T. annulata

A. anophagefferens
TR1 humà

Dels alineaments que resulten de realitzar un tBLASTn emprant com a query la seqüència de TR de l'organisme protista A. anophagefferens i el genoma del microorganisme Theileria annulata, només un ha resultat significatiu, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El hit analitzat és el gi|71533066|emb|CR940352.2|, que presenta un E-value de 8e-18. Tanmateix, al resultat reportat pel BLAST, en aquest alineament la selenocisteïna de la query emprada se'ns enfrontava a una adenina. Donat el coneixement que no existeixen els homòlegs en adenina de selenocisteïna, vam deduir que l'alineament no estava incloent la regió final de la proteïna que potencialment devia contenir la selenocisteïna o la cisteïna homòloga. Vam pensar que podia ser que el programa estigués confonent el codó TGA per un codó stop, de manera que no ens mostrava el fragment final que es trobava tot just després de la selenocisteïna o la cisteïna homòloga.

Per poder verificar aquest fet i poder conèixer la seqüència que contenia el nostre aminoàcid, vam decidir utilitzar un servidor de proteòmica anomenat ExPASY, que ens permet traduir una seqüència de cDNA en els 6 possibles frames. Vam realitzar un nou Fastasubseq tallant un fragment de cDNA que contenia el nostre aminoàcid potencial i vam introduir aquest fragment en el programa. El reultat va ser que, efectivament, uns nuclòtids més enllà es trobava una cisteïna homòloga.

Per determinar que realment es tractava d'una proteïna de la família TR vam procedir a l'extracció de la proteïna i a la seva introducció a una base de dades no redundant (nr database; NCBI) per tal de realitzar un BLASTp. Aquesta aplicació ens va confirmar que es tractava d'una Thioredoxin reductase homòloga en cisteïna.

Amb l'objectiu d'extreure la proteïna completa, es tornà a realitzar un exonerate però emprant com a query la seqüència aminoacídica de la proteïna proporcionada per l'NCBI.