La selenophosphate synthetase 2 (SPS2) és un element de la maquinària de síntesi de selenoproteïna encarregada de proveir seleni actiu, generant selenofosfat, per tal de biosintetizar les selenocisteïnes utilitzades específicament en la síntesi de selenoproteïnes.
Com en el cas de les altres proteïnes, vam obtenir la seqüència de SPS2 de SelenoDb. En aquest cas hi havia entrades per a quatre espècies i vam realitzar alineaments amb totes les seqüències que conté la base de dades, tot i que la única que va donar bons resultats, i per tant la única de la que parlarem, és la SPS2 humana
Seqüència de la proteïna SPS2 humana
Resulats de l'aliniament amb GeneDB
Vam realitzar TBLASTN entre la SPS2 humana i el genoma de Leishmania i es va observar un hit amb un E-value de 2e-58, i un alineament interessant entre la selenocisteïna de SPS2 a la posició 60 i una cisteïna del genoma de Leishmania. Podem preveure per tant, que SPS2 es troba en Leishmania com a un homòleg amb cisteïna.
Resultat TBLASTN
A continuació vam extreure 6000 nucleòtids del fragment genòmic d'interès de Leishmania i vam utilitzar Genewise per compara-ho amb la selenoproteïna humana i obtenir la predicció de la proteïna i de l'estructura exònica per Leishmania. En el cas de SPS2 vam haver de tenir present que es troba en reverse.
Resultats Genewise
Protocol
Vam observar un bon alineament, molt similar al de TBLASTN. En cap dels dos casos però no es va poder observar la metionina inicial de la proteïna.
La predicció de la seqüència proteica mostra que SPS2 només conté un exó, al igual que la SPS2 humana.
Predicció de SPS2 a Leishmania
Vàrem comparar la predicció per a Leishmania obtinguda per genewise contra SPS2 humana utilitzant T-COFFEE.
Resultats T-COFFEE
Amb T-COFFEE els mateixos resultats que amb TBLASTN i Genewise,en aquest cas amb la seqüència proteica: un aliniament de U amb C i l'absència de la metionina inicial.
Per tal de provar de trobar l'inici de la proteïna es va fer exectuar Exonerate des de la finestra terminal, però l'alineament tampoc mostrava la part inicial de la proteïna ni, en aquest cas, la selenocisteïna.
Tot i que no esperàvem trobar SECIS donat que en principi es tractaria d'un homòleg i no una selenoproteïna, vam utilitzar el programa SECIsearch per comprovar-ho. Tal i com havíem previst, n'hi havia cap part de la seqüència en 3' que correspongués amb un SECIS.
Per intentar buscar la metionina de l'inici de la proteïna, vam retallar la seqüència de Leishmania per davant. Vàrem traduir el fragment en els 6 frames possibles utilitzant la comanda "fastatranslate". Vam buscar la traducció correcta (comparant-la a partir de les dades obtingudes amb TBLASTN) i vam utilitzar T-COFFEE amb la traducció contra la SPS2 humana.
Traducció
Resultats T-COFFEE
En els resultats però, la metionina inicial de SPS2 humana no es va alinear amb la metionina, encara que sí podem observar una metiona en Leishmania dotze posicions per endavant. El fet de no trobar un alineament perfecte per a la metionina inicial és possiblement degut a que Leishmania i Homo sapiens són espècies molt allunyades filogenèticament.
Per acabar de confirmar que es tracta de l'homòleg de SPS2, vam introduir la seqüència proteica predita per Genewise a Interpro, i vam comprovar com, efectivament, les nostres prediccions eren certes ja que la proteïna quadraba amb els dominis característics d'una selenofosfat sintasa
