-Es realitza un index del multifasta del genoma:

fastaindex ~/.novell-servers/REC-C1AU.UPF.ES/PUBLIC/FOLDERS/3361/12306-1/disc8/disc8/genomes/L.major/genome.fa genome.index


 -S'extreu la seqüència LmjF36_01_20050601_V5.2:

fastafetch ~/.novell-servers/REC-C1AU.UPF.ES/PUBLIC/FOLDERS/3361/12306-1/disc8/disc8/genomes/L.major/genome.fa genome.index LmjF36_01_20050601_V5.2 > LmjF36_01_20050601_V5.2.fa


 -S'extreu el tros de genòmic que interessa:

fastasubseq LmjF36_01_20050601_V5.2.fa 2091000 6000 > LmjF36_01_20050601_V5.2.tros.sps2human.fa


 -Es fa anar Genewise per alinear la selenoproteïna humana sps2humana contra el tros de genòmic extret:

export PATH=$PATH:/disc8/bin
export WISECONFIGDIR=/disc8/soft/wise-2.2.0/wisecfg

genewise -pep -cdna -pretty -gff -trev sps2_human.fa LmjF36_01_20050601_V5.2.tros.sps2human.fa > LmjF36_01_20050601_V5.2.tros.sps2human.genewise