O-phosphoseryl-Sec-tRNASec kinase (PSTK)
Aquest enzim és una quinasa que intervé en el primer pas de la síntesi del tRNA se la selenocisteïna fosforilant el tRNA de la Serina.
La cerca es va iniciar amb l'obtenció de la seqüència de la proteïna a la base de dades de l'NCBI, en aquest cas, l'organisme d'on es va extreure la seqüència va ser la Drosophila melanogaster. Una vegada obtinguda la seqüència, es va assajar a través d'un tBLASTn contra el genoma sencer del Plasmodium. Com que el E-value és massa elevat, es va decidir realitzar un BLASTp en el PlasmoDB. El resultat del BLASTp dóna solament un hit amb un E-value menor a 1, 0.69.
Analitzant el fragment que alinea el blast trobem una seqüència de 30 aminoàcids. Posteriorment, fem un blast contra la base de dades del NCBI amb aquests 30 aminoàcids. El millor resultat es un gen del nostre genoma, el qual no ha sigut caracteritzat. Per tant, podría ser que es tractés de la nostra proteïna que ha divergit lo sufcient per no trobar homòlegs amb un E-value significatiu. No obstant, a causa de la presència de selenoproteïnes en el nostre genoma, es necessaria la presència d'una proteïna homòloga a PSTK. Des del punt de vista computacional no podem afirmar res, pero desde el punt de vista biològic tenim certes garanties de que sigui la proteïna buscada.
I aquest seria l'alineament entre la PSTK de Drosophila i la proteïna hipotètica.
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a PTSK.