- Construcció del programa
- Anàlisi de resultats
- Referències i links
Els objectius d'aquest treball són:
- La construcció d'un programa en llenguatge Perl que permeti la identificació d'ORFs (Open Reading Frames) a partir d'una seqüència genòmica viral en format FASTA, i la posterior traducció d'aquests ORFs a proteïna.
- L'aplicació del programa per tal d'identificar gens ortòlegs en dos fragments genòmics equivalents que corresponen a herpesvirus equí 1 (EHV-1) i herpesvirus equí 4 (EHV-4).
- La cerca d'altres possibles gens en les seqüències citades usant els diferents programes i bases de dades disponibles a Internet.
Els herpesvirus formen una família de virus que presenten un genoma de DNA de doble cadena relativament complex. Es poden replicar en el nucli d'un ampli rang d'hostes vertebrats (humans, cavalls, ratolins, porcs, gallines, etc.) i fins i tot d'alguns invertebrats.
Característiques del genoma d'herpesvirus:
- La llargada és de 120 a 230 kbp.
- Solen contenir entre 80 i 200 ORFs, i de 60 a 120 gens.
- Pràcticament no conté introns, i per tant pocs gens pateixen splicing.
- Conté múltiples seqüències repetitives, sis de les quals són terminals.
Classificació general dels virus:
