Discussió de les Selenoproteïnes

DI1

La proteïna DI1 es localitza a l’scaffold KI537096.1 entre les posicions 13372651 i 13372307. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 3 introns i 4 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 2.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, la proteïna de dofí és la que té un percentatge de semblança superior (96,52%) amb la proteïna del rorqual. Per tant, els resultats mostrats corresponen a la proteïna DI1 de rorqual predita comparant-la amb la de dofí. Així doncs, es pot concloure que aquesta proteïna està conservada en les 3 espècies.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 86327  i 86257, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

DI2

La proteïna DI2 es localitza a l’scaffold KI538108.1 entre les posicions 3922741 i 3922121. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 1 intró i 2 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 2.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, la proteïna de dofí és la que té un percentatge de semblança superior (90,82%) amb la proteïna del rorqual. Per tant, els resultats mostrats corresponen a la proteïna DI2 de rorqual predita comparant-la amb la de dofí. Així doncs, es pot concloure que aquesta proteïna està conservada en les 3 espècies.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 95206  i 95134, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

DI3

La proteïna DI3 es localitza a l’scaffold KI537651.1 entre les posicions 13310335 i 13309538. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 1 exó i cap intró. S’ha trobat un únic residu Sec.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, la proteïna de dofí és la que té un percentatge de semblança superior (98,08%) amb la proteïna del rorqual. Per tant, els resultats mostrats corresponen a la proteïna DI3 de rorqual predita comparant-la amb la de dofí. Tot i així, cal esmentar que aquesta proteïna no comença per Met però si es fa la comparació amb humà s’observa que aquest aminoàcid es troba just abans de la fenilalanina que consta com a primer aminoàcid.

Així doncs, es pot concloure que aquesta proteïna està conservada en les 3 espècies.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 99386  i 99306, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

GPx

La selenoproteïna GPx està localitzada  a l'scaffold KI537586.1del genoma del rorqual entre  les posicions 2116987 i 2116838. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 3 introns i 4 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a  l’exó 1.

Aquesta proteïna s’ha comparat amb la de dofí per predir la seva seqüència ja que l’humà no la presenta. Es tracta d’una proteïna de la família de les glutatió peroxidases la funció específica de la qual no s’ha descrit. Tot i això, presenta una gran semblança amb la proteïna GPx de dofí (96%).

La proteïna predita es localitza al mateix scaffold que la GPx2 i la GPx4, però com es troben en diferents posicions, podem afirmar que es tracta de proteïnes diferents.

S’han obtingut molts scaffolds, això pot ser degut a que aquesta família conté moltes proteïnes amb una seqüència semblant i els hits corresponen a altres tipus d’aquesta família.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 99490 i 99419, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

GPx1

La selenoproteïna GPx1 està localitzada  a l'scaffold KI537319.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 1939406 i 1939762. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 1 intró i 2 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a  l’exó 1.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb la de dofí com en humà, la seqüència de la GPx1 humana està més ben anotada i comença per Met. Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb proteïna humana. Tot i així, podem concloure que aquesta selenoproteïna és molt similar en les tres espècies, conservant la majoria d'aminoàcids. La seqüència de rorqual no comença per Met, per tant, no s’ha pogut predir tota la proteïna GPx1.

S’han obtingut molts scaffolds, això pot ser degut a que aquesta família conté moltes proteïnes amb una seqüència semblant i els hits corresponen a altres tipus d’aquesta família.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 100408 i 100482, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

GPx2

La selenoproteïna GPx2 està localitzada  a l'scaffold KI537886.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 2203774 i 2203352. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 1 intró i 2 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a  l’exó 1.

La proteïna predita es localitza al mateix scaffold que la GPx i la GPx4, però com es troben en diferents posicions, podem afirmar que es tracta de proteïnes diferents.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, els resultats mostrats es corresponen a la proteïna predita comparada amb humà ja que en aquest cas obtenim la seqüència sencera començant per l’aminoàcid Met. Tot i així, podem concloure que aquesta selenoproteïna és molt similar en les tres espècies.

S’han obtingut molts scaffolds, això pot ser degut a que aquesta família conté moltes proteïnes amb una seqüència semblant i els hits corresponen a altres tipus d’aquesta família.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 99785 i 99721, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

GPx3

La selenoproteïna GPx3 està localitzada  a l'scaffold KI538108.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 903583 i 903401. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 4 introns i 5 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a  l’exó 1.

