RESULTATS
A continuació, us mostrem una taula amb tots els resultats obtinguts.
- A la columna dels alineaments i a la columna dels fitxers GFF els resultats els trobem en forma de link per tal de poder accedir als diferents fitxers obtinguts.
- En el cas de *** trobem un link que porta a la cerca realitzada amb blastp.
- A la columna de selenoprofiles s'indica si aquella proteïna ha estat predita pel selenoprofiles a la mateixa regió on ha estat predita per nosaltres i es troba un link que porta al fitxer de sortida del programa.
- Les proteïnes que es troben amb color diferent són les que s'han analitzat més a fons a la discussió, ja que els resultats obtinguts no eren del tot clars.
| Mus musculus | Homo sapiens | Cricetulus griseus | Alineament | SECIS | Fitxer GFF | Selenoprofiles | |
| GPx1 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔** | EXONERATE + SECIS | ✔ | GPx2 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | GPx3 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✘ | GPx4 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✘ | EXONERATE GENEWISE |
✘ | GPx5 | C | C | No trobada | - | ✘ | EXONERATE | ✘ | GPx6 | C | SelU | C | C amb C | ✘ | EXONERATE | ✘ | GPx7 | C | C | C | C amb C | ✘ | EXONERATE | ✘ | GPx8 | C | C | C | C amb C | ✔** | EXONERATE | ✘ | DI1 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | DI2 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔** | EXONERATE + SECIS | ✔ | DI3 | SelU*** | SelU | SelU | U amb U | ✔** | EXONERATE + SECIS | ✔ | MsrA | C | C | C | C amb C | ✘ | EXONERATE GENEWISE |
✔ | SBP2 | Maquinària | Maquinària | Maquinària | Bon alineament | ✘ | EXONERATE | - | SPS1 | T | T | T | T amb T**** | ✘ | EXONERATE | ✔ | SPS2 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔** | EXONERATE + SECIS | ✔ | Sel15 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelH | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelI | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelK | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelM | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔** | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelN | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelO | SelU*** | SelU | SelU | U amb U | ✔** | EXONERATE + SECIS GENEWISE |
✔ | SelP | SelU*** | SelU | SelU | U amb U | ✔* | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelR1 | SelU*** | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS GENEWISE |
✔ | SelR2 | C*** | C | C | C amb C | ✘ | EXONERATE GENEWISE |
✔ | SelR3 | C*** | C | C | C amb C | ✘ | EXONERATE GENEWISE |
✔ | SelS | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelT | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔ | EXONERATE + SECIS | ✔ | SelU1 | C*** | C | C | C amb C | ✘ | EXONERATE | ✔ | SelU2 | C*** | C | C | C amb C | ✘ | EXONERATE | ✔ | SelU3 | C*** | C | C | C amb C | ✘ | EXONERATE | ✔ | SelV | No trobada | SelU | No trobada | - | ✔* | EXONERATE | - | SelW1 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✘ | EXONERATE | ✔***** | SelW2 | C | C | C | C amb C | ✘ | EXONERATE | ✘ |
| TR1 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔* | EXONERATE + SECIS | ✔ |
| TR2 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✔** | EXONERATE + SECIS | ✔ |
| TR3 | SelU | SelU | SelU | U amb U | ✘ | EXONERATE | ✔ | eEFSec | Maquinària*** | Maquinària | Maquinària | Bon alineament | ✘ | EXONERATE | - |
*: S'han trobat SECIS amb l'opció default.
**: S'han trobat SECIS am l'opció loose (canonical and non-canonical).
***: No es van trobar al SelenoDB, per això es va fer una cerca amb blastp sobre la base de dades del NCBI, i es va trobar que Mus musculus sí que les tenia.
****: En la posició on s'havia de trobar una U es va trobar una T.
*****: El selenoprofiles alinea la proteïna en un contig diferent a on havia estat trobada per nosaltres.
Torna a dalt
>