoproteïna en el seu genoma.

Es realitza un BLASTp de la proteïna obtinguda del genoma contra la base de dades no redundant de BLAST. En el resultat d'aquest BLAST es pot observar que la primera proteïna és una proteïna sense anomenar del genoma de B. Hominis. En concret és una proteïna que es troba a la regió de SelD (homològa de Sps en procariotes) amb una longitud superior a la proteïna que hem obtingut del genoma. Per tant, això ens indica que la proteïna obtinguda del genoma B.hominis es correspon a la família Sps.

Per últim, s'ha fet la cerca dels elements SECIS. Hem obtingut elements SECIS en la regió 3' de la selenoproteïna amb un valor energètic de 18.64.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS2

Blastocystis hominis