BLASTP Y PHI & PSI-BLAST

De los 34 ORFs potenciales identificados, tan sólo 10 ORFs estaban ya identificados en las bases de datos y tenían secuencias que se alineaban con ellos con un e-value menor de 0.005 (resultados conseguidos con BLASTP). El resto de ORFs se volvieron a analizar con un e-value de 0.01, pero aún así no se encontraron secuencias que se alinearan con ellos, de manera que basamos nuestros análisis en sólo estas 10 secuencias.

Consideramos ORFs ya identificados aquellos que se alinean con otra proteína de la base de datos con un 100% de identidad. Podemos ver los resultados en la siguiente tabla:

ORF PREDICHO
ORF IDENTIFICADO CON BLASTP
Forward, Pauta:0, Inicio-Final del ORF:9697-10521 (Proteína 3)
Alineamiento 95%(*)
Forward, Pauta:1, Inicio-Final del ORF:41-1606 (Proteína 6)
Alineamiento 80%(*)
Forward, Pauta:1, Inicio-Final del ORF:6416-8944 (Proteína 8)
Alineamiento 100%(*)
Forward, Pauta:2, Inicio-Final del ORF:1830-2546 (Proteína 11)
Alineamiento 100%(*)
Forward, Pauta:2, Inicio-Final del ORF:2895-3485 (Proteína 12)
Alineamiento 93%(*)
Forward, Pauta:2, Inicio-Final del ORF:4647-5600 (Proteína 14)
Alineamiento 100%(*)
Reverse, Pauta:0, Inicio-Final del ORF:52-1398 (Proteína 16)
Alineamiento 91%(*)
Reverse, Pauta:1, Inicio-Final del ORF:5813-6493 (Proteína 26)
Alineamiento 100%(*)
Reverse, Pauta:2, Inicio-Final del ORF:7596-7925 (Proteína 30)
Alineamiento 76%(*)
Reverse, Pauta:2, Inicio-Final del ORF:8064-8456 (Proteína 31)
Alineamiento 80%(*)


A continuación se muestran los hits identificados mediante BLASTP de estas 10 proteínas.Todos ellos cumplen los parámetros elegidos para ejecutar el BLASTP (e-value mayor o igual a 0.005, entre otros):

En cuanto al análisis mediante el programa PHI & PSI-BLAST, al realizarlo no encontró ningún otro hit, de manera que nuestras conclusiones sólo se basaron en los resultados obtenidos mediante BLASTP y CLUSTALW.


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