Selenoproteïnes
en Elephantulus edwardii
Brasó M, Güell N, León S, López A
L'objectiu del nostre treball ha estat anotar les selenoproteïnes del genoma de l'Elephantulus edwardii. Per tal de fer-ho, ens hem basat en la comparació per homologia amb les selenoproteïnes caracteritzades en Mus musculus ja que, com s'ha dit anteriorment, el seu genoma està ben caracteritzat i és un rosegador pròxim filogenèticament a l'Elephantulus edwardii.
Recolzant-nos en la filogènia de les selenoproteïnes, esperàvem trobar-ne les següents: Gpx1, Gpx2, Gpx3, Gpx4, Tr1, Tr3, DI1, DI2, DI3, SelH, SelI, SelK, SelM, SelN, SelO, SelP, MsrB1, SelS, SelT1, SelW1, Sep15.
A part de proteïnes amb selenocisteïna, també esperàvem trobar els següents homòlegs amb cisteïna: Rdx12, SelU1, Gpx5 i Gpx6.
Val a dir que hi ha una sèrie de selenoproteïnes que són exclusives d'amfibis i peixos com per exemple Gpx1b, Gpx3b, Gpx4b, Gpx4b2, DI3b, SelT2, MsrB1b, SelU1b, SelW2b, SelW2c, SelO2, SelT1b, SelJ2, totes elles originades mitjançant la duplicació d'altres existents i, per això, no esperàvem trobar-les al nostre mamífer d'estudi.
Esperàvem trobar almenys un tRNA-Sec al nostre organisme, ja que sense aquest, no podria sintetitzar les selenoproteïnes. A més a més, esperàvem identificar en altres espècies les proteïnes predites en el genoma estudiat mitjançant la cerca amb BlastP, objectiu gairebé complert exceptuant alguns casos tal i com s'ha comentat a la discussió corresponent.
Pel que fa a la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes, esperaríem trobar totes les proteïnes implicades en aquesta: pstk, MsrA, eEFSec, SBP2, Secp43, SecS, SPS1, SPS2. Efectivament, totes aquestes proteïnes s'han trobat al genoma de l'Elephantulus edwardii pel que és possible la síntesi de les selenoproteïnes.
A més a més, hem trobat proteïnes que no estan a la filogènia citada a les referències (Mariotti et al, 2010) com són: Gxp7, Gpx8, Tr2 i SelR1.
| Selenoproteïnes | Gpx1, Gpx2, Gpx3, Gpx4, Gpx5, Gpx6, Tr1, Tr2, Tr3, DI1, DI2, DI3, SelN, Sel15, SelH, SelI, SelM, SelT, SelR1 mouse, SelS human, SPS2, SelO, SelP, SelK |
| Homòlogues | Gpx7, SelW2, SelU1, SelU2*, SelU3* |
| Maquinària | pstk, MrsA, SBP2, Secp43, SPs1, SPS2, eEFSec, SecS |
*Respecte SelU, està anotada com a un homòleg en cisteïna però a la SelenoDB no es troba identificat aquest aminoàcid homòleg a la selenocisteïna. Per aquest motiu, s'ha comparat SelU1 amb un organisme filogenèticament allunyat (Zebrafish en aquest cas) perquè encara no havia produït el 'switch' de selenocisteïna a cisteïna i això ens ha permès localitzar la Cisteïna homòloga que alineava amb una selenocisteïna en el nostre genoma. Pel que fa a SelU2, SelU3 és molt probable que també es tracti de homòlegs en cisteïna però no ens ha estat possible comprovar-ho.
La predicció de les Gpx5 i Gpx6 inicialment era que serien proteïnes homòlogues en cisteïna, tot i que com es pot veure a la taula, el resultat obtingut mostra que són selenoproteïnes. D'altra banda, la Gpx7 s'esperava com a homòleg en cisteïna i així s'ha vist en Elephantulus edwardii. Tal com s'ha comentat a discussió, en Elephantulus edwardii GPx3, GPx4 i GPx5 són en realitat la mateixa proteïna.
Per últim, val a dir que hi ha vàries proteïnes que no hem identificat al genoma:MsrB1, SelS, SelT1, SelU1, SelR2, SelR3 i SelW1. Pel que fa a SelW1, no presentava cap alineament significatiu, pel que suposem que no existeix al genoma de l'Elephantulus edwardii. Per altra banda, tot i obtenir alineaments significatius de Gpx8, concloem que molt possiblement aquesta proteïna no es trobi en el genoma estudiat. Finalment, el mateix succeeix amb SelR2 i SelR3.
