Els programes Findorf 2003 versió 1.0 i Transfasta2003 versió 1.0 han estat programats mitjançant el llenguatge Perl, executables des de Linux. La pàgina web ha estat feta en llenguatge HTML.
Les seqüències dels herpesvirus han estat obtingudes de GeneBank, a la pàgina de l'NCBI11 (taula 1).
| Herpesvirus | Soca | Referència |
|---|---|---|
| EHV-1 | Ab4p | M86664 |
| EHV-4 | NS80567 | AF030027 |
Per tal de predir possibles orfs en aquests genomes primerament hem transformat les seqüències d'herpesvirus a format fasta mitjançant Transfasta2003 versió 1.0 (veure EHV1fasta, EHV4fasta), i posteriorment hem sotmès les seqüències a Findorf 2003 versió 1.0 considerant les condicions de la taula 2. Hem pres 100 aminoàcids com a llargada mínima de l'orf ja que orfs més petits tenen probabilitats molt altes de donar-se per atzar6.
| Condicions considerades en Findorf 2003 versió 1.0 | |
|---|---|
| Longitud mínima de l´orf | 100 aà |
| Buscar en la cadena complementària | sí |
| Comença amb Met | sí |
La identificació dels orfs predits pel Findorf 2003 versió 1.0 que ja estan anotats s'ha fet per comparació amb les anotacions de les seqüències d'herpesvirus equí 1 i 4 a GeneBank11 i amb Telford et al. 19982. Els orfs no identificats per comparació s'han sotmès a PSI- i PHI-Blast11 per tal de trobar possibles identitats amb altres gens presents a la base de dades.
Posteriorment, els orfs pels quals hem obtingut resultats de blast amb valors d'esperança (E value) superiors al llindar (0.005) s'han alineat amb les noves seqüències mitjançant Clustalw7 per tal de comprovar si els resultats són realment significatius (en aquest cas obtindrem bons alineaments entre l'orf i les noves seqüències) o no.
