1. Construcció del programa
   
   
   • Introducció
   • Programa CERCADORFS
   
   
2. Anàlisi de resultats
   
   
   • Procediments i resultats
   • Discussió i conclusions
   
   
3. Referències i links

El programa CERCADORFS està escrit en llenguatge Perl i el seu funcionament es basa en els següents passos:

1. Adquireix una seqüència en format FASTA, li treu l'identificador, recorre les línies del fitxer, posant-les una darrere l'altre i eliminant els canvis de línia.
2. Divideix en codons, segons les tres pautes de lectura possibles, la nova seqüència generada i la fica en un vector.
3. Busca els ORFs i els tradueix a proteïna.
4. Repeteix el pas 1, dóna la volta a la seqüència inicial, construeix la complementària i realitza les mateixes operacions que les indicades en els passos 2 i 3.
5. Emmagatzema els resultats en un fitxer en format FASTA, on cada ORF traduït va precedit d'un identificador que ens diu: quina pauta de lectura s'ha seguit (0, 1 ó 2), en quina direcció de la cadena s'ha trobat, i quines són les posicions inicial i final de cada Open Reading Frame.

NOTA: La direcció de la cadena i les posicions nucleotídiques en què es troba l'ORF són relatives a la seqüència en format FASTA introduïda inicialment.

Per baixar-te el programa clica la següent icona i obre'l amb un editor de text: