Thioredoxin reductase (TR1, TR2 i TR3)
Aquestes selenoproteïnes pertanyen a la família de les Thioredoxin reductase, importants en el metabolisme del seleni i en la protecció contra l'estrés oxidatiu.
Resultats
TblastN
En el TblastN s'obté un hit molt baix per les tres proteïnes. Les tres thioredoxin reductase s'alineen en el mateix fragment del genoma de Perkinsus marinus, concretament en el contig gi|126302086|gb|AAXJ01000419.1|. A continuació es mostren els resultats de TR1.
Clica la imatge per veure-la gran
Per veure el fitxer de l'alineament clica aquí.
Predicció de TR1 en P. marinus
L'alineament fet pel TblastN no és prou llarg com per veure amb que s'alinea la selenocisteïna humana. Per aquesta raó, es fa un Fastasubseq més restringit a la regió d'interès del contig, i la seqüència nucleotídica obtinguda es tradueix mitjançant el programa Fastarevcomp. Finalment, s'escull entre els 6 frames resultants, el corresponent al frame del hit inicial del TblastN.
Per veure el fitxer extret per Fastarevcomp clica aquí
Alineament del TR1 predit
T-coffee Mitjançant la proteïna predita s'utilitza el programa T_COFFEE per fer l'alineament amb la humana.
La selenocisteïna humana s'alinea amb un codó stop en Perkinsus marinus. Per saber si en realitat correspon a un codó stop o a una selenocisteïna, s'utilitza el programa Expasy.
Per veure el fitxer clica aquí
Es veu que el codó stop alineat amb la selenocisteïna humana correspon a un codó TGA de selenocisteïna.
Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per la TR predita es pot veure aquí
Cerca d'elements SECIS
Una vegada certificat que Perkinsus marinus conté una thioredoxin reductasa amb selenocisteïna, s'havia de comprovar a quina de les tres tioredoxines humanes és homòloga la selenoproteïna de Perkinsus. Per això, es va buscar l'element SECIS que tenia mitjançant el programa SECISearch, obtenint com a resultat un element SECIS amb score molt alt: 19,18
Clica la imatge per veure-la gran
Per veure la seqüència clica aquí
La seqüència d'aquest element SECIS es va comparar mitjançant el programa SECISaln amb les seqüències d'elements SECIS de les tres diferents thioredoxin reductases de tots els organismes coneguts. Per el resultat clica aquí
Es veu que la seqüència SECIS de la proteïna de Perkinsus té més similaritat a la de TR1 de les altres espècies, per tant, segurament es tracta d'un ortòleg de TR1.
Discussió
Perkinsus marinus conté thioredoxin reductase, però només en conté una a diferència d'Homo sapiens que en té tres. Mitjançant la comparació de la seqüència nucleotídica de l'element SECIS predit en Perkinsus marinus amb les d'altres SECIS existents, es pot suggerir que la thioredoxin reductase que conté, és ortòloga a la TR1 humana.