DISCUSSIÓ

Tots aquells motius que presentin diferent ocurrència entre el grup 1 i el grup 2, poden indicar senyals addicionals implicades en la regulaciò de l'expressió gènica. Seguint l'objectiu del treball, es destacaran aquells motius que presentin una major ocurrència en els introns del grup 2.

k = 4 ( 203 motius diferents )

• S'observa una major ocurrència en el grup 2 dels motius TAAC, CTAA, ACTA i AACA respecte al grup 1. Tots ells es solapen amb la seqüència consens del branch-site. Com que el programa segon.pl salta el branch-site a l'hora de buscar motius conservats en els introns del grup 2, aquests 4 motius indiquen una certa conservació del motiu TACTAAC. D'altra banda, també el motiu AACA podria ser un branch-site alternatiu a la senyal estàndard. Si aquest motiu es trobés a unes 25-50 bases abans de l'acceptor-site en diferents introns, es podria reforçar aquesta hipòtesi.

  Pel que fa els patrons que poden formar part de la seqüència del donor-site, TATG, GTAT i ATGT, es troben en proporció semblant. Això fa pensar que aquests tetràmers es troben indistintament en els dos tipus d'introns de llevat.

  Entre els patrons comuns més abundants en els dos grups, es troben motius rics en timina, com TTTT (el més abundant), ATTT, TTTG o TTTC. En el grup 1, els motius CTTT, TTCT i TTAT es troben en una major freqüència; aquesta diferència pot sugerir la presència de senyals addicionals en la regulació de l'splicing (*).

  També s'ha trobat un motiu AAAA, però caldria conèixer la seva localització per aventurar una possible utilitat.

  La resta de tetràmers presenten una ocurrència similar en els dos grups d'introns.

  S'ha de tenir en compte que la cerca amb k = 4 de motius més grans dóna moltes senyals inespecífiques, ja que és molt sensible i poc específic.

k = 5 ( 304 motius diferents )

• Pel que fa al branch-site, hi ha diversos motius que el solapen (TATGT, ATGTT, ATGTG, ACTAA), on ACTAA ocorre més cops en el grup 2. Aquesta motiu es troba també al final del patró consens. Respecte al motiu conservat de branch-site en la cerca de k = 4, s'observa que els nucleòtids AC del final de la senyal consens es conserven.

  En aquesta cerca també es troben un gran nombre de motius rics en timina; entre els més freqüents destaquen TTTTT, CTTTT, TTTTG, TATTT, TTTGT, TTTCT, TTTTC i TCTTT. A més, el motiu AAAAA es troba entre els més abundants.

  Amb la cerca de k = 5 per a motius de longitud 6 (donor-site) o 7 (branch-site), les senyals són més fiables. Respecte a la cerca amb k = 4, ara no es troba cap motiu que solapi amb el donor-site. Aquest fet fa pensar que, o bé els motius que solapen el donor-site eren falsos positius o bé, que eren reals però menors de 5. Aquest fet cal contrastar-lo amb les dades obtingudes en el programa 1, buscant possibles senyals en el grup 2.

  La resta de pentàmers presenten una ocurrència similar en els dos grups.

k = 6 ( 175 motius diferents)

• En aquesta cerca no hi ha cap motiu que solapi amb la senyal del donor-site ni branch-site. Aquest fet pot ser un indicador de la fiabilitat dels resultats. Per una part, el programa primer.pl ha classificat correctament els introns i segon.pl ha omès la posició de les senyals d'splicing. Per una altra part, aquesta cerca és més selectiva que les cerques de menor k.

  Per tant, els motius que es mostren seran més informatius. Haver trobat AACTTT entre les seqüències més habituals és consistent amb la idea que els nucleòtids AC de la senyal branch-site consens es troben conservats.

  Entre els motius més abundants tornen a destacar els rics en timina, com TTTTTT, TGTTTT, CTTTTT, TTTTGT i el motiu AAAAAA.

  La resta d'hexàmers presenten una ocurrència similar en els dos grups.

Com que la senyal d'acceptor-site consens té només tres nucleòtids, no s'ha buscat dins dels motius obtinguts per a k = 4, 5 o 6. Aquesta cerca hagués resutalt laboriosa i poc productiva, degut a l'alt nombre de correspondències no informatives.

  - EXCLUSIUS

En la taula següent es destacaran alguns motius exclusius de cada grup d'introns. S'ometran tots els motius que només apareguin un cop. Com que els introns del grup 2 els hi falta almenys una senyal consens de l'splicing, s'espera trobar senyals addicionals que participin en aquest procés.

k = 4 ( 30 motius consens i 13 no consens )

• Hi ha pocs motius exclusius de cada grup ja que és més fàcil trobar coincidències amb patrons de longitud petita.

k = 5 ( 239 motius consens i 162 no consens )

• Entre els motius exclusius del grup consens, no n' hi ha cap de solapant amb el donor-site o branch-site. En canvi entre les senyals més abundants del grup no consens, destaquen CTAAC, TAACA i AACTA, que inclouen el dinucleòtid AC, comentat anteriorment.

  Ens els dos grups hi ha senyals amb freqüències elevades, però de les que es desconeix el seu paper en l'splicing.

k = 6 ( 520 motius consens i 417 no consens )

• La cerca de motius d'aquesta longitud és més selectiva; aquest fet s'evidencia amb el gran nombre de senyals obtingudes en cada grup.

  Com s'esperava, en el grup consens les senyals més freqüents són riques en timines i no es troben patrons que es solapin ni amb el donor ni el branch-site.

  En el grup no consens, les tres senyals més freqüents ( ACTAAC, CTAACA i TAACAA ) corresponen amb el branch-site i totes inclouen el dinucleòtid AC final.

---