S’ha fet l’alineament amb la GPx3 del cavall per predir la seva seqüència ja que el dofí no la presenta i en humà trobem diferents seqüències d’aquesta selenoproteïna. S’observa que la semblança amb cavall és prou alta (91,84%) tot i que no s’ha pogut predir la proteïna sencera ja que el primer aminoàcid no és una Met. Aquests resultats ens permeten afirmar que el rorqual té una proteïna que no presenta el dofí.

S’han obtingut molts scaffolds, això pot ser degut a que aquesta família conté moltes proteïnes amb una seqüència semblant i els hits corresponen a altres tipus d’aquesta família.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 99360 i 99285, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

GPx4

La selenoproteïna GPx4 està localitzada  a l'scaffold KI537586.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 2117264 i 2117118. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 6 introns i 7 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a  l’exó 3.

Els resultats mostrats es corresponen a la proteïna predita comparada amb humà ja que en aquest cas, la proteïna GPx4 de dofí no contenia cap residu de Selenocisteïna. Això ens permet afirmar que, a diferència del dofí, el rorqual ha adquirit una nova selenoproteïna. A més, s’ha predit la proteïna sencera ja que el primer aminoàcid és la Met i presenta una semblança del 91,8% amb la humana.

La proteïna predita es localitza al mateix scaffold que la GPx i la GPx2, però com es troben en diferents posicions, podem afirmar que es tracta de proteïnes diferents.

S’han obtingut molts scaffolds, això, al igual que en el cas anterior, pot ser degut a que aquesta família conté moltes proteïnes amb una seqüència semblant i els hits corresponen a altres tipus d’aquesta família.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 99210 i 99139, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

GPx6

La selenoproteïna GPx6 està localitzada  a l'scaffold KI537663.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 1151445 i 1151233. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 4 introns i 5 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a  l’exó 2.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a la comparació amb la proteïna GPx6 humana. Tot i així, podem concloure que aquesta selenoproteïna és molt similar en les tres espècies, conservant la majoria d'aminoàcids. La seqüència d’aminoàcids no ha estat trobada sencera ja que el primer aminoàcid no és la Met, però observant el T-coffee es pot veure que només faltarien per predir els 3 primers aminoàcids.

La proteïna predita es localitza al mateix scaffold que la GPx5, però com es troben en diferents posicions, podem afirmar que es tracta de proteïnes diferents.

S’han obtingut molts scaffolds, això, al igual que en el cas anterior, pot ser degut a que aquesta família conté moltes proteïnes amb una seqüència semblant i els hits corresponen a altres tipus d’aquesta família.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau C entre les posicions 99450 i 99375, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Sel15

La selenoproteïna Sel15 està localitzada  a l'scaffold KI537467.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 4339730 i 4339933. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 4 introns i 5 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a  l’exó 3.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, la proteïna de dofí és la que té un percentatge de semblança superior (88,24%) amb la proteïna del rorqual. Per tant, els resultats mostrats corresponen a la proteïna Sel15 de rorqual predita comparant-la amb la de dofí. Tot i així, podem concloure que aquesta selenoproteïna és molt similar en les tres espècies, conservant la majoria d'aminoàcids.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 71763 i 71686, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelH

La selenoproteïna SelH està localitzada a l'scaffold KI538536.1 entre les posicions 7335258 i 7335614. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena postivia. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 2 introns i 3 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 2.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, la proteïna de dofí és la que té un percentatge de semblança superior (73,11%) amb la proteïna del rorqual. Per tant, els resultats mostrats corresponen a la proteïna SelH de rorqual predita comparant-la amb la de dofí. Tot i així, podem concloure que aquesta selenoproteïna és molt similar en les tres espècies i que es conserven la majoria d'aminoàcids.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 101361 i 101427, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelI

La selenoproteïna SelI està localitzada a l'scaffold KI538253.1 entre les posicions 1519374 i 1519646. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena postivia. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 9 introns i 10 exons.  S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 10.

En el dofí aquesta proteïna no és una selenoproteïna, ja que no conté cap residu Sec. Per això es va utilitzar com a query la proteïna SelI humana, la qual conté un residu Sec. Així doncs, es va poder identificar la selenoproteïna SelI en rorqual, amb una semblança bastant elevada amb la d'humà (94,51%), indicant que aquesta proteïna està conservada en aquestes dues espècies. En canvi, el dofí ha perdut aquesta selenoproteïna o bé no està ben anotada.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 113709 i 113786, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelK

La selenoproteïna SelK està localitzada a l'scaffold KI537537.1 entre les posicions 1963592 i 1963488. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 4 introns i 5 exons.  S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 4.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, la proteïna de dofí és la que té un percentatge de semblança superior (88,57%) amb la proteïna del rorqual. Per tant, els resultats mostrats corresponen a la proteïna SelK de rorqual predita comparant-la amb la de dofí. Tot i així, podem concloure que aquesta selenoproteïna és molt similar en les tres espècies i que es conserven la majoria d'aminoàcids.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 97399  i 97312, aquest però, es troba a la regió intrònica número 4. Tot i així, s’ha considerat que aquest SECIS podria ser correcte ja que en l’exó 5 només hi ha dos nucleòtids corresponents al codó STOP de la proteïna (TGA).

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelM

La selenoproteïna SelM està localitzada a l'scaffold KI537401.1 entre les posicions 805341 i 805502. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena postivia. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 4 introns i 5 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 2.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, la proteïna de dofí és la que té un percentatge de semblança superior (96,30%) amb la proteïna del rorqual. Per tant, els resultats mostrats corresponen a la proteïna SelM de rorqual predita comparant-la amb la de dofí. En aquest cas, tot i que la selenoproteïna SelM està conservada en les tres espècies, hi ha un fragment de la seqüència de dofí que no està predita, però que en rorqual correspon a la seqüència humana tal i com es pot veure a l'alineament múltiple.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 100196  i 100268, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit. Cal dir, que en aquest cas els dos residus del loop apical conservats són dos Citocines (CC).

SelN

La selenoproteïna SelN està localitzada a l'scaffold KI537648.1 entre les posicions 939264 i 939136. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 10 introns i 11 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 8.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com en humà, la proteïna de dofí és la que té un percentatge de semblança superior (95,35%) amb la proteïna del rorqual. Per tant, els resultats mostrats corresponen a la proteïna SelN de rorqual predita comparant-la amb la de dofí. Aquesta, però, a l'igual que la de dofí, no comença per Met i per tant no ha pogut ser predita del tot.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 919334  i 91867, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.  

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelO*

La proteïna SelO està localitzada a l'scaffold KI538131.1 entre les posicions 11751581 i 11751769. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la proteïna conté 10 introns i 11 exons. No s’ha trobat cap residu Sec.

Aquesta proteïna ha estat comparada amb humà, dofí i cavall. La SelO humana conté un residu Sec a l’últim exó a l’igual que la de cavall, en canvi, la SelO de dofí no en té. Els resultats mostren la proteïna SelO predita en rorqual comparada amb la de cavall. A l’exonerate, es mostra un alineament molt bo entre aquestes dues seqüències menys a l’últim exó, on només es conserven 6 aminoàcids dels 12 que es mostren. Tot i així, com s’observa en el t-coffee, en el rorqual no s’ha predit tot l’exó sencer, concretament falta la part on apareix la Sec en cavall.

Per altra banda, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 100767 i 100844, situat a l’intró 10 on els dos residus del loop apical conservats són dos Citocines (CC), a l’igual que en la SelM.

Amb aquests resultats, podem concloure que SelO no pot ser considerada una selenoproteïna ja que no s’ha trobat cap residu Sec, igual que passa en dofí i a diferència de l’humà i el cavall. Les possibles hipòtesis serien que el rorqual ha perdut el residu Sec, tot i que encara presenti l’element SECIS o bé, que mai el va tenir.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelP

La proteïna SelP es troba localitzada al scaffold KI5388471.1 entre les posicions 3715058 i 3714792, en la cadena negativa. El gen que codifica per la SelP conté 3 introns i 4 exons. S’han trobat 14 residus de Sec en la proteïna predita de rorqual.

Es va comparar el genoma del rorqual amb la SelP de dofí, humà i cavall. La proteïna humana conté 10  selenocisteïnes, en canvi, en el cas del dofí, aquesta selenoproteïna té un únic residu Sec degut a que la seva seqüència és incompleta. Pel que fa a la SelP de cavall, aquesta  conté 13 residus de Sec.

Degut a aquesta variació en el número de selenocisteïnes, es va procedir a realitzar un alineament quàdruple amb les espècies esmentades anteriorment. S’ha trobat una única Sec que comparteixen les 4 espècies, 9 selenocisteïnes que estan conservades en rorqual i humà i 12 residus conservats en rorqual i cavall. Tot i així, s’observen dos residus només trobats en rorqual que cap de les altres espècies conté.

Els resultats mostrats corresponen a la proteïna SelP de rorqual predita comparant-la amb la d’humà. A l’exonerate s’observa un bon alineament i es pot veure que en la seqüència humana hi ha residus de Cys mentre que en la de rorqual apareixen nous codons TGA.

Amb tots els resultats obtinguts, es pot concloure que la SelP conté diversos residus de Sec en totes les espècies però que el seu número varia. Això pot ser degut a que no tots els residus són importants per a la funció d’aquesta proteïna. 

Finalment, s’han trobat dos element SECIS de grau A entre les posicions 94707 i 94625, i 94248 i 94183, situats a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

SelR1

La selenoproteïna SelR1 es troba localitzada al scaffold KI537749.1 entre les posicions 5903631 i 5903786, en la cadena positiva. El gen predit conté 3 exons i 2 introns, i la selenocisteïna es troba a l’exó 3.

S’ha trobat el mateix hit fent l’alineament de la seqüència amb la  proteïna SelR1 de dofí i la humana. Això ens indica que la seqüència de selenoproteïna SelR1 es troba àmpliament conservada en les tres espècies. Tot i així, el grau de semblança és superior al fer la comparació de seqüències en dofí, arribant fins el valor de 98,08% indicant que l’alineament es quasi perfecte. A més, cal esmentar que la proteïna comença per Met i per tant s’ha trobat l’inici del gen.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 102044 i 102114, situada a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelS

La selenoproteïna SelS es troba localitzada al scaffold KI537668.1 entre les posicions 2980583 i 2980666. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen predit conté 6 exons i 5 introns. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 6.

S’ha trobat el mateix hit fent l’alineament amb dofí i humà cosa que indica que la seqüència de la selenoproteïna SelS es troba conservada en les tres espècies. El grau de semblança és superior al fer la comparació de seqüències amb humà (96,43%) i a més, la proteïna homòloga comença per Met. Així doncs, els resultats es mostren fent l’alineament amb aquesta espècie. S’ha aconseguit predir la SelS de rorqual sencera ja que aquesta també comença per Met.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 108267  i 108346, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelT

La selenoproteïna SelT es troba localitzada al scaffold KI537881.1 entre les posicions 193734 i 194333. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen predit conté 2 exons i 1 intró. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 1.

S’ha trobat el mateix hit fent l’alineament amb dofí i humà cosa que indica que la seqüència de la selenoproteïna SelT es troba conservada en les tres espècies. El grau de semblança és superior al fer la comparació de seqüències amb dofí (75,5%) de manera que els resultats es mostren fent l’alineament amb aquesta espècie. Cal dir, però, que la seqüència d’aminoàcids predita no comença per Met ni en el cas del dofí ni del rorqual, per tant, la part inicial de la proteïna no s’ha pogut predir.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau C entre les posicions 100644  i 100731, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

SelW

La proteïna SelW es localitza a l’scaffold KI537293.1 entre les posicions 4165820 i 4165894. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 4 introns i 5 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 2.

S’ha trobat el mateix hit fent l’alineament de la seqüència de la proteïna en dofí i humà. Això ens indica que la seqüència de la selenoproteïna SelW es troba àmpliament conservada en les tres espècies. Tot i així, el grau de semblança és superior al fer la comparació de seqüències amb dofí, obtenint un valor del 100%. A més, la proteïna predita comença per l’aminoàcid Met.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 101413  i 101496, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

TR

La proteïna TR es localitza a l’scaffold KI537194.1 entre les posicions 7761998 i 7761807. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 4 introns i 5 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 5.

Aquesta proteïna s’ha comparat amb la selenoproteïna TR de dofí, ja que és l’únic animal que la té anotada. 

Es tracta d’una proteïna de la família de les Tioredoxin reductases diferent als altre tipus de la mateixa família (TR1,2 i 3) ja que s’ha trobat en posicions diferents de l’scaffold KI537194.1. Aquesta proteïna no ha sigut predita completament ja que no comença per Met. Així doncs, podem dir que la selenoproteïna TR està conservada tant en dofí com en rorqual.

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 73349  i 73273, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

TR1

La proteïna TR1 es localitza a l’scaffold KI537194.1 entre les posicions 7766581 i 7766342. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 16 introns i 17 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 17.

Aquesta proteïna s’ha comparat amb la selenoproteïna TR1 d’humà, ja que en dofí no està anotada. Aquesta proteïna no ha sigut predita completament ja que no comença per Met, però al T-coffee s’observa quina és la seqüència inicial en humà.  Així doncs, podem dir que la selenoproteïna TR1 està conservada tant en humans com en rorqual però no s’ha trobat en dofí.  

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 68832  i 68756, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

TR2

La proteïna TR2 es localitza a l’scaffold KI538526.1 entre les posicions 5998784 i 5999038. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 16 introns i 17 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 17.

Aquesta proteïna s’ha comparat amb la selenoproteïna TR2 d’humà i de cavall, ja que en dofí no està anotada. Presenta més semblança amb la TR2 de cavall (63,53%) de manera que els resultats mostrats corresponen a la proteïna TR2 de rorqual predita comparant-la amb la de cavall. No ha sigut predita completament ja que no comença per Met. Així doncs, podem dir que la selenoproteïna TR2 està conservada tant en humans, cavall com en rorqual però no s’ha trobat en dofí. 

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 102289  i 102358, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Per tal d'obtenir més informació sobre la conservació entre les diferents espècies analitzades, cliqueu aquí per veure l'alineament múltiple.

TR3

La proteïna TR3 es localitza a l’scaffold KI537815.1 entre les posicions 502841 i 502987. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la selenoproteïna conté 15 introns i 16 exons. S’ha trobat un únic residu Sec a l’exó 16.

Aquesta proteïna s’ha comparat amb la TR3 d’humà, dofí i cavall. Els resultats mostrats corresponen a la proteïna TR3 de rorqual predita comparant-la amb la de dofí ja que, tot i que no comença per Met, és la que ha donat més bons resultats en l’exonerate on es pot veure una gran semblança entre proteïnes. Tot i que en aquest es veu un alineament molt bo incloent el codó TGA, en el t-coffee no ho és tant i només es veu conservada la primera part de la seqüència, a més, no es mostra l’alineament dels dos residus Sec de les proteïnes.

Malgrat aquest fet, s’ha trobat un element SECIS de grau A entre les posicions 118106  i 118174, situat a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Amb tots aquests resultats, podem afirmar que, obviant el t-coffee, que creiem que pot haver sortit malament perquè a l’exonerate apareixen uns residus indeterminats entre les posicions 443 i 446, la TR3 de rorqual presenta homologia amb la de dofí.

Discussió de la maquinària

eEFsec

La proteïna eEFsec està localitzada  a l'scaffold KI537675.1 del genoma del rorqual entre les posicions 1175911 i 1175249. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la proteïna conté 5 introns i 6 exons. No s’ha trobat cap residu de Sec. 

Aquesta proteïna ha estat comparada amb la homòloga en dofí, humà i cavall i s’ha trobat el mateix scaffold en els tres casos. Tot i així, el millor alineament  amb el t-coffee ha sigut amb la proteïna eEFsec de cavall tot i que no comencés per Met. Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna de cavall. En rorqual, el primer aminoàcid tampoc és Met, per tant, la proteïna no ha pogut ser predita completament.  

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la eEFsec, al igual que en humà, dofí i cavall, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinaria de síntesi de les selenoproteïnes.

PSTK

La proteïna PSTK està localitzada a l'scaffold KI537470.1 del genoma del rorqual entre les posicions 14272944 i 14273201. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la proteïna conté 5 introns i 6 exons. No s’ha trobat cap residu de Sec. 

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la PSTK de dofí té més semblança (98,84%). Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna de dofí. Tot i així, podem concloure que la seqüència d’aquesta és molt similar en les tres espècies. En rorqual, el primer aminoàcid és la Met, per tant, ha pogut ser predita completament.  

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la PSTK, al igual que en humà i dofí, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinaria de síntesi de les selenoproteïnes.

SBP2

La proteïna SBP2 està localitzada  a l'scaffold KI538386.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 1254372 i 1254593. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la proteïna conté 19 introns i 20 exons. No s’ha trobat cap residu de Sec. 

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la SBP2 humana està més ben anotada i comença per Met. Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna humana. Tot i així, podem concloure que la seqüència d’aquesta és molt similar en les tres espècies. En rorqual, el primer aminoàcid és la Met, per tant, la SBP2 ha pogut ser predita completament.  

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la SBP2, al igual que en humà i dofí, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinaria de síntesi de les selenoproteïnes.

SECp43

La proteïna SECp43 està localitzada  a l'scaffold KI537394.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 1637017 i 1637160. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la proteïna conté 8 introns i 9 exons. No s’ha trobat cap residu de Sec. 

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la SECp43 humana està més ben anotada i comença per Met. Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna humana. Tot i així, podem concloure que la seqüència final d’aquesta és  similar en les tres espècies. En rorqual, el primer aminoàcid és la Met, per tant, la SECp43 ha pogut ser predita completament.  

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la SECp43, al igual que en humà i dofí, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinaria de síntesi de les selenoproteïnes.

SecS

La proteïna SecS està localitzada  a l'scaffold KI537300.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 2890711 i 2890427. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la proteïna conté 11 introns i 12 exons. No s’ha trobat cap residu de Sec. 

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la SecS de dofí té més semblança (93,68%). Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna de dofí. Tot i així, podem concloure que la seqüència d’aquesta és molt similar en les tres espècies. En rorqual, el primer aminoàcid és la Met, per tant, ha pogut ser predita completament.  

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la SecS, al igual que en humà i dofí, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinaria de síntesi de les selenoproteïnes.

SPS1

La proteïna SPS1 està localitzada  a l'scaffold KI538175.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 11516270 i 11516270. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la proteïna conté 7 introns i 8 exons. No s’ha trobat cap residu de Sec. 

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la SPS1 de dofí té la màxima semblança (100%). Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna de dofí. Tot i així, podem concloure que la seqüència d’aquesta és molt similar en les tres espècies. En rorqual, el primer aminoàcid és la Met, per tant, ha pogut ser predita completament. S’observa un alineament perfecte entre les proteïnes SPS1 de rorqual i de dofí.

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la SPS1, al igual que en humà i dofí, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinaria de síntesi de les selenoproteïnes.

SPS2

La proteïna SPS2 està localitzada  a l'scaffold KI537994.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 4582956 i 4581670. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la proteïna no conté cap intró i només 1 exó. S’ha trobat un residu Sec.   

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la SPS2 de dofí té més semblança (98,6%). Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna de dofí. Tot i així, podem concloure que la seqüència d’aquesta és molt similar en les tres espècies. En rorqual, el primer aminoàcid és la Met, per tant, ha pogut ser predita completament.  

Finalment, s’ha trobat un element SECIS de grau A situat entre les posicions 99434 i 99358 a la regió 3’ UTR del gen anteriorment descrit.

Amb aquests resultats podem concloure que la SPS2, al igual que en humà i dofí, és una selenoproteïna i forma part de la maquinaria de síntesi de les selenoproteïnes.

Discussió de les proteïnes homòlogues en cisteïna

GPx5

La proteïna GPx5 està localitzada  a l'scaffold KI537663.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 1185138 i 1185449. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la proteïna conté 5 introns i 6 exons. No s’ha trobat cap residu Sec a la seqüència.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la GPx5 humana està més ben anotada i comença per Met. Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna humana. Tot i així, podem concloure que la seqüència final d’aquesta és similar en les tres espècies. La GPx5 predita de rorqual comença per Met, per tant, s’ha pogut predir tota la seqüència.

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la GPx5, al igual que en humà i dofí, no és una selenoproteïna tot i que pertany a la família de les glutatió peroxidades.

GPx7

La proteïna GPx7 està localitzada  a l'scaffold KI537096.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 14602297 i 14601953. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la proteïna conté 3 introns i 4 exons. No s’ha trobat cap residu Sec a la seqüència.

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la GPx7 humana està més ben anotada i comença per Met. Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna humana. Tot i així, podem concloure que la seqüència final d’aquesta és molt similar en les tres espècies. En rorqual, el primer aminoàcid no és la Met, per tant, no ha pogut ser predita del tot.  

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la GPx7, al igual que en humà i dofí, no és una selenoproteïna tot i que pertany a la família de les glutatió peroxidades.

GPx8

La proteïna GPx8 està localitzada  a l'scaffold KI538471.1 del genoma del rorqual entre  les posicions 10619283 i 10619546. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la proteïna conté 2 introns i 3 exons. No s’ha trobat cap residu Sec a la seqüència.  

Tot i haver comparat aquesta proteïna tant amb dofí com amb humà, la seqüència de la GPx8 humana comença per Met, en canvi, la seqüència de la GPx8 de dofí no està completament predita i no comença per Met. Per tant, els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna humana. Tot i així, podem concloure que la seqüència final d’aquesta és molt similar en les tres espècies. En rorqual, el primer aminoàcid és la Met, per tant, ha pogut ser predita completament.   

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

Amb aquests resultats podem concloure que la GPx8, al igual que en humà i dofí, no és una selenoproteïna tot i que pertany a la família de les glutatió peroxidades.

MrsA

La proteïna MsrA està localitzada  a l'scaffold KI538342.1 del genoma del rorqual entre les posicions 8953841 i 8953677. El gen que codifica per la proteïna conté 10 introns i 11 exons. No s’ha trobat cap residu Sec a la seqüència.   

S’ha comparat aquesta proteïna amb la MsrA de dofí i d’humà. Els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna de dofí ja que presenta més semblança (98,11%). Tot i així, com s’observa en el T-coffee, l’alineament del començament de la seqüència no és molt bo, en canvi, els últims aminoàcids estan molt conservat. A més, en rorqual, el primer aminoàcid no és la Met, per tant, la MsrA no ha pogut ser predita completament.   

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

SelR3

La proteïna SelR3 està localitzada  a l'scaffold KI537679.1 del genoma del rorqual entre les posicions 17725386 i 17725550. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena positiva. El gen que codifica per la proteïna conté 9 introns i 10 exons. No s’ha trobat cap residu Sec a la seqüència.   

S’ha comparat aquesta proteïna amb la SelR3 de dofí i d’humà. Els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna de dofí ja que presenta més semblança (98,18%). Tot i així, com s’observa en l’exonerate i en el T-coffee, l’alineament del començament de la seqüència no és molt bo, en canvi, els últims aminoàcids estan molt conservat. Realitzant un alineament múltiple amb les tres espècies s’observa el mateix fet també en humans. A més, en rorqual, el primer aminoàcid no és la Met, per tant, la SelR3 no ha pogut ser predita completament.   

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

SelU1

La proteïna SelU1 està localitzada  a l'scaffold KI537623.1 del genoma del rorqual entre les posicions 2174590 i 2174423. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la proteïna conté 4 introns i 5 exons. No s’ha trobat cap residu Sec a la seqüència.   

S’ha comparat aquesta proteïna amb la SelU1 de dofí i d’humà. Els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna humana ja que està més ben predita i comença per Met. L’alineament entre aquestes dues proteïnes és quasi perfecte i la SelU1 de rorqual  també comença per Met, per tant, s’ha aconseguit predir tota la proteïna. Aquest fet  permet afirmar que aquesta proteïna està àmpliament conservada en humà, dofí i rorqual.

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.

SelU2

La proteïna SelU2 està localitzada  a l'scaffold KI537598.1 del genoma del rorqual entre les posicions 31262201 i 31262031. El hit de la seqüència query amb el genoma està en la cadena negativa. El gen que codifica per la proteïna conté 7 introns i 8 exons. No s’ha trobat cap residu Sec a la seqüència.   

S’ha comparat aquesta proteïna amb la SelU2 de dofí i d’humà. Els resultats mostrats anteriorment, es corresponen a l’alineament amb la proteïna humana ja que està més ben predita i comença per Met. L’alineament entre aquestes dues proteïnes és quasi perfecte, sobretot a la part final de la seqüència. Tot i això, la SelU2 de rorqual no comença per Met. 

Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS situat a la regió 3’ UTR.