Selenoproteïnes
en Elephantulus edwardii
Brasó M, Güell N, León S, López A
Abstract
Les selenoproteïnes són aquelles proteïnes que incorporen a la seva cadena peptídica l'aminoàcid Selenocisteïna (Sec), el qual resulta ser el 21è aminoàcid, codificat per un codó stop: TGA. Per tal de ser traduïda, necessita la presència d'una estructura secundària de RNA situada en posició downstream de la selenoproteïna, els anomenats elements SECIs.
L'objectiu d'aquest treball ha estat anotar les selenoproteïnes presents en el genoma d'Elephantulus edwardii mitjançant la comparació homòloga amb el genoma de Mus musculus , el qual és un dels més pròxims filogenèticament i millor caracteritzats, així com també identificar els homòlegs en cisteïna o altres aminoàcids.
Per tal d'assolir aquest objectiu s'han emprat diverses eines bioinformàtiques de manera seqüencial que han permès predir les selenoproteïnes del organisme abans esmentat. Els programes utilitzats han estat el tblastn, exonerate, fastafetch, fastasubseq, l'exonerate, genewise, fastaseqfromgff, fastatranslate i t_coffee. A més a més, s'ha realitzat una predicció dels elements SECIs mitjançant el programa SeciSearch3.0 i Seblastian per tal de donar suport al resultat de la predicció de selenoproteïnes així com comprovar que els homòlegs en altres aminoàcids no presenten aquesta manquinària. D'altra banda, també s'ha realitzat una cerca amb tRNAScan, eina que permet identificar els tRNA que incorporen l'aminoàcid Sec a la selenoproteïna.
Per tant, en aquesta web s'engloba la metodologia emprada per a aconseguir aquests propòsits així com també els resultats obtinguts. En aquest projecte s'ha aconseguit caracteritzar el selenoproteoma d'Elephantulus edwardii i la seva maquinària de síntesi.
