Inici |
Introducció |
Materials i Mètodes |
Resultats |
Discussió |
Conclusions |
Dels 163 introns analitzats, hi ha 76 en el grup 1 (consens.txt) i 87 en el grup 2 (noconsens.txt). Els fitxers obtinguts per a cada intró tenen una primera línia amb la posició del branch-site (si existeix), una segona línia amb l'espècie 'Sc' i la seqüència corresponent; i una tercera linia amb els asterics.
En aquest fitxer es destaquen les senyals reguladores d'splicing consens per al grup 1 d'introns: donor-site (vermell), branch-site (verd) i acceptor-site (blau). D'aquesta manera es confirma la fiabilitat dels resultats obtinguts amb el programa primer.pl.
Programa 2:
Després d'executar el programa per trobar motius de k = 4, 5 o 6, hem obtingut els resultats següents ( adjuntats a la taula ):
Longitud motiu (k) | Grup consens | Grup no consens |
---|---|---|
4 | consens4.txt | noconsens4.txt |
5 | consens5.txt | noconsens5.txt |
6 | consens6.txt | noconsens6.txt |
Anàlisi de dades:
Per a cada k, interessa aconseguir, d'una banda, els motius conservats tant en el grup 1 com en el 2, i d'altra banda, els motius exclusius de cada grup. Amb aquesta finalitat s'han utilitzat les comandes sort, join, gawk i egrep. A continuació, es mostra un exemple de les comandes utilitzades per a k = 4.
- Per trobar els motius conservats comuns i la seva ocurrència:
- Per identificar la procedència dels motius de cada grup:
- Per trobar els motius exclusius de cada grup:
Els resultats obtinguts es recullen en la següent taula:
Longitud motiu (k) | Motius comuns | Motius exclusius | |
---|---|---|---|
4 | comuns4.txt | 4consens.txt | 4noconsens.txt |
5 | comuns5.txt | 5consens.txt | 5noconsens.txt |
6 | comuns6.txt | 6consens.txt | 6noconsens.txt |