Un método para determinar un posible dopaje genético podría ser la monitorización de la expresión génica del mRNA de un gen candidato mediante el uso de técnicas de imagen no invasivas. Por este motivo, es necesario disponer de secuencias específicamente marcadas para poderlas seguir por técnicas de imagen y que sean capaces de hibridar selectivamente con el mRNA diana. Los ácidos nucleicos peptídicos (PNAs) reúnen estas características, además de ser suficientemente estables en el citoplasma celular. Los PNAs son moléculas artificiales análogas a los ácidos nucleicos naturales (DNA y RNA). En los PNAs, el esqueleto de ribosa-fosfato típico de los ácidos nucleicos ha sido substituído por unidades repetidas de N-(2-aminoetil)glicina unidas por enlaces amida, similares a los de los péptidos o las proteínas. Debido a sus propiedades físico-químicas, los PNAs hibridan con un DNA complementario de una manera más estable y específica que la unión DNA-DNA equivalente. Una hipótesis a estudiar es que PNAs marcados con ¹⁸F o ¹²³I, una vez inyectados intravascularmente, permitan detectar la presencia de un mRNA concreto en un tejido determinado a través de técnicas de imagen molecular.

El objetivo de nuestro proyecto es la búsqueda de subsecuencias únicas en el genoma humano que pertenezcan a los genes de la Growth Hormone (GH), del Insulin-like Growth Factor-1 (IGF-1) y de la Erythropoietin (EPO), así como también secuencias únicas del gen de la Erythropoietin (EPO) de ratón en el genoma de este organismo. De esta manera, estas subsecuencias permitirán sintetizar los PNAs complementarios y específicos de los genes de interés (GH, IGF-1 y EPO), y así detectar si su mRNA está presente en un determinado tejido.

Se ha observado que el tiempo de ejecución de la búsqueda de subsecuencias únicas en el genoma humano de los genes de interés mediante un programa escrito en lenguaje de programación Perl i el algoritmo de Knuth-Morris-Pratt en un ordenador convencional llegaría a ser de unos 40 días para cada gen en el mejor de los casos. Ante la imposibilidad de poder encontrar estos patrones por falta de tiempo o de "potencia computacional", los objetivos iniciales del proyecto se han visto modificados a reproducir los resultados obtenidos previamente por el Dr. Robert Castelo para el gen de la EPO de ratón (a partir de un programa en lenguaje de programación C y por medio del algoritmo de correspondencia exacta). Es decir, el objetivo definitvo del proyecto es corroborar que los tres patrones únicos encontrados en el gen de la EPO de ratón son subsecuencias únicas del cromosoma 5 del genoma de ratón, que es donde se encuentra este gen, y que, por tanto, el programa funciona correctamente y con el plazo de tiempo necesario, se puede llegar a buscar las subsecuencias únicas y específicas para un mRNA y genoma concreto.