Els herpesvirus són virus complexos de gran tamany i àmpliament diferents pel que fa el seu genoma i les seves proteïnes, però molt semblants pel que es refereix a lŽestructura del virió i la seva organització genòmica. Provoquen una infecció aguda que posteriorment passa a crònica i latent, causant infeccions recurrents.
Els virions de tots els membres de la família Herpesviriae comparteixen una mateixa estructura: un core amb una doble cadena lineal dŽADN, una càpside dŽuns 100-110 nm de diàmetre formada per 162 capsòmers, el tegument i una envoltura amb glicoproteïnes virals a la seva superfície. Aquest virió pot tenir fins a 35 proteïnes, entre les quals hi trobem enzims relacionats amb el metabolisme dels àcids nucleics, síntesi de lŽADN i processament proteic13.
El tamany del virió va des dels 120 fins als 300 nm La variació del tamany depèn, en part, del gruix del tegument i de lŽestat de lŽenvoltura, podent variar dŽuns Herpesvirus a dŽaltres, fins i tot dins la mateixa espècie9.
| ADN |  | El material genètic dels herpesvirus consisteix en una doble cadena dŽADN lineal que es circularitza immediatament després de ser alliberat de la càpside al nucli de la cèl·lula infectada. LŽADN (figura 1), té una única regió curta (US) i una única regió llarga (UL), flanquejades per múltiples repeticions, invertides (IR) i/o terminals (TR). Aquest ADN té un tamany aproximat dŽentre 120 i 230 kbp, tot depenent de les seqüències repetitives internes i terminals que pugui tenir el virió |
|---|---|---|
| CORE |  | Presenta una forma toroidal (Figura 2) i conté lŽADN viral que en alguns dels casos està associat a una estructura proteica |
| CÀPSIDE |  | És una de les estructures més característiques de tots els Herpesvirus: és icosahèdrica i té un diàmetre dŽentre 95 i 105 nm Està constituïda per 162 capsòmers de forma tant pentamèrica com hexamèrica (Figura 3). Normalment està constituïda a partir de sis proteïnes. |
| TEGUMENT |  | És una estructura de material amorf que rodeja la càpside (Figura 4). Es troba entre la càpside i lŽenvoltura i apareix com fibrosa en una tinció negativa. |
| ENVOLTURA |  | És una estructura amb aparença típicament trilaminar ja que prové de membranes cel·lulars parcialment modificades i lleugerament pleomòrfiques (Figura 5). Així doncs, lŽenvoltura conté lípids i nombroses espícules formades per glicoproteïnes virals dŽuns 8 nm de tamany. El nombre de glicoproteïnes diferents és variable. Per exemple, HSV-1 en conté al menys 11 de diferents. |
LŽHerpesvirus equí tipus 1 i 4
L'herpesvirus equí (EHV) és la principal causa de malaltia respiratòria, avortament i desordres neurològics en cavalls. Tot i que originalment es creia que hi havia dos subtipus d'EHV, posteriorment s'ha vist que en realitat ens trobem davant dos membres diferents del gènere Varicellovirus, dins la subfamília Alphaherpesvirinae de la família Herpesviridae (relació filogènica dels Herpesvirus1), que han rebut el nom de EHV-1 i EHV-42,3.
D'ambdós, només l'EHV-1 causa desordres neurològics, mentre que l'EHV-4 rarament causa avortament.
El virió de l'EHV, com el de la resta dHerpesvirus (veure els detalls de lŽestructura dels Herpesvirus), consta d'un core amb DNA lineal de doble cadena, una càpside icosahèdrica de 100-110 nm de diàmetre format per 162 capsòmers, tegument envoltant la càpside i un embolcall lipídic amb glicoproteïnes de superfície10.
Ambdós genomes són col·lineals i tenen la mateixa estructura, presentant una seqüència única llarga (UL) unida a una seqüència única curta (US) flanquejada per una repetició invertida (TRS IRS). A més, presenten 12 sets de repeticions en tàndem que no són codificants a excepció de tres, localitzades una dŽelles al gen 24, i les altres dues al gen 712.
Una altra similaritat és el nombre de gens, ja que tant lEHV-1 com lEHV-4 tenen 76 orfs que representen 77 gens, ja que els orf 44 i 47 pateixen un procés dsplicing. Tot i aquestes similaritats, els dos genomes presenten diferències tant en el tamany dels seus components com en el contingut de Cs i Ts2:
| EHV-1 | EHV-4 | |
|---|---|---|
| Tamany del genoma | 145597 pb | 150223 pb |
| Tamany UL | 112871 pb | 112398 pb |
| Tamany US | 11861 pb | 12789 pb |
| TRS IRS | 12714 pb | 10178 pb |
| TRL IRL | 32 pb | ----- |
| Promig C/T | 56.7 % | 50.5 % |
El nostre treball es basa en lestudi dels genomes dels herpesvirus equins 1 i 4 a nivell de predicció i posterior anàlisi dels orfs presents a la seva seqüència.
Els nostres objectius, doncs, són:
- Creació dun programa (Findorf 2003, versió 1.0) capaç didentificar orfs en seqüències genòmiques carents dintrons (com és el cas dels genomes dherpesvirus). Això inclou la creació dun segon programa de suport (Transfasta 2003, versió 1.0) destinat a la transformació de seqüències a format fasta, el format acceptat pel programa de cerca dorfs.
- Predicció de tots els possibles orfs en els genoma dEHV1 i EHV4 mitjançant el programa creat i identificació daquells orfs ja descrits a la literatura.
- Detecció dorfs encara no descrits en els genomes estudiats i la seva potencial significació biològica i funció.
