RESUMEN
El objectivo principal de este proyecto se basa en la detección e identificación de dos familias de selenoproteínas en los genomas de protistas secuenciados en el 2009, y especialmente en el 2010. Las familias de selenoproteínas que nos asignaron son: SelR yMsrA.
La familia MsrA es una enzima que reduce los residuos metionina sulfóxidos de proteínas que han sufrido daños oxidativos. La función de la superfamilia SelR no es muy conocida, pero se sabe que esta muy relacionada con la familia MsrA en la protección contra el estrés oxidativo.
Buscamos los genes de ambas familias en todos los genomas de protistas para identificar si estos microorganismos expresan selenoproteínas u homólogos con Cisteína. Para cada gen hallado anotamos su secuencia y estructura exónica. En el caso de las selenoproteínas, también analizamos la presencia de los elementos SECIS localizados en el extremo 3'-UTR.
Los elementos SECIS y los genes son predichos independientemente a lo largo de la secuencia de DNA, pero el elemento SECIS está unido a lo largo de la predicción de un gen que contiene un TGA in-frame, en una región codificante. La utilización del codón UGA que codifica para Sec, dificulta la identificación de las selenoproteínas ya que en general se asume que es un codón de terminación.
Hemos podido identidicar selenoproteínas con sus respectivos elementos SECIS en las dos familias MsrA y SelR en varios de los genomas de protistas analizados tanto el 2009 como el 2010.
Debido a la gran cantidad de datos generados se ha optimizado el proceso científico automatizando todos los alineamientos de los genomas con nuestras querys. Para hacer esto posible utilizamos diversas comandas del UNIX. Todos los resultados obtenidos se presentan en esta web con un formato de artículo científico.