Selenoproteïnes de Tupaia chinensis
Forteza A., Garcia M., Jarque M., Martínez S., Merenciano M., Roca-Umbert A.
Conclusions
En aquest estudi s'ha realitzat la cerca de selenoproteïnes en el genoma de Tupaia chinensis utilitzant com proteïnes de referència les anotades en el genoma de Mus musculus i Homo sapiens. Aquestes espècies són relativament properes filogenèticament a Tupaia chinensis.
Un cop analitzats els resultats podem concloure que al genoma de Tupaia chinensis es troben conservades 25 selenoproteïnes. Aquestes són: GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, GPx6, DI1, DI2, DI3, TR1, TR2, TR3, SelR1 Sel15, SelK, SelH, SelI, SelM, SelN, SelO, SelP, SelS, SelT, SelW1 i les proteïnes de maquinària SPS1 i SPS2. Els homòlegs en cisteïna conservats són GPx5, GPx7, GPx8, SelR2, SelR3, SelU1, SelU2, SelU3, SelW2. També s'ha vist que es troben conservades totes les proteïnes analitzades de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes (eEFSec, SBP2, SPS1, SPS2, PSTK, SECp43 i SecS) fet que recolza més la presència de selenoproteïnes en el genoma de Tupaia chinensis.
SelV no es conserva com a selenoproteïna, això dóna suport al fet que SelV sigui la selenoproteïna menys conservada en mamífers. En el cas de MsrA és una proteïna que, com caldria esperar, no està present al genoma de Tupaia chinensis, ja que, com a selenoproteïna, només està present a organismes inferiors i apareix com a homòleg en cisteïna en només alguns vertebrats. SPS1 és una proteïna de maquinària homòloga en Thr en Mus musculus i Homo sapiens, però en el nostre cas, s'ha trobat com a selenoproteïna.
Es pot concloure que els resultats obtinguts són significatius ja que la mitjana dels e-values de tots els hits utilitzats és de 2,46e-10. Les conclusios extretes del present estudi poden contribuir a entendre les relacions filogenètiques de Tupaia chinensis i l'evolució de les selenoproteïnes.
Cal remarcar que aquest estudi es basa en la identificació de seqüències homòlogues, és a dir, comparar seqüències de selenoproteïnes d'una espècie amb el genoma de l'espècie en estudi. Així doncs, aquest mètode no permet trobar noves selenoproteïnes, ja que aquestes no estan anotades en una altra espècie. Per tant, serien necessaris altres estudis per a poder determinar-les. Encara que s'ha estudiat el selenoproteoma en diverses espècies, atualment, no es coneix el funcionament i rellevància de les selenoproteïnes suficientment. Per això, creiem important la necessitat de la bioinformàtica per tal d'analitzar grans quantitats de dades i poder, així, seguir investigant en aquest camp.
Per últim, podem dir que gràcies a aquest projecte hem aconseguit entendre tots els passos que se segueixen per identificar proteïnes per homologia. A més, a partir de la realitzaciò d'un programa d'automatitzaciò hem pogut familiaritzar-nos amb el llenguatge bash. També hem adquirit molts coneixements relacionats amb el món de les selenoproteïnes, així com els seus trets característics, les seves funcions i divergències evolutives. Finalment, el fet de presentar tots els resultats en forma de pàgina web, ens ha servit per entendre i aprendre el llenguatge html.
Un cop analitzats els resultats podem concloure que al genoma de Tupaia chinensis es troben conservades 25 selenoproteïnes. Aquestes són: GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, GPx6, DI1, DI2, DI3, TR1, TR2, TR3, SelR1 Sel15, SelK, SelH, SelI, SelM, SelN, SelO, SelP, SelS, SelT, SelW1 i les proteïnes de maquinària SPS1 i SPS2. Els homòlegs en cisteïna conservats són GPx5, GPx7, GPx8, SelR2, SelR3, SelU1, SelU2, SelU3, SelW2. També s'ha vist que es troben conservades totes les proteïnes analitzades de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes (eEFSec, SBP2, SPS1, SPS2, PSTK, SECp43 i SecS) fet que recolza més la presència de selenoproteïnes en el genoma de Tupaia chinensis.
SelV no es conserva com a selenoproteïna, això dóna suport al fet que SelV sigui la selenoproteïna menys conservada en mamífers. En el cas de MsrA és una proteïna que, com caldria esperar, no està present al genoma de Tupaia chinensis, ja que, com a selenoproteïna, només està present a organismes inferiors i apareix com a homòleg en cisteïna en només alguns vertebrats. SPS1 és una proteïna de maquinària homòloga en Thr en Mus musculus i Homo sapiens, però en el nostre cas, s'ha trobat com a selenoproteïna.
Es pot concloure que els resultats obtinguts són significatius ja que la mitjana dels e-values de tots els hits utilitzats és de 2,46e-10. Les conclusios extretes del present estudi poden contribuir a entendre les relacions filogenètiques de Tupaia chinensis i l'evolució de les selenoproteïnes.
Cal remarcar que aquest estudi es basa en la identificació de seqüències homòlogues, és a dir, comparar seqüències de selenoproteïnes d'una espècie amb el genoma de l'espècie en estudi. Així doncs, aquest mètode no permet trobar noves selenoproteïnes, ja que aquestes no estan anotades en una altra espècie. Per tant, serien necessaris altres estudis per a poder determinar-les. Encara que s'ha estudiat el selenoproteoma en diverses espècies, atualment, no es coneix el funcionament i rellevància de les selenoproteïnes suficientment. Per això, creiem important la necessitat de la bioinformàtica per tal d'analitzar grans quantitats de dades i poder, així, seguir investigant en aquest camp.
Per últim, podem dir que gràcies a aquest projecte hem aconseguit entendre tots els passos que se segueixen per identificar proteïnes per homologia. A més, a partir de la realitzaciò d'un programa d'automatitzaciò hem pogut familiaritzar-nos amb el llenguatge bash. També hem adquirit molts coneixements relacionats amb el món de les selenoproteïnes, així com els seus trets característics, les seves funcions i divergències evolutives. Finalment, el fet de presentar tots els resultats en forma de pàgina web, ens ha servit per entendre i aprendre el llenguatge html.
LINKS
QUI SOM?
Som un grup d'estudiants de quart de Biologia Humana de la Universitat Pompeu Fabra-FCSV. Hem realitzat aquest projecte per l'assignatura de Bioinformàtica. Si et vols posar en contacte amb nosaltres clica Aquí