Blastocystis hominis
Al realitzar el tBLASTn per a les diferents querys de TR contra el genoma de B.hominis hem obtinguts valors molt significatius per les cinc querys que hem seleccionat prèviament (TR1, TR2 i TR3 humana i TR dels protistes Aureococcus anophagefferens i Phytopthora sojae). Llavors hem aplicat els diferents filtres de selecció i hem obtingut un parell de hits per cada query. Com a la resta de genomes que hem estudiat, en aplicar els filtres hem perdut els hits per la query de P.sojae. Hem recuperat aquests hits al aplicar l'opció -F F al tBLASTn. Satisfactòriament, tots els hits obtinguts alineen la selenocisteïna de les respectives querys amb codons TGA. En obtenir dos hits per cada una de les querys i en trobar-se en tots els casos la selenocisteïna alineada amb un codó TGA, ens ha fet pensar que ens hem topat amb una possible duplicació.
Un cop reduïda la regió a estudiar, hem dut a terme el programa Exonerate, que ens ha reportat uns bons alineaments on la selenocisteïna es troba alineada amb un codó TGA. Tot i així, en l'alineament amb la query TR de P. Sojae, el gen es troba dividit en dues parts. No obstant, amb el fastatranslate obtenim una sola proteïna de la mateixa mida que en els altres casos i que a més ha perdut la regió de mal alineament. Aquest fet, és possiblement degut a un mal funcionament del programa.
A continuació, hem executat el GeneWise però n'hem descartat els valors perquè estaven pitjor alineats que en l’Exonerate. Pel què fa l'alineament amb la query de P.sojae que en el cas anterior ens havia donat problemes, la regió que perdíem en l'Exonerate és capaç d'alinear-se amb el GeneWise, però com que perdem altres regions que estaven ben alineades anteriorment, també hem decidit descartar aquest resultat.
Hem realitzat el TCoffee pels resultats obtinguts amb l'Exonerate, ja que, com hem comentat, aquest programa ens dóna uns resultats més bons que els de GeneWise. Tal i com es pot observar en els fitxers adjunts, el programa TCoffee ens reporta uns resultats molt significatius ja que el grau de similaritat entre les querys i les proteïnes predites és molt elevat. Tot i així, per la query T3, s'observa que aquesta presenta un domini a l'inici de la seqüència que no s'alinea gens amb la proteïna predita amb l'Exonerate. Segurament, el que ha passat és que la Thioredoxin reductase 3 humana, disposa d'alguna funció determinada que ve donada per aquest domini i que no trobem en les proteïnes predites de B. Hominis.
Aleshores, per saber si les diferents proteïnes obtingudes corresponen a la mateixa, hem mirat en quina regió cromosòmica es troben i hem fet un alineament múltiple d'aquestes mitjançant el programa TCoffee (veure). En aquest cas, trobem dos tipus de proteïnes diferents. Una que es troba a la regió gi|300122766|emb|FN668661.1| i una altra que es troba a la regió gi|300123462|emb|FN668689.1|. A més, tant una com l'altra s'alineen amb codons TGA. Per tant, podem determinar que segurament ens trobem davant d'una duplicació.
Finalment, per assegurar-nos que les selenoproteïnes que hem trobat pertanyen a la família TR, hem realitzat un BLASTp amb una base de dades no redundant (NCBI) que ens ha permès corroborar que ens trobem amb dues selenoproteïnes de la família Thioredoxin reductase.
Per últim, hem buscat elements SECIS a la regió 3' del gen que codifica per la selenoproteïna trobada en la regió gi|300122766|emb|FN668661.1| i n'hem trobat un executant el programa SECIS.bash, que inclou el programa SECISearch.pl. Com es pot veure en els fitxers adjunts, aquest element es troba a 68 nucleòtids a partir de l'extrem 3' del gen en concret.
També hem buscat elements SECIS a la regió 3' del gen que codifica per la selenoproteïna trobada en la regió gi|300123462|emb|FN668689.1| executant el programa SECIS.bash, que inclou el programa SECISearch.pl i n'hem trobat un altre, que es troba a 58 nucleòtids de l'extrem 3' del gen en concret, és a dir, just després de la seqüència codificant del gen de la selenoproteïna (veure SECIS).