- Construcció del programa
- Anàlisi de resultats
- Referències i links
El programa CERCADORFS té com a finalitat buscar Open Reading Frames (ORFs) en genomes virals. Un ORF es defineix com aquella seqüència genòmica que es troba situada entre dos codons STOP, la qual cosa fa que sigui susceptible de ser traduïda a proteïna. CERCADORFS identifica tots els Open Reading Frames en les sis pautes de lectura possibles (tres per la cadena en direcció forward i tres per la cadena en direcció reverse), inclosos l'inicial i el final tot i no trobar-se entre dos codons STOP.
Per executar CERCADORFS es requereix un fitxer en format FASTA que contingui la seqüència que es vol analitzar. El nom d'aquest fitxer s'ha d'introduir com a primer paràmetre en cridar el programa (./cercadorfs.pl fitxer_FASTA.fa). A l'iniciar el programa aquest ens permet personalitzar les següents opcions:
- Limitar o no l'inici de l'ORF a Metionina, ja que la majoria de proteïnes virals comencen per aquest aminoàcid.
- Establir la llargada mínima desitjada de l'Open Reading Frame.
Cada ORF trobat és traduït a proteïna segons el codi genètic estàndard. Les seqüències proteiques obtingudes s'emmagatzemen totes en un mateix fitxer de sortida en format FASTA anomenat orf_traduit.fa . Aquest fitxer es crea en el mateix directori on es troba CERCADORFS i s'actualitza cada cop que el programa és utilitzat. Per aquest motiu s'aconsella canviar el nom al fitxer de sortida; si no, en la següent execució se sobrescriuran els resultats anteriorment obtinguts.
