Resum
Les selenoproteïnes són proteïnes que tenen el vint-i-unè aminoàcid Selenocisteïna, codificat pel codó TGA que també codifica per un codó Stop. El fet que un mateix codó pugui codificar per un codó Stop i un aminoàcid a la vegada fa difícil la predicció i anotació de Selenoproteïnes.
L'objectiu d'aquest projecte és la predicció de Selenoproteïnes del genoma de Cricetulus griseus mitjançant eines bioinformàtiques. S'han emprat les bases de dades SelenoDB i NCBI; els programes tblastn, tblastp, exonerate i eines associades a aquest, genewise i t-coffee; i, com a genomes de referència, s'han utilitzat els de Mus musculus i Homo sapiens.
Els resultats obtinguts mostren que Cricetulus griseus presenta un patró de Selenoproteïnes i homòlegs en Cisteïna molt semblant al de Mus musculus. Les proteïnes GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, DI1, DI2, DI3, R1, Sel15, SelH, SelI, SelK, SelM, SelN, SelO, SelP, SelS, SelT, SelW1, TR1, TR2 i TR3 són Selenoproteïnes; GPx6, GPx7, GPx8, MsrA, R2, R3, SelU1, SelU2, SelU3 i SelW2 són homòlegs en Cisteïna; i eEFSec i SBP2 són proteïnes de la maquinària de Selenoproteïnes. Tan sols GPx5 i SelV sembla que s'hagin perdut i (GPx4) que hagi perdut els introns.
Així doncs, d’aquest projecte es pot extreure que les Selenoproteïnes es troben ben conservades en la classe dels mamífers. Seria interessant comprovar la predicció feta de les Selenoproteïnes de Cricetulus griseus amb Seleni radioactiu. També es podria fer una predicció de Selenoproteïnes en altres espècies de rosegadors (gènere Micromys, per exemple) per desxifrar millor l’evolució d’aquesta família de proteïnes.
Abstract
Selenoproteins are proteins which contain the 21st aminoacid Selenocystein, encoded by the TGA codon, which also encodes a Stop codon. The fact that the same codon can encode a stop codon and an aminoacid codon makes it hard to predict and note Selenoproteins correctly.
This project’s objective is to predict Selenoproteins from Cricetulus griseus’ genome using bioinformatic tools. SelenoDB and NCBI databases were used, programs such as BLAST (tblastn and blastp), exonerate –and its associated tools-, genewise and t-coffee were run, and genomes from Mus musculus and Homo sapiens were taken as reference genomes.
Results show that Cricetulus griseus follows a similar pattern for Selenoproteins and Cystein homologues to Mus musculus. GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, DI1, DI2, DI3, R1, Sel15, SelH, SelI, SelK, SelM, SelN, SelO, SelP, SelS, SelT, SelW1, TR1, TR2 and TR3 were predicted as Selenoproteins; GPx6, GPx7, GPx8, MsrA, R2, R3, SelU1, SelU2, SelU3 and SelW2 as Cistein homologues; and eEFSec and SBP2 were identified as Selenoprotein-machinery proteins. It seems that only GPx5 and SelV have been lost and that (GPx4) has lost its introns.
It is noteworthy from this project that Selenoproteins are well conserved in the mammalian class. It would be interesting to validate our Selenoprotein prediction from Cricetulus griseus by using radiolabeled Selenium. Selenoprotein predictions from other rodents (eg. Micromys genre) could be performed to decipher the evolution of this protein family.
Torna a dalt