- Construcció del programa
- Anàlisi de resultats
- Referències i links
Per tal de dur a terme la identificació de gens ortòlegs i realitzar la cerca d'altres possibles gens s'utilitzen dos fragments genòmics equivalents d'herpesvirus. Per EHV-1 (genoma complet a l'entrada M86664 ) agafem un fragment que va des de la posició 123961 fins la 12780; i per l'EHV-4 (genoma complet a l'entrada AF030027 ) agafem un fragment que va des de la posició 121981 fins la 125100. Sobre aquestes seqüències fem córrer el programa CERCADORFS amb dos criteris diferents:
- Limitant l'inici de l'ORF a metionina i la seva llargada a 60 aminoàcids. Per baixar-te els resultats clica la següent icona:
- Sense limitar l'inici de l'ORF a metionina, però limitant la seva llargada a 60 aminoàcids. Per baixar-te els resultats clica la següent icona:
A l'hora de realitzar totes les anàlisis hem fet servir bàsicament els resultats obtinguts en limitar l'inici de l'ORF a metionina.
Passos realitzats en l'anàlisi de dades:
- Introducció de les seqüències proteiques obtingudes en format FASTA a la base de dades VIDA per trobar homologia amb alguna família de proteïnes.
- Selecció de les seqüències amb homologia significativa segons la cerca anterior, i utilització del programa BLASTP per determinar els ortòlegs entre ambdues espècies d'herpesvirus.
- Repetició dels passos 1 i 2 amb els resultats obtinguts sense limitar l'inici de l'ORF a metionina.
- Aplicació del programa BLAST PAIRWISE per tal de cercar regions conservades entre els fragments EHV-1 i EHV-4.
- Ús de BLASTP amb tots els ORFs obtinguts per la identificació de noves proteïnes.
- Anàlisi dels resultats obtinguts en l'anterior pas.
