Primerament hem sotmès les seqüències genòmiques d’Herpesvirus 1 i 4 a FindOrf 2003 versió 1.0 (veure condicions). Amb aquesta cerca hem predit 176 orfs per EHV1, dels quals 88 en la cadena complementària, i 143 per EHV4, 73 de les quals en la cadena complementària (orfs predits per EHV1 , orfs predits per EHV4).
En segon lloc, hem comparat els orfs que hem predit amb els orfs anotats a GeneBank i Telford et al. 1998, per tal de veure quins dels orfs predits corresponen a proteïnes ja identificades. Els resultats d’aqusta comparació es poden veure a la Taula 1:
Una vegada identificats els orfs ja anotats hem sotmès tots els orfs restants a una cerca individualitzada amb PSH- i PSI- Blast amb l’objectiu de buscar possibles alineaments amb d’altres seq6uuml;ències que puguin ser informatius de funció biològica per a aquests orfs no descrits. Al finalitzar aquesta cerca hem obtingut alineaments amb valor d’esperança (E value) superior al llindar per 12 orfs d’EHV1 i 12 d’EHV4. A les Taules 2 (EHV1) i 3 (EHV4) podem veure aquests resultats.
Per cada un d’aquests alineaments significatius obtinguts amb Blast hem alineat les parts conservades de l’orf analitzat i de les seqüències resultants usant Clustalw. En molts casos, especialment per EHV4, l’alineament múltiple ha demostrat que els resultats obtinguts amb Blast no són significatius (dades no mostrades), sinó que es deuen a seqüències altament repetides presents al genoma viral que al fer el Blast són coïncidents amb:
Un anàlisi més profund d’aquests orfs amb alineament no significatiu ens indica que pertanyen a regions ja descrites com a repetitives, i en molts casos a TR i IR (veure descripció del genoma dels EHV). Els orfs que presenten resultats que requereixen posterior anàlisis o aquells pels quals hem obtingut alineaments que sí han donat resultats significatius els podem veure representats a la Taula 4.
A més a més, al sotmetre les seqüències a Blast, hem identificat dos dominis putatius conservats per un orf d´EHV-1, >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 357-818, dels quals només un és significatiu, ja que l´altre pertany exclusivament al taxó de les bactèries. Aquest orf també presenta alineaments amb altres proteïnes (veure taula 2), però aquestes no estan relacionades amb els dominis observats a l´orf d´EHV1. El domini significatiu consta de quatre girs, cadascun dels quals conté tres repeticions imperfectes en tàndem d´un motiu hexapeptídic repetit (X-[STAV]-X-[LIV]-[GAED]-X) (veure alineament). Aquest motiu repetit sovint correspon a enzims amb activitat acil-transferasa,dels quals molts són trimèrics en la seva forma activa (veure estructura en 3D).
