Conclusió

L'objectiu d'aquest treball és l'anotació de totes les selenoproteïnes i proteïnes de maquinària de síntesi de selenoproteïnes presents al genoma de l'estruç de coll blau, l'Struthio camelus australis, mitjançant un anàlisi bioinformàtic. Per a aquest anàlisi s'han buscat regions d'homologia entre el genoma de l'estruç i selenoproteïnes ja anotades en genomes de referència, principalment en humà (Homo sapiens), ja que és una espècie ampliament estudiada i el seu genoma està molt ben anotat, però també en pollastre (Gallus gallus), que és un au i, per tant, és una espècie més propera evolutivament a l'estruç.

S'han trobat un total de 17 selenoproteïnes, 5 homòlegs de selenocisteïna que contenen cisteïna i 10 proteïnes de maquinària, implicades en la síntesi de selenoproteïnes.

Selenoproteïnes: GPx1, GPx3, Sel15, SelN, SelO, SelP, SelR1, SelS, DI1, DI2, DI3, SelI, SelU1, TR1, TR2, TR3, SPS2.
Homòlegs amb cisteïna: GPx2, GPx4, SelR2, SelR3, SelU2.
Maquinària: eEFSec, EIF4A3, SPS1, SPS2, MsrA, RPL30, SBP2, SecS, SECp43, SEPSECS.

S'han trobat algunes proteïnes conservades al genoma de l'estruç, però que han perdut la Sec, de manera que no són considerades selenoproteïnes ni tampoc homòlegs en cisteïna. Aquestes són: SelK, SelT i SelW.
La presència de selenoproteïnes es veu corroborada pel fet que s'ha trobat la seqüència d'un tRNA específic per a selenocisteïna al genoma de l'estruç. Això dóna suport a la hipòtesi que hi ha traducció de selenoproteïnes a l'espècie.

L'anàlisi in silico de proteïnes té algunes limitacions. Per començar, tots els resultats depenen de la qualitat de l'anotació del genoma, pel que com millor sigui aquesta millor serà la predicció de les selenoproteïnes. El fet de basar tot l'anàlisi en l'homologia amb selenoproteïnes conegudes d'altres espècies, fa que es torni a dependre de com de ben anotades estiguin aquestes. A més, aquest sistema no permet trobar selenoproteïnes noves o desconegudes, només aquelles ja descrites en altres espècies. Per tal de trobar-ne de desconegudes s'hauria de fer un anàlisi de novo.

Agraïments

Volem agrair les lliçons sobre Unix a Robert Castelo, a les d'alineaments de seqüències de Cedric Notredame, a les d'elaboració de pàgines web i anotació de genomes de Toni Gabaldón i a les de Long Non-coding RNAs de Rory Johnson. També donem les gràcies a Dídac Santesmasses, Juna Carlevaro i Evan Floden pel seu suport durant les pràctiques i a Roderic Guigó per les seves classes teòriques.