Selenoprotein research
GPx és el nom que rep una família d’enzims amb activitat peroxidasa i que el seu rol principal és protegir l'organisme del dany oxidatiu. La seva funció biològica és reduïr lípids hidroperoxidats al seu corresponent alcohol i reduïr els peròxids d'hidrogen lliures a l'aigua.
TblastN
El TblastN obtingut de llençar diferents GPx de diferents organismes contra el genoma de P. marinus ha donat el següent resultat:
Hem seleccionat el contig gi|126302502|gb|AAXJ01000003.1| per seguir amb l'estudi de GPx ja que és el que té un millor e-value i a més alinea amb totes les GPxs i organismes, exceptuant la GPx5 de C. Elegans. Per veure l'alineament prem aquí.
Predicció de GPx en P. marinus
Per predir les GPx en P. marinus s’han seleccionat les GPx que tenen un millor e-value, que són la GPx1 humana, la murina, la de ximpanzé i la de C. elegans, la GPx2 humana i murina; la GPx3 de Saccharomyces cerevisiae, i la GPx4 de Drosophila melanogaster.
La predicció exònica l'hem realitzat amb el programa Exonerate, i no ha donat cap resultat.
La predicció peptídica i del cDNA realitzada amb el programa Genewise, ha donat les següents prediccions per cada GPx analitzada:
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Per veure el resultat complet del programa Genewise prem aquí
Alineament del GPx predit
T-coffee L'alineament amb el programa T-coffee de les proteïnes predites amb les proteïnes de partida, dónen els següents resultats:
Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per les GPxs predites dóna els següents resultats:
Cerca d'elements SECIS
Al analitzar la seqüència dels 1000 nucleotids posteriors a l'alineament del contig gi|126302502|gb|AAXJ01000003.1|, amb el que totes les GPx s’alineen, exceptuant la GPx5 de Caenorhabditis elegans, amb el programa SECISearch, s'obté el següent element SECIS tipus 1, amb un score de 23.93. Per veure la seqüència clica aquí
Arbre filogenètic
Utilitzant l'anàlisi filogenètic de la web MABL, s'ha construit el següent arbre filogenètic:
Un cop descrits els nostres resultats dels diferents passos per la GPx, podem dir que P. marinus té una GPx, i molt probablement sigui la GPx1.
Amb les prediccions del Genewise s'observa que no tenim les mateixes prediccions per a totes les GPx analitzades. Al utilitzar-les per fer els Blastcl3, es veu que les prediccions de la GPx2 humana i de S. cerevisiae, i la GPx3 de S. cerevisiae no tenen cap hit corresponent a cap glutatió peroxidasa. Per aquesta raó no les utilitzem al fer l’arbre filogenètic.
Amb l'arbre filogenètic veiem que totes les GPx 1 predites s'assemblen més entre elles, i a més estan més properes a una altre GPx1, en aquest cas de C. elegans.
Per últim, l'element SECIS trobat és de tipus 1, el que solen tenir les GPx1. Aquest fet, sumat al bon score que té, acaba de recolzar la teoria de que la GPx trobada és la GPX1.