Discussió

Discussió per a la família GPx

Leishmania Donovani

El tBLASTn contra la selenoproteïna GPx humana amb el genoma del protista, dóna com a resulta dos hits amb un e-value estadísticament significatiu.

HIT		REGIÓ		INICI		FINAL 		E-VALUE

hit0		contig_26 	232534		232031		4e-17	
hit3		contig_36	1242352		1241888		2e-12	

Seguidament, quan analitzem els resultats de mitjançant exonerate comprovem que es tracta de la mateixa seqüència però en regions diferents, el que fa pensar que estem davant una duplicació.

Tant amb exonerate com amb GeneWise observem que s'alineen amb una cisteïna, de manera que pensem que es podria tractar d'homòlegs de la selenoproteïna amb cisteïna.

En quant a la predicció d'elements SECIS, per tots dos hits hi trobem seqüències predites, tot i així, es troben massa lluny com per considerar que està relacionada amb aquest homòleg, i que per tant, és un remanent d'una antiga selenoproteïna.

Hem realitzat un alineament múltiple entre dos hits, on observem que ambdos tenen la selenocisteïna de la query alineada amb una cisteïna. L'annotació del primer hit és més llarga que la query.

En el blastp hem vist que el hit0 ja estava annotat i tenia identitat del 100% amb la nostra annotació. El hit3 ja està annotat també.

Pel que fa a l'anàlisi de la maquinària, hem trobat les seqüències de: eEF-Sec, SLA/LP i SPS2.