| Abstract | Introducció | Materials i Mètodes | Resultats | Discussió | Bibliografia |
| Ufd2 | D4Cole1e |
Pel que fa referència a les dades que apareixen a continuació és important comentar que en el cas del programa Perl que hem dissenyat, les dades s'han obtingut a partir de matrius de factors de transcripció humans; mentre que en el cas del servidor web PROMO, hem utilitzat factors de transcripció de ratolí.
Aquestes dades han estat obtingudes amb el següent programa Perl i amb els següents fitxers:
- Seqüència promotora en format FASTA del gens Ufd2 i D4Cole1e
Gen ufd2
Dades obtingudes del programa Perl
FACTOR de TRANSCRIPCIÓ
p-value
AP-1
0,15
RXR-alpha
0,22
NRSF
0,25
NF-AT1
0,28
SRF
0,41
c-Myc
0,75
AR
0,47
PU.1
0,48
HNF-4
0,52
NF-kappaB
0,64
YY1
0,76
HIF-1
0,95
AhR
0,96
| FACTOR de TRANSCRIPCIÓ | RE query |
| C/EBPbeta [T00017] | 46 |
| HOXA5 [T0037] | 49 |
| HNF-3 [T00370] | 3 |
| YY1 [T00865] | 15 |
| FACTOR de TRANSCRIPCIÓ | p-value |
| NF-kappaB | 0,1 |
| NF-AT1 | 0,26 |
| RXR-alpha | 0,34 |
| YY1 | 0,39 |
| PU.1 | 0,45 |
| HIF-1 | 0,54 |
| AR | 0,6 |
| SRF | 0,62 |
| AP-1 | 0,63 |
| NRSF | 0,66 |
| HNF-4 | 0,71 |
| AhR | 0,85 |
| c-Myc | 0,99 |
| FACTOR de TRANSCRIPCIÓ | Nº de coincidències |
| C/EBPbeta [T00017] | 28 |
| YY1 [T00865] | 7 |
| C/EBPalpha [T00104] | 7 |
| JunD [T00437] | 7 |
| c-Jun [T00131] | 7 |
| AP-1 [T00032] | 7 |
| c-Fos [T00122] | 33 |
| NF-1 [T00537] | 13 |
| HOXA5 [T00377] | 1 |
Les implementacions de l'algorisme del programa Perl i del programa del servidor web PROMO, són diferents, ja que busquen diferents valors, p-value i RE equally respectivament, però l'objectiu que persegueixen tots dos és el mateix. Per aquesta raó i també pel fet que partim de matrius de factors de transcripció d'espècies diferents, obtenim uns resultats no comparables. A més a més, en la majoria de casos les matrius del programa Perl i les del servidor web PROMO no coincideixen encara que presentin el mateix codi.
Per últim, comentar que malgrat nosaltres ens hem fixat en el valor de RE equally com a paràmetre per filtrar els valors òptims del servidor web PROMO, també hagués estat correcte utilitzar els valor de RE query. Tot i així, aquests seran més apropiats en cas d'utilitzar una seqüència de major longitud.
