tRNA selenocysteine associated protein (secp43)
Aquesta és una proteïna d'unió a RNA que interacciona específicament amb el tRNAsec.
Com s'ha procedit amb les altres proteïnes, el primer que es va fer va ser aconseguir la seqüència de la proteïna en un altre organisme, en aquest cas, es va extreure d'A. aegipty. Posteriorment, es va procedir a fer un tblastn d'aquesta proteïna contra el genoma del plasmodium. El resultat van ser varis hits del qual es va escollit el primer per Hit ja que tenia un e-value més valorable. Es va extreure el contig on se suposava que es localitzava el fragment corresponent i es va procedir amb un Exonerate per tal que anotés exactament la regió d'interès. El resultat del procés amb l'Exonerate va ser nul, de manera que es va assajar la proteïna contra el contig fent servir el programa GeneWise. El resultat va ser positiu, però la regió anotada era molt petita i es va decidir descartar aquesta opció.
Vists els resultats, es va decidir analitzar el segon hit que havia donat un e-value de 0.002. Igualment, es va extreure el contig corresponent i es va assajar la proteïna contra aquest amb un Exonerate que va donar el mateix resultat que l'anterior, és a dir, nul. Tot i això, es va utilitzar altra cop el GeneWise per veure si en aquest cas, sí que ens permetia anotar exactament la posició de la nostra proteïna. En aquest cas, el resultat va ser positiu.
Com que l'anotació que ens proporcionava el genewise era incompleta, es va fer un BLAST d'aquesta regió contra la base de dades del NCBI. El resultat d'aquest va proporcionar una seqüència d'una proteïna no caracteritzada al nostre genoma, Plasmodium berghei. També vam obtenir la seqüència d'una RNA-binding protein de Plasmodium knowlesi. Això ens podria indicar que la proteïna no caracteritzada de P. berghei podria ser la RNA-binding protein secp43. Per a comprovar-ho, vam comparar les dues proteïnes amb T-Coffee amb un resultat satisfactori.
Finalment vàrem anotar el cDNA i la seqüència proteica a partir de la proteïna hipotètica del NCBI.
Descarregar l'anotació del gen en format GFF.
Descarregar el cDNA del gen.
Descarregar la seqüència de la proteïna.
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a secp43.