Resum

Les selenoproteïnes són un conjunt de proteïnes que es caracteritzen per contenir en la seva seqüència l'aminoàcid selenocisteïna (Sec) com un dels seus residus constituents. La selenocisteïna és l'aminoàcid número 21 en el codi genètic i és un anàleg de l'aminoàcid cisteïna (Cys) on un àtom de seleni (SeH) hi substitueix l'àtom de sofre (SH). Aquest està codificat pel codó UGA, el qual normalment codifica per un codó de terminació de la traducció. La presència d'un element SECIS (SelenoCysteine Insertion Sequence) en la regió 3' UTR permet que la maquinària de traducció incorpori una selenocisteïna quan troba aquest codó UGA. Per la determinació de les selenocisteïnes, per tant, és necessària la identificació del codó UGA així com la presència d'un element SECIS a l'extrem 3'UTR.

Aquest treball té com a objectiu la identificació del selenoproteoma en Lethenteron camtschaticum. Per tal de poder indendificar les selenoproteïnes hem comparat per homologia el selenoproteoma d'Homo sapiens i Petromyzon marinus amb el genoma de Lethenteron camtschaticum.

La realizació d'aquest s'ha realitzat mitjançant eines bioinformàtiques i bases de dades (com UniProt i SelenoDB) per tal d'obtenir el genoma de l'espècie d'interès, així com tots dos selenoproteomes de referència. Seguidament, s'ha executat un programa en bash per a cada selenoproteïna, el qual incorpora tots els passos analítics necessaris com el tBLASTn, l'Exonerate, el Genewise i el T-coffee. A més, també s'ha analitzat la presència d'elements SECIS gràcies al programa SeciSearch 3.0/Seblastian.

Cal remarcar que en el genoma de Lethenteron camtschaticum s'ha determinat la conservació de 11 selenoproteïnes. Tot i això caldria realitzar altres estudis per tal de complementar els nostres resultats